水资源税改革监督管理方面
（一）征管模式有待调整问题
由于水资源税改革初期纳税人可能对该政策并不熟悉，积极性不高，实际执行起来比较困难，因此在试点期先“水利核准”、后“纳税申报”是可行的。但长期按照这样的工作形式进行下去，会导致水利部门责任增大，工作量剧增。实际上，随着改革的推进，各项计量监测系统的完善，纳税人对每月的取用水量可以清晰看见，具备了主动申报的技术条件。因此，建议先“纳税申报”“税务征收”，然后“水利稽查”，即水资源税改革正常运行期的征管模式为“纳税申报、税务征收、水利稽查、联合监管、信息共享”。纳税人自主申报前不需要水利核准，可以提高积极性，减少基层管理人员的工作量，降低征管成本。如果对申报的数据存在异议，可以对其进行水利稽查，从监管的角度考虑更具有可操作性。
（二）各项管理费用有待落实问题
在国家推行时，要切实引起重视，制定出有关人员保障的具体配套政策。
（1）水利部联合国家人社部和编办共同解决这部分人员的编制问题，最好从国家层面下文，制定出该部门人员的编制数量。
（2）将征收上来的水资源税，通过立项或其他方式返还给基层水利管理人员，用以解决人员工资和经费问题。
（3）调整水资源税的征管模式。水资源税管理各项费用不足的一个重要原因就是改革之后水利部门的工作量急剧增大，特别是针对农业部分的水利核准，需要大量的基层人员和设备。因此，建议将水资源税的征管模式调整为“纳税申报、税务征收、水利稽查、联合监管、信息共享”，由纳税人自主申报，水利部门随时稽查，这样就减轻了基层管理人员的工作量，也在一定程度上降低了征管成本。
此外，水资源税改革在全国推开后，将水资源税收入100%划归地方，当地的财政部门将收取的水资源税全部返还，用于水资源税改革的日常管理，做到专款专用，取之于税、用之于水。
（三）取水许可办理流程复杂问题
（1）由于小单位的取用水量不多，规模不大，建议此类小取水户只办理简单的取水许可，相关部门出台简易的取水许可办理流程，由水利、工商、税务等部门协同管理，按其营业额比例征收水资源税，达到应征尽征的目的。
（2）针对基坑抽水的水资源税管理，根据实际情况办理临时取水许可证，简化流程，缩短办理时间，以便科学合理地征收水资源税。