杯酒释兵权的问题
太祖皇帝效宋太祖赵匡胤杯酒释兵权，而又处心积虑设计了这套军事制度。然而，这样的兵制却衍生出了许多问题，军事实力的削弱，边防武备松弛，军队毫无战斗力是一个方面。另一方面军队作为武装集团坐镇各地，却也变成了严重扰民的一股强大势力，无异于手持武器的强盗，军民关系恶劣，真正打起仗来得不到民众的支持，必然变成无水之游鱼，等待的就是被大网捕捞，作为被送进敌军饕餮大口的美食。
冯梦龙在《甲申纪事·序》中有切中时弊的分析：
夫军政之未立，非无兵也；有兵而若无兵，且其害更甚于无兵，是以虑也。古者用兵，宁使饷浮于兵，不使兵浮于饷。今未聚饷而先聚兵；兵既聚而饷不足。于是倡为打粮之说，公然扫掠民间。掠妇女则为妻妾，掠壮丁则为奴仆，一兵家属多者至十余人。朝廷养一兵，不能并养其十余人的家属，其势益不得不出于扫掠。而有兵之处，闾里皆空。未见一二贼兵，先添万千兵贼。百姓嗷嗷无所控诉，良可痛也。不特此也，兵既有家属，势不能草居露宿。于是占民间之居，用民间之物，兵富而民贫，兵乐而民苦。才一征调，则又有安插家小之说，拣择瘠肥，迁延月日势所必至。从设兵以来，未有是也。
兵之恋恋室家如此，即便驱之赴敌，亦内顾之意多而进取之意少，求其死绥立功，尚安可得？此弊不革，恐饷终无时而足，兵终无时而可用。
冯梦龙在序言结尾处非常气愤感慨地写道：
孔子答子贡问政：先足食，次足兵。及不得已而去，则先去兵。谓国家多事之日，兵反为害，不若去之。今也不得以之时矣！如子之言，何以守？何以战？曰：孟氏有言，与民守之，何必兵！若夫战，吾也知非兵不可。而在今日之兵必不可，何也？勇于残民，而怯于赴敌，则军政之不立也；军政立，而一兵费一兵之饷，饷何患不足？一兵得一兵之用，兵何患不强？[4]
这是冯梦龙在甲申之变以后，通过和从北方逃难来的一些官员交谈，看了他们的笔记，得出的结论。那些流亡到南方的北迁之士，提到官军之所为，无不切齿痛恨。冯梦龙记下他们的见闻，痛心不已地写下了自己的体会，这些体会刻骨铭心，他特地作为序言，写在《甲申纪事》的卷首以为警示。
尤其在王朝末期，礼崩乐坏朝纲坠落，文官集团已经难以驾驭雄霸一方的骄兵悍将，军事首长就有可能操纵政局，那些内阁大学士、督抚大员甚至皇帝都只是台面的摆设。以后要登场的南明小朝廷面临的就是这样的尴尬局面。
当福王朱由崧通过太监暗中勾结江左四镇总兵官黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清冲破文官集团尤其是主政的东林党人兵部尚书史可法、钱谦益等人拥立潞王、桂王的阻力当上监国后，皇位已经唾手可得。而这些在与农民军、清军作战中屡遭败绩，一路烧杀抢掠退走江淮的败军之将，原本需要追究责任的家伙，俨然具有了护驾拥立之功，一个个封伯拜侯，割据一方，以军队之威绑架总督马士英，为实现自己的政治上扩张目的服务。
此刻名义上总理朝政的内阁大学士史可法就是摆设了，朱由崧只是军阀们的台前提偶。因为，此刻的拥戴就是王朝生命力得以最后延续的最大政治，这面旗帜却被这些表面上看上去不懂政治的军汉们所抢夺，看上去最懂政治的文官集团却陷于拥立哪一位王爷的无休止争论，最终埋下了南明弘光朝覆灭的种子。
以后的隆武、永历小朝廷均难以摆脱这样军事操控政治的局面，最终南明王朝未能形成南宋王朝以半壁江山形成南北对峙的局面。可以说这是崇祯帝拒绝南迁，南方缺少强有力的政治代表统摄人心的结果，也是南明文官集团没有果断推荐拥戴政治行政能力极差，却易于操控的朱由崧，而拓展自己政治空间的短视行为，致使大权旁落到军事集团和阉党余孽、宦官势力相勾结的败局轮回之中。
明代的文人统军体制，沿袭了宋太祖留下的“杯酒释兵权”的统军、治军、监军的三权分立，相互监督的用兵体制。本质上是君主生怕与他一起打天下的功臣武将反手拥兵自重夺取自己出生入死为子孙万世打下的一统江山社稷。这是某种统治分离的军事布局。因为宋太祖赵匡胤和明太祖朱元璋本身就是行伍出身，利用统兵之权和阴谋手段，以军事强人的面目出现，夺取柴周王朝的君位和小明王韩林儿王位的两位枭雄。他们更懂得军人干政对于政权的威胁，因而设计了精巧周密的统治分离统军和领兵之权分散的、相互牵制制约的军事体制。体现了君主专制帝王独尊从中驾驭控制武装力量的苦心。以体制机制的延续来保证帝国不至于因为军人内乱而崩溃或者分裂。即使君主孱弱，强大的文人内阁和庞大的军事体制机制依然能够有效运作，足以把控国内局势。
但是面对边患这种体制难以首尾相顾和各种军事力量的有效协调和总体平衡。一是内阁和边疆大帅的矛盾，尽管这些统兵大帅本身也是儒家文人出身的经略、总督、巡抚一类。大多数都拥有两榜进士那样的高级文官资质，且手中都握有代天子行令的尚方宝剑，有的也在少时研读兵书，略知军事一二，比如明代的熊廷弼、袁崇焕、孙承宗、卢象升一类可算是文武兼资的统军人才。但是依然受到内阁兵部、户部等部门多方制约，再加上司礼监派出的监军太监、御史衙门派出的监军御史的双重严密监控以及朝中言官，如六科给事中、监察御史的舆论监督，往往统军主帅的战略意图难以彻底贯彻，受到的掣肘甚多，很多时候是“出师未捷身先死，长使英雄泪满襟”的悲剧性结局。
此外，各路军阀总兵骄兵悍将难以把控，明军的战斗力因为内部矛盾重重，难以真正做到一心对外，战斗力在内耗中大打折扣。熊廷弼、卢象升、袁崇焕、杨嗣昌、孙传庭、侯恂、方孔炤、史可法等文官大帅下场都不美妙，不是被内寇外虏所杀，就是被皇帝所杀。反而武将总兵们一个个活得有滋有味，因为他们并不承担整个战略失败的责任。南明时期江北四镇总兵甚至可以左右政局，以成尾大不掉之势。