马若瑟在江西
在广州的时候，马若瑟就被指派前往江西传教。
江西是中国南方的一个内陆省份，与两个临海的省份相邻：南面是广东，东面是福建，有2000万人口。
尼霍夫（J.Nieuhof）的《荷使初访中国记》（Gezantschap der Neerlandtsch Oost-Indische Compagnine，1665）中的中国地图，展示了从广州到北京的“使节之路”。马若瑟居住的建昌城，见图中★处。
江西除了最北部有一个巨大的鄱阳湖之外，全省以山地地形为主。赣江从南向北穿流而过，连接广州和北京的所谓的“使节之路”就是沿着赣江的河谷开辟的。在马若瑟的时代，江西以专门生产瓷器的景德镇瓷器作坊闻名于世。
江西人说的是赣方言，与北方各省通行的“官话”差别很大。马若瑟很可能不懂赣方言。
早在中国传教工作起步之时，耶稣会就在江西设立了传教点。利玛窦曾于1594年到1598年间居住在南昌，等待机会前往北京，并在那里写作了自己最重要的几部中文著作。到了17世纪的后期，方济各会、多明我会和奥古斯丁传教会也相继在江西建立他们的传教点。
据称，在1700年时，江西全境已有7000名基督徒，全部都是贫民。[19]
马若瑟被派往江西的首府南昌，他于1699年到达这个城市，而后被安置在距南昌以南150公里的建昌城[20]（现在的南城），一直住到了1721年（其间有两年不在当地）。从1721年起直到1724年传教士们被逐还广州，马若瑟都住在江西的北部城市——九江[21]。
马若瑟的索隐学派同仁傅圣泽绘制的江西地图，图上标有传教点位置。（罗马耶稣会档案馆，日本一中国168，26v-27r）在建昌和南丰两处标注有圆圈。
我们知道，至少有一次，在1701年马若瑟访问了建昌以南50公里的南丰，也就是我们在后面将多次提到的中国人刘凝的故乡。
费赖之（Louis Pfister，1833—1891）写道：“若瑟自抵中国后，即专心于此二点：质言之，传布教务，精研汉文是也。吾对于前一点未能详悉……”[22]
事实上，在《耶稣会士书简集》（Lettres édfiantes et curieuses）中，马若瑟只有两封信札谈到了传教工作。[23]
在第一封信中，马若瑟提到了被中国人抛弃的新生儿。他认为，在这些婴儿死亡之前找到他们并为他们施洗是十分重要的，应当为那些幸存者建立一些机构以便使他们能够受到基督教的教育，待他们长大成人之后再去为基督教徒的家庭服务。
在第二封信中，马若瑟描述了去南丰的旅途见闻，以及在南丰附近的一个小村庄他和另外两个耶稣会士以无比隆重的弥撒庆祝复活节，给当地中国人留下了深刻的印象。
在这封信里，他提到了语言问题。他让他的传道师指导中国人——“他的当地话说得比我好多了”。
毫无疑问，马若瑟这些年把大部分甚至差不多全部时间都用在学习汉语和中国文学上，教授基督教教义的工作则全扔给了当地的助手。他这么做是因为，和投身于一般性的传教工作相比，他认为通过不断丰富的藏书得以加深对中国古籍的研究，将能使他为改变整个中华民族的信仰做出更大的贡献。
马若瑟阅读并写作了许多有关索隐学的文章，他将其中的一些寄给了其他在中国的耶稣会士和在法国的两三个耶稣会士。他试图发表这些文章，但都未获成功。
广州城，荷兰出版，ca.1660。
1714年，他被召回北京宫廷，同白晋一起工作。他在那儿呆了两年，其间痛苦不堪。当他获准回到江西时，他以一种全新的方式从事索隐学的研究。读者将在“马若瑟的索隐学理论”一章中了解这些情况。
到了1724年，他开始了一种新的生活。他和其他在宫廷之外的传教士被逐还广州。