“我们仅仅知道一门惟一的科学，即历史科学”
辩证法、逻辑学和认识论是一致的，这是马克思与黑格尔的共同之处。虽然辩证法在近代哲学的最高点上获得了“科学”的功能，但是，如果将辩证法视为可能脱离具体历史实践对象的纯粹方法，那便不能把马克思、黑格尔与后来韦伯等人的“科学”在哲学上区分开来。哈贝马斯也触及到了问题的这一方面，但他对历史唯物主义的“重建”也仅仅是企图将韦伯马克思化而获得一种批判观点（视角）。所以仅仅局限于从认识论方面来强调马克思主义哲学的“方法”功能也是非法的，因为这样就不能把马克思主义哲学与新康德主义以及其后的实证主义哲学区分开来。这一点国内学者也已经指出来了。但是我们不能因为这一点就反过头来强调体系，因为马克思主义哲学的实质不在这里，而在于列宁所深刻揭示的“逻辑的分析必须和历史的分析一致”。这既是马克思主义哲学的基本要求，也是其作为方法论体系的核心内涵。
走进马克思，意味着走进马克思主义哲学的历史主义和总体性原则。马克思在创作《德意志意识形态》时曾经强调：“我们仅仅知道一门惟一的科学，即历史科学。” (39) 这一主题又在其《资本论》中得到深化，他指出：“那种排除历史过程的、抽象的自然科学的唯物主义的缺点，每当它的代表越出自己的专业范围时，就在他们的抽象的和唯心主义的观念中立刻显露出来。” (40) 很显然，马克思所追求的是基于人类实践本身对特定社会形态的物质关系的历史解读和科学剖析，而不是提供诠释历史的终极模式。正是这一点，才能把马克思和黑格尔区分开来。
马克思在《资本论》中从商品出发分析资本主义社会，这不仅因为商品是分析资本主义的合适的逻辑起点，而且首先因为它是资本主义的现实的历史起点。正是这后一个条件的支持，《资本论》才得以成为科学。这也说明了为什么黑格尔虽一再提出了科学问题，但他本人却没有能够发展出一门科学的逻辑学。
前面我们已经说明，马克思哲学对黑格尔哲学的“颠倒”不是通常所说的用唯物主义代替唯心主义这种简单的逻辑起点上的颠倒。列宁曾指出，20世纪初的马克思主义者们虽然按费尔巴哈的方式对康德主义和休谟主义进行了批判，但他们所能做的只是肤浅地驳斥一些唯心主义的议论，而不能从根本上纠正导致这些议论的方法论上的错误。因此，列宁强调他们没有一个是理解马克思的。为什么？因为他们没有真正理解黑格尔的逻辑学，因此也就没有完全理解马克思的《资本论》，没有理解马克思的辩证法和黑格尔的辩证法之间的内在关联。 (41) 列宁在这里强调，唯物主义辩证法不是枝节之论，不是实例的总和，而是完整的发展学说和认识论原则，是辩证法、逻辑学和唯物主义认识论的有机统一。这种辩证法将客观的过程区分为两种形式：自然界和人类社会的有目的的活动，前者是后者的自然基础。“人在自己的实践运动中面向客观世界，以它为转移，以它来规定自己的活动。” (42) 黑格尔的辩证法已经揭示了这一点，所以列宁强调：马克思把实践标准引进认识论时，是直接和黑格尔接近的。 (43) 但是黑格尔虽然在认识论上注入了实践，但是却始终只关注自己殚精竭虑所构造的那个庞大的认识体系，而拒绝把历史本身视为实践的过程。因此他在认识论（逻辑学）上对近代哲学的变革最终成为一种“构造体系的方法”。正如恩格斯所阐明的那样：“黑格尔的辩证法之所以是颠倒的，是因为辩证法在黑格尔看来应当是‘思想的自我发展’，因而事物的辩证法只是它的反光。而实际上，我们头脑中的辩证法只是自然界和人类社会中进行的、并服从于辩证形式的现实发展的反映。” (44) 也就是说，黑格尔在正确地揭示了概念的辩证结构之后，又将它剔出历史，在客观的辩证法之外又重新设定了思辨的历史辩证法，即“绝对精神”自我显现、自我认识的辩证法。费尔巴哈用以自然为基础的“人”颠倒了黑格尔的“绝对精神”，但又抛弃了黑格尔的辩证法，因此在历史观上重新陷入唯心主义。马克思在费尔巴哈“颠倒”的基础上再进一步颠倒，认定历史既不是“绝对精神”的自发过程，也不是“人”的本质的实现过程，而是人与自然、人与人之间关系的辩证发展过程。并且，马克思的历史观也不再满足于对这一历史过程的单纯理解，而是致力于在当前特定的历史条件下自觉参与历史的变革过程（改造世界）。这是马克思主义实践概念的核心，也是马克思《资本论》的出发点和归宿。而在其哲学方法上，如列宁强调的那样，是逻辑的分析和历史的分析相统一：“在每一步分析中，都用事实即用实践来检验” (45) 。因此，马克思在实现其哲学方法的革命变革之际，强调的是一种新历史观的创立，它所导向的是一种崭新的历史科学，集中体现在：“从直接生活的物质生产出发阐述现实的生产过程，把同这种生产方式相联系的、它所产生的交往形式即各个不同阶段上的市民社会理解为整个历史的基础，从市民社会作为国家的活动描述市民社会，同时从市民社会出发阐明意识的所有各种不同理论的产物和形式，如宗教、哲学、道德等，而且追溯它们产生的过程。……这种历史观和唯心主义历史观不同，它不是在每个时代中寻找某种范畴，而是始终站在现实历史的基础上，不是从观念出发来解释实践，而是从物质实践出发来解释观念的形成” (46) 。正是在这里，显示了马克思哲学方法与一切旧哲学的区别。
从第二国际开始，人们就对马克思的哲学方法产生了深刻的误解，这表现在由于过分地强调唯物主义而忽视了辩证法，忘记了马克思的方法是历史的、开放的。第二国际理论家试图把马克思主义解释成一种类似于古典政治经济学的经济决定论，恰恰违背了马克思的初衷。
旧唯物主义把市民社会看成一成不变的东西。对此，马克思强调指出：“经济学家所以说现存的关系（资产阶级生产关系）是天然的，是想以此说明，这些关系正是使生产财富和发展生产力得以按照自然规律进行的那些关系。因此，这些关系是不受时间影响的自然规律。这是应当永远支配社会的永恒规律。于是以前是有历史的，现在再也没有历史了。” (47) 关于这一点，卢卡奇正确地指出：“对马克思主义来说，归根结底就没有什么独立的法学、政治经济学、历史科学等等，而只有一门惟一的、统一的——历史的和辩证的——关于社会（作为总体）发展的科学。” (48) 但是，马克思究竟是如何具体地分析历史以及是否意味着强调历史就必须否定自然，在这样一些问题上，卢卡奇又步入歧途并引发了长期的理论争论。由于这些问题直接关系到对马克思哲学方法的理解，因此必须简要分析一下。
历史科学的任务，从根本上来说不是通过抽象把历史事件分解为某些逻辑范畴，从而把纷繁复杂的历史运动归纳成一组逻辑公式。与此相反，它的任务是在实践基础上理解真实的历史，并且首先解决一切历史发展的原初动力问题。在马克思之前，精致的唯心主义和神秘主义把这个动力归结为“上帝”、“绝对精神”或“自我意识”以及“实体”等；而粗陋的唯物主义在肯定环境对人的决定性影响的时候却忽视了环境正是由人来改变的。马克思从未想到要回答谁是决定历史运动的主体这个问题。在他看来，人类历史发展的真正动力是生产物质生活资料的生产方式，而“生产方式”，正是现实存在着的人们为维持其生命存在而必须进行的生存活动的方式。生产方式不是人们自由选择的，而是由生产力的发展水平和分工的发展阶段所决定的。作为一种描述性的概念，其内容恰恰也是人，但这里的人不是静态的原子式的人，而是处于动态的社会系统中的人；不是抽象的非历史的人，而是具体历史条件下的现实的人。它超越了旧唯物主义对市民社会对单个人的直观，也摒弃了唯心主义的思辨想像。在生产方式的视角下，人是有着现实规定性的、生动具体的、处于动态的社会历史进程中的人。通过“生产方式”这个概念，我们就能知道，马克思所思考的问题是：在一定的历史发展时期，究竟哪一种生产和交往方式能够有利于历史的发展和进步？这样，历史科学所研究的，就不再是抽象地寻找能够解释一切历史的冰冷的公式，而是为现实历史的变革与进步提供具体的方法指南。这是马克思“历史科学”的真正含义。