生下三年，走了一万多里
1936年1月28日，傅斯年移家南京。不久，中研院总干事丁文江（字在君）去世，代理院长朱家骅赴任浙江省省主席。卢沟桥事变爆发后，傅斯年受命代理中研院总干事。他让俞大綵携两岁幼子，去江西庐山牯岭投奔岳父。又转托史语所一位职员，护送母亲前往安徽暂居。留守金陵的傅斯年开始忙碌于组织搬迁，转运文物图书等万千头绪。曾侍奉傅斯年母亲一路逃难的朱仲辉写道：
当南京空袭日频之下，傅先生忙于公务无法陪侍老太太避难同行，遂托专人护送老太太至安徽歙县暂住。南京沦陷后，才辗转由陆路逃至汉口，历时廿余日，备极劳累，沿途辛苦，老太太每谈及，必感谢护送人之殷勤劳苦。斯时老太太年已七十以上，虽长途劳累，终能平安健康地住在了长沙。傅先生每言老母逃难之事心实不安，说幸能平安至后方，否则将何以对祖先。[6]
1938年春，史语所迁徙昆明，分住城里拓东路和靛花巷两处。9月28日，昆明再遭轰炸，史语所搬迁至龙泉镇。傅斯年在棕皮营村长赵崇义的西院租了块种竹笋的地，盖了五间房。落成后，傅家喜迁新居。1939年1月20日，傅斯年为幼子画了一张旅程图，他要年仅四岁的仁轨记住逃难经历。他在图上题记：“小宝的一个生日，是在牯岭外公外婆家过的。爸爸在南京看空袭。生下三年，走了一万多里路了！”回忆那段日子，俞大綵也溢满温馨：
1938年10月史语所同人在昆明龙头村，傅斯年（左二）俞大綵（右四）（台北“中研院”史语所供图）
我们初到昆明时，友人送给仁轨一只很漂亮的大黑狗。一日孟真午睡方酣，那只狗走近床边，用舌轻舐他的手，他被惊醒，便伸手猛打，没有打中，他怒气冲天地拾起拖鞋再打，狗已远去，他却把自己的眼镜从几上打落到地上，镜片碎了。在他盛怒之下，我只得戏言，虐待动物是一罪，要遭监禁的，不料他竟“恼羞成怒”，整整三日，不与我交一言。这场冷战，延续了三天之后，第四日清晨，他起床，长揖到地，面有愧色地笑向我说：“我无条件地投降了，做了三天哑巴，闷煞我也。”[7]
1940年10月13日，日机轰炸昆明，西南联大的文化巷住宅被毁，有师生被炸死。傅斯年再度兼任中研院总干事，指挥搬迁准备。年底，中研院史语所、社会所，中博院和中国营造学社迁至四川南溪县李庄。坐镇重庆的傅斯年，遥领指挥，如下盲棋，积劳成疾，猝然病倒。1941年3月，傅斯年被送进重庆歌乐山下的中央医院。稍稍安稳后，他给时在美国的胡适在信上谈道：“去年初冬，敝所奉命自昆明迁川南，其时甚为忙碌，又以兼任敝院总干事长之故，更感生活之不安定。今年在二、三月中，五十天内，一连开会五次，长者如参政会之十日，短者不过一日，但属于敝院者，须弟事先准备，又以有各种不如意事，时有暴怒。”[8]住院四个月后，傅斯年回家养病，在致胡适的信中说：“出中央医院时，血压是低了。以后高高下下几个月，我在歌乐山养病，以离中央医院近也。出院时为7月7日，直到9月中，才可以说能走点路。一夏大轰炸，只是听着它在头上过，任之而已。”[9]那是一段穷愁的日子，俞大綵写道：
孟真重病在身，幼儿食不果腹。晴时，天空常有成群的敌机，投下无数的炸弹；廊外偶而细雨纷霏，又怕看远树含烟，愁云惨淡，我不敢独自凭栏。
记得有一次，三五好友，不顾路途遥远，上山探疾，孟真嘱我留客便餐，但厨房中除存半缸米外，只有一把空心菜。我急忙下楼，向水利会韩先生借到一百元，沽肴待客（我与韩君，素不相识，只知他曾在北京大学与孟真同学，但不熟）。那是我生平唯一的一次向人借钱。
事隔一月，我已还清债务，漫不经心地将此事当笑话说与孟真听。不料他长叹一声，苦笑着说：“这真所谓贫贱夫妻百事哀了。等我病愈，要拼命写文章，多赚些稿费，决不让你再腼颜向人借钱了。我好惭愧。”我很后悔失言，不料一句戏言，竟引起他的感慨万千，因为他常为国家多难而担忧，但他于个人生活事，从不措意！[10]
1930年代，傅斯年母亲李叔音（台北“中研院”史语所供图）
母亲逃难重庆，他无暇顾及，安排弟弟傅斯岩（孟博）照顾母亲，自己负担费用。冷月空悬，萱花霜萎，这年10月，傅母不幸去世。朱仲辉写道：
傅先生母丧后，悲恸之情自不待言，但以国难当头，丧事一切从简，不发讣告，不开吊，寿衣老太太早已自做好，仅购置优质棺木，并请俞大维派人料理安葬事宜，墓地经选在歌乐山附近，地名已记不清楚。仅记得是在当时水利部后山，大概是中研院数学研究所办公处旁一小山顶上。下葬时在岩石中钻一洞穴，用吊车将棺木放入，再用水泥制成约七八寸厚之水泥板三块，用吊车吊起盖上，极为坚固，是日参加葬礼者除傅先生兄弟二人外，仅有我与中研院高先生及数学所部分人员，另有工程人员不过十数人而已，人虽不多，但极隆重。[11]
办完母亲丧事，傅斯年身心两伤，高血压再度复发。