菇菌生产中的污染途径
1.栽培原料的污染
食用菌的栽培原料多为段木、木屑、棉籽壳、稻草和麦秸等农作物下脚料。有些树木长期生长在富含汞或镉元素的地方，其木材内汞和镉的含量较高。棉籽壳中含有一种棉酚为抗生育酚。对生殖器官有一定危害，汞被人体吸收后重者可出现神经中毒症状。镉被人体吸收后，可损害肾脏和肝脏，并有致癌的危险。此外还有铅等重金属元素，也会直接污染栽培料。如果大量、单一采用这些原料栽培菇菌，上述有害物质就会通过“食物链”不同程度地进入菌体组织，人们长期食用这类食品，就会将这些毒物富集于体内，最终损害人体健康。
2.管理过程中的污染
菇菌的生产，要经过配料、装瓶（袋）、浇水、追肥及防治病虫害等工序。在这些工序中如不注意，随时都有可能被污染。在消毒灭菌时，常采用37%～40%的甲醛等作消毒剂；在防治病虫害时常用多菌灵、敌敌畏、氧化乐果乃至剧毒农药1605等。这些物质均有较多的残留物和较长的残毒性，易对人体产生毒害。此外，很多农药及有害化学物质，均易溶解和流入水中，如使用此种水浇灌或浸泡菇菌（加工时），也会污染菌体进而危害人体。因此，在生产中用水，应符合GB5749《生活饮用水卫生标准》。
3.产品加工过程中的污染
（1）原料的污染 菇菌的生长环境一般较潮湿，原料进厂后如不及时加工，堆放在一起，因自然发热而引起腐烂变质，加工时又没严格剔除变质菇体，加工成的产品本身就已被污染。
（2）添加剂污染 菇菌在加工前和加工过程中，用焦亚硫酸钠、稀盐酸、矮壮素、比久及调味剂、着色剂、赋香剂等化学药物作护色、保鲜及防腐。尽管这些药物用量很小，虽在加工过程中经反复清洗过，且食用时也要充分漂洗，但毕竟难以彻底清除掉，多少总会残留些毒物，对人体存在着潜在的毒性威胁。
（3）操作人员污染 采收鲜菇和处理鲜菇原料的人员，手足不清洁；或本身患有乙肝、肺结核等传染病，或随地吐痰等，都会直接污染原料和产品。
（4）操作技术不严污染 菇菌产品加工工序较多，稍一放松某道工序，就可能导致污染。如盐渍品盐的浓度过低；罐制品杀菌压力不够，时间不足，排气不充分，密封不严等，均能让有害细菌残存于制品中继续为害，进而导致产品败坏。
尽管污染菌类制品的细菌多非致病菌，但也会污染致病菌，以致产生毒素危害人体。
4.贮藏、运输、销售等流通环节中的污染
我国目前食用菌的出口产品为干制、盐渍、冷藏、速冻等初加工产品，不论如何消毒灭菌，多数制品均属商业性灭菌，因此产品本身仍然带菌，只要条件适宜，所带细菌就能大量繁殖，使产品被污染。一旦温度条件发生变化、冷藏设备失调、干制品受潮、盐渍品盐度降低等，都会导致产品败坏，以致重新被污染。在产品运输途中，如运输工具不洁；在销售过程中，如贮藏不当、包装破损、货架期长，也能被污染。