《中国古籍中之基督教主要教条之遗迹》
这部《中国古籍中之基督教主要教条之遗迹》（Selecta quaedam vestigia praecipuorum religionis christianae dogmatum ex antiquis Sinarum libris eruta）是马若瑟主要的索隐派著作。
他在1712年之前开始写作这部作品时，还只是一个学习索隐学派理论的新人，尚在白晋的指导下进行研究。经过此后数年坚持不懈的努力，马若瑟往书中补充了不少内容。我们现在看到的手稿是1724年5月21日写的，后面有一个附录，其中谈到了很多关于《易经》的内容，所注明的日期却是1725年5月18日。他在手稿第一页提到他从1712年就开始写作这部书，中间曾经改变过写作的计划，加入了一多半的内容。尽管如此，1729年时，马若瑟依然在继续写作这本书——这一点从当年5月2日他写的一个注释中可以看出。两年之后，1731年的8月27日，他将这本书送给了傅尔蒙。
这部书的分目和次分目相当清楚，还有很多中文的相关注释，是一部结构严谨、清晰和连贯的手稿。它看来是一份精心抄写过的副本，以备在欧洲出版之需。[30]
尽管如此，在随书的附信中，马若瑟并没有提到要计划出版该书。他将书送给了傅尔蒙，建议他应该将此看成一本资料集，可以在此基础上写出一些有意思的文章来。
我们已经从马若瑟的信中得知他是如何将自己的手稿公之于众的，它在写作过程中一部分一部分地得以发表。当他最终收到了一封巴黎朋友表明反对观点的信后，马若瑟于1731年寄出了他的完整手稿，冒险将其通过邮寄方式寄出的原因在于他担心如果他自己留存的话，在他去世以后这部手稿很可能就会消失。
在8月27日的信中，马若瑟提到了他那部长达658页的手稿：
我现在送给您一份很长的手稿，我自己已经没有副本了。我已经完全将它托付给了海上航行——我是因为难过才这么做的，时间和精力都不允许我再抄写一份副本给自己保留。我想将手稿交给您保存要比在我手中，等我去世之后被虫子吃掉好上一百倍。您把这部手稿看成是一种资料的积累吧，您在此基础上可以写出不少有意思的文章来。[31]
事实上，马若瑟很可能将这部巨著看做了自己的研究成果，二十余年的辛勤工作才使他编成了这部著作。当然，他自己也曾在信件和文章中引用过这本书中的内容，而且有可能再次从中受益。因为来日无多，所以他清楚自己已不可能写出更多的内容。
在对中国古代书籍进行了长达30页的介绍之后（其中尤为详细地介绍了“经”，特别是《易经》的情况，并且谈到了如何在中国古籍中发现天主教的遗迹），紧接着是很长的四个部分，一部分是关于神和圣三位一体的，另外三个部分分别关于人类堕落之前的世界、人类堕落之后的世界和耶稣基督降临后的世界。第一部分又分为“书籍中的证据”和“象形文字中的证据”两节。
事实上，这部手稿还包括马若瑟毕生心血之所作：神学与语音学的综合论文，非常值得一读。他把大量的事实或者他认为是事实的东西告诉读者，十分谨慎而有耐心地引导读者，恳请读者仔细思考他在书中所说的内容和即将谈到的内容，尽力让他们体会到他认为对自己是那么显而易见的问题。
马若瑟用一种说服别人的方式来进行写作。他的辩论术并不教条、自负，更谈不上具有侵略性。相反，他在列举一些例子的时候，总是谦虚有度，并且也提出自己对它们的质疑。
他经常会使用这样的词句：“对我而言……好像是很明确的”，“我认为没有人可以否认……”，“我认为……”（经常用到），“这个寓言对我来说似乎和……有关”，“这可以被理解为……”，还有“人们也可以这样说……”。
尽管如此，在很多地方，读者们还是感到了作者有一种个人独断的倾向，完全忘我地在思考汉语中文字和文本的神秘性。
在对“太极”进行了很多论述之后，马若瑟在结尾处阐释了中文中表示“mind”或者“heart”的字：“心（xin）”。
马若瑟惊讶于这个字由三个点和一条曲线组成，因而得出结论说这个字代表了圣父、耶稣基督（圣子）和圣灵。这个字包含着这三种含义。
这些东西都是我深思熟虑的结果，它们并不是错误的，其对错完全取决于读者采取接受它们还是拒绝它们的态度。
我们不知道他是在什么时候写下上面这些话的，但我们知道这些象形文字的谜一直在马若瑟的脑海中存在，即使在他后来到达广东之后依然如此。1725年他写作了一篇关于“圣心”的文章，用拉丁文和中文写成，谈到了祈祷者们和索隐派的学者们是如何解释“心”字的。这表明了他对耶稣圣心特别关注的热情，这在当时还是一个新鲜的颇有争议的话题。[32]
该书的第一部分内容涉及到了天主教的神，以及中国古籍中有关“天”和“上帝”的说法。为了在重重危机的礼仪之争中表明自己的态度，马若瑟非常郑重地声明自己的观点：
我并没有说过“天”和“上帝”就是我们所说的真正的“神”……我把这个问题留给那些学者们去判定，尤其是需要传信部的学者们来判定中国人自身在使用这些词语时究竟表示何种含义。就我个人的观点而言，如果斗胆表明我的观点，一旦知道这种观点不为我们的圣教会所欢迎的话，我会很快并真诚地收回自己的观点，远离这种得不到救赎的观点。
在书中另外一个地方，讨论救世主出现之后世界状态的一章的前言中，马若瑟感到有必要加入另外一个声明，但是这一次比较含蓄。他试图避免人们将他的理论和傅圣泽的理论混为一谈，后者曾经得出结论认为中国的上古三代——夏、商、周从来没有存在过，它们只不过是纯粹的神话传说而已。马若瑟意识到从现实的传教事业的角度出发，这样来评述中国的历史是非常危险的。
我知道有些很有学识的人士不认为《书经》（关于商、周两代的书）是一部史书，而是以史书为名所写的一部有深奥理论的书籍。对我而言，我不想就这个问题发表我的观点。我想这个问题应该由中国人自己来判定，因为他们在司马迁和其他史学家的书中能够读到关于商、周两代的记述。
尽管如此，马若瑟并未因此而放弃在这里讨论有关“经”的问题，他一向认为，“经”是蕴含着基督教神迹的神圣文本。
三部“经”的主题极有可能都是关于圣人和圣贤的。这些书中记述了圣人的德行、智慧、恩惠、神迹和圣规，他的统治以及他的荣光。虽然对中国人来说，这些记述毫无疑问是有些模糊，然而对我们来说，应该清楚地知道这位圣人就是耶稣基督……这种观点很可能是正确的，当人们读到了我在这本书中的相关论述，并且进行了深入思考之后，就一定会看到这种观点明显的正确性。
和在华耶稣会士们秉承的传统有所不同，马若瑟并不拒绝接受那些被中国一般学者认为是邪说的书籍。三“经”通常被人们认为是儒学的经典组成部分，但真正的宗教痕迹并不仅仅存在于这几本书中，还存在于很多其他书籍当中。马若瑟列举了道家以及阐述道家精神的很多书籍，例如《山海经》、刘伯温的《春秋明经》、罗泌的《路史》，还有《说文解字》等等，其中包含着很多其他书中没有的大量史实。不过马若瑟说，这些史实首先来自于刘二至的著作中，这位学者倾尽其一生86年的时间来研究象形文字。
为了维护自己的索隐派观点，马若瑟还引用了其他古代或当代神学家著作中的言论。
在中国古籍中，这些理论用谜一样的语句和图形来表达，难道威严的圣三位一体的神秘理论和道成肉身的理论不能用这些图形符号和寓意画来表示吗？
教会的神父们曾经在异教徒诗人和哲学家们的著作中寻找神圣的理论。马若瑟说很早以前保罗·伯里耶、汤姆逊和著名的于埃以及其他人就曾在他们的著作中引用异教徒的言论，尽管这些著作我们现在已经找不到了。“他们的著作曾经受到过赞誉，那么我们试图在中国古籍中寻找真理的行动又怎能受到指责呢？”
在马若瑟的其他著作中很少提及上述17世纪的作者们的名字。
在这里逐页或者是一部分一部分地将这部著作的内容写出来是不可能的。这部著作中的大部分内容和白晋的著作相同或者相似，并且和马若瑟自己寄给傅尔蒙的一些稍短的论文和信件也是相同的。我们在此仅举两例来说明书中的汉字分析，一个较短，一个较长。
一段引用了孟子的话（第一部，第二部分，第11章），《孟子》则是引用《书经》中的语句“人们等待他的到来就像久旱的庄稼等待云雨的浇灌一样”，马若瑟说：
孟子在他那个时代，已经考虑到了我所未知的那位救世主。古代语言并非不能用来形容真正的救世主，比如“云”和“霓”这两个词语极具崇敬意味，孟子分析认为“云（yun）”表示上帝的福音，“兒（er）”意味着一个孩子从天上降临人世，就像雨从天上落下，滴落到了草地上。
第二个例子和伟大的文化之神后稷有关，他是谷物之神，在中国神话中是农业的创立者。他的出生在《诗经》最著名的一章中曾经有过美妙的描述。华兹生（Burton Watson）是这样翻译这段话的：[33]
She who first bore our people，
Was Lady Yuan of Chiang.
How did she bear them？
She knew how to make yin and ssu sacrifices，
That she might not be childless.
She trod in the footprint of God's big toe and was quickened；
She was magnified，she was blessed；
She was stirred to pregnancy；quickly it came.
She bore him，she nurtured him；
This was Hou Chi.
She fulfilled her months，
And her first-born came forth.
There was no rending，no tearing，
No injury，no harm，
Showing that it was divine.
Did the Lord on High not give her ease？
Did he not receive her sacrifices？
Effortlessly she bore her child.
They laid him in the narrow lane，
But the oxen and sheep stood about to shelter him.
They laid him in the forest of the plain，
But he was found by the woodcutters of the forest.
They laid him on the cold ice，
But the birds covered him with their wings.
When the birdshad departed，
Hou Chi began to wail.[34]
在华传教士们对这一段文字情有独钟。
除了是讲述玛利亚神奇的受孕经历之外，这又能是什么呢？这段话描述了上主对她的眷顾，还描述了圣女产子的情况。而且其中更有对伯利恒情景的描述，冰冻的地面代替了酒馆中的马槽，森林中的伐木人成了在田中劳作的牧羊人，传统的牛和驴子在此被称为公牛和绵羊，天使也出现了，可能是用鸟来表示的。
马若瑟用10页的篇幅来分析这个词。他是这样开始讲述的：
让我们来看看这位母亲和儿子的名字。母亲名叫姜，是一个处女，受上帝的感应生了圣子。她是一只羊，为我们带来了一只羊。她也被称为嫄，因为她是处女的来源。
她的儿子被叫做弃，意思是被抛弃的，好像说他是“一只虫子，而不是一个人，是受到人们谴责和遗弃的人”[35]。
诗经中称“他”为民，是人民的意思，因为他是人民中的一员并且生活在人民当中，即“同人”。
他的名字是“妘”，名字中的“云”，是上帝的福音，显示了他的神圣性；“女”字旁则显示了他的人性。他也被称为“柱”，是柱子的意思，因为所有的人对圣人的依赖就像一座房子对支柱的依赖一样。但是“柱”这个字又向我们展示了它的神性意义。“王”是帝王的意思；“木”是树木的意思——树木上的帝王，或者“人”，在十字架上的人——他是所有人的主人，称为“主”。
最后，由于他神圣的工作，他被尊称为后稷，“后”是国王的意思，“稷”通常是谷物的意思，特指粟米。
后来我们被告知，粟是用在预备领圣体的圣餐礼上祭坛上的谷物。
以上是对马若瑟所作分析的一个简单说明，其他的许多例子都远比这些复杂。
该书的最后一章，显然给马若瑟带来了一些麻烦，其大部分内容和武王有关。武王是周朝的开国皇帝，打败了商朝并且将商朝的最后一个统治者——暴虐的桀投入了监狱，后来桀就死在了狱中。马若瑟反对传统中国思想从上天统治转变为将武王看做一个篡位者和弑君者。
这些事件都和《书经》（The Book of History）有关，然而马若瑟认为《书经》里没有也不可能包含什么永久的东西。他并未将关于武王是篡位者的事情看成是后世对事实的歪曲，他用一种崇敬的眼光去读这本书。武王被看成了耶稣基督的化身，桀则被看成了撒旦的化身。因此《书经》是纯正的。
同时马若瑟解决了自己的一个重要困惑，那就是谁是《易经》作者的问题。几乎所有的中国学者都认为《易经》是文王的作品，他是武王的父亲，参与写作的还有文王的儿子周公。如果《易经》只是神话的图示，表示了耶稣基督的某些神迹，就没有理由把他们看成是《易经》的作者。因此《易经》只能像马若瑟认为的那样，是上帝对亚当的一些神秘性话语，安慰他说弥赛亚就要来临了。
书中数次提到了白晋。在文章的前半部分，我们看到了关于白晋的一个发现的记述。
所有中国人都相信是伏羲写作了《易经》。尽管如此，白晋神父用所有可以得到的证据说明了我们应该在伏羲的背后看到以诺的身影。因此这本神秘书籍的来源就弄清楚了……是以诺写下了这些神秘的图形和符号，因此关于弥赛亚的古老传统就这样口头流传开来了。
后来马若瑟又写道：
因此我们可以说，《书经》中描写的大洪水就是因为路西法[36]（Lucifer）和亚当的罪过导致大地上洪水泛滥……因此我们可以用神性的观点来解读这些中国古代的书籍……
在书的后半部分提到了关于他老师白晋的很多资料，在这一部分，白晋列举了中国文学中相当多的神话人物作为阐释神学观点的出发点。这一部分有可能是马若瑟所写的最后一个部分，我们在此看到了一些更加尖刻的话语。
关于《易经》中的图示，马若瑟这样说：
可能你会反对我现在的观点，也就是早些时候我曾经赞同白晋认为伏羲就是以诺的看法。可是，我们必须从不同的角度来看待这两个人……没有什么能够阻止我们认为伏羲预示了神性，女娲预示了耶稣基督的人性。在《路史》中，曾经提到伏羲创造了天地，女娲又修补了它们。因此这里说的肯定不是以诺。
相反，从个人角度出发，马若瑟的描述更加生动了：
据说女娲的神秘的琴有25根琴弦。白晋通过介绍毕达哥拉斯的直角三角形理论，以他的博学之道阐述了这些内容。
下面半页是数理学或者可以称为模拟数理学的内容。——结尾是这样的：“这就是白晋的道理所在。”
尽管如此，尧的琴只有7根琴弦，他的吉他有25根弦。“由此，著名的数学家兼音乐家白晋神父得出了令人崇敬的结论，由于我的学识所限，我至今无法理解这些结论。”
很明显，马若瑟意识到了将自己的观点和白晋的思想区分开来的必要性，尽管正如我们曾经听说的那样，他仍然认为白晋是中国索隐学派的创立者。但在这些结语中依然存在某种情感因素，让我们想起他1716年在北京所写的信件，信中有关于他对“先生”态度并不客观的意见。