二、洱海发掘团
1938年9月，曾昭燏离开英国，乘海轮回国，同船有学人类学的费孝通、学英国文学的杨周翰等。他们从香港经越南10月29日始抵昆明。11月4日，曾昭燏到昆明靛花巷史语所拜见李济，接聘中央博物院专门设计委员。5日，她与李济、梁思永、吴金鼎夫妇聚餐，商谈滇西考古事宜。1939年1月19日，她与先期到达的母亲相逢，此时曾昭抡也在昆明，一家人乱世相逢，悲欣交集。
此时的李济，也颇感欣慰，吴金鼎、王介忱、曾昭燏等加盟中博院，“所从事的田野工作及其方法正代表了当时英国甚至可以说是世界的较高水平”。故拟定了一项考古计划：“过去十余年来，华北考古之结果，证明中华远古之文化，确有一部分来自西南，吾人为欲了解全部中国文化之渊源起见，现拟按照下列计划，从事西南考古。兹拟实地调查西南古迹，凭藉吾人所熟知之汉族遗物为线索，先求汉族遗迹之分布，再就地层先后，以推求汉化以前之他族文化，及汉化后所产出之特色……”[34]
1940年大理苍洱考古团。后排左起李霖灿、吴金鼎；右起王介忱、曾昭燏（李在中供图）
吴金鼎先去滇西摸底，到了大理、邓川、洱源、鹤庆、丽江、滨川诸县，在大理境内发现数处可利发掘的史前遗址。1939年春，吴金鼎、曾昭燏、王介忱三人前往大理，调查古迹，组织发掘团。洱海之滨苍山脚下，他们就地招聘白族青壮年四十多人参加发掘。自3月开工，一鼓作气完成马龙、佛顶峰的发掘。曾昭燏在给巴黎访学的向达的信中写道：“2月初即携吴金鼎君夫妇来大理，为中研院历史语言研究所设工作站于此，万里投荒，人事罕问，直如太古山野之民，绝圣弃智，反易安详。”[35]其间，吴金鼎与尚在英国留学的夏鼐的通信中曾撰一联：
苍岩云欲住，洱海月长流，佳景如斯，才堪考古；
中土燎方扬，西溟波复起，大功成矣，何不荣归？
夏鼐回赠戏联，以酬“吴老板开张之喜”：
掌柜有贤妻，伙计是良朋，如此搭配，若君真堪考古；
桐棺作徐榻，广厦多臭虫，尚待须臾，则我亦将来归。[36]
良朋伙计自然是曾昭燏。“西北望长安，可怜无数山”。9月15日，她给夏鼐写信，告诉她与吴金鼎等还在大理，又发掘出一遗迹。这封信通过外交领事署转，夏鼐收讫，已过去两个多月。他回复，最早也得在明年二三月间才能回国。[37]
11月23日，曾昭燏在佛顶峰考古工地上，忽得母亲病亡的电报，顿时五内俱焚。她急赴昆明，恸吊母丧。此时，除了在北平协和医学院攻读博士的昭懿不能奔丧，昭抡、昭鏻、昭楣均在昆明，昭承、绍杰也从重庆赶来。“伤哉！遂为无母之人，此生尚有何趣味耶？”曾昭燏泪眼和墨写下祭文，“烽燧满天，乡邦难返，谨奉遗体暂厝昆明近郊，一俟寇氛肃清，江南底定，当扶柩而北归，庶合葬于先垄。”1940年1月2日，曾氏兄妹将母亲葬于龙泉镇瓦窑村的右山上。
1月14日，曾昭燏吞泣忍悲，重返大理考古工地。直到2月中旬，始完成在大理马龙、佛顶、中和、龙泉等遗址的考察，发现新石器时代至汉、晋和南诏大理国时期文化遗址38处，以及南诏大理国以来的古墓葬17座。她清理出土物，绝大多数石器陶片等，难以运往昆明，只好率工人在龙泉峰麓的大石南坑就地深埋。她叹曰：“辛苦掘出，无人能赏，则得之于土归之于土已耳！”于是，在磨石上书《瘗陶片石器文》：
中华民国二十九年二月十四日，国立中央研究院历史语言研究所驻大理工作站将去大理城。以前所掘马龙、清碧、佛顶、中和、龙泉诸遗址古物研究已毕，而不能携去者，以及他处所拾得者计石器件、陶片，瘗之龙泉峰大石泉之旁，书此贞珉庶垂不朽！后人有掘出者幸加珍重护持，或重为掩埋，或移之善地，庶不负先民创作之艰难而瘗者保护古物之苦心云耳。
廿九年二月十四日识[38]
而今，大理旅游如火如荼，不知这批远古文物是否已重见天日，这页历史是否被勒石纪碑，昭告天下？
1940年10月14日在昆明，曾昭燏遭遇日机大轰炸。她在日记中写：
清早往司马第巷为吴太太送信与徐仲洁夫妇，归至云大看夏庐师，知仲兄昨夜未归。同夏庐师、王玉章至家庭食社早餐。餐毕同往城西北树林中避空袭。树林已为兵士所占，乃至对面一山罅中坐，无事读盛明杂剧第二集《牡丹春》《香囊怨》二剧，并成“点绛唇”一首，用夏庐师、冯沅君等之韵：“西望滇池，苍茫还似江湘水，暮云无际，何处修门是？三载沦飘，匝地金戈沸，争能醉，梦中悲喜，不尽沧桑泪。”[39]
黄昏鼓角，征路愁迷。中博院随中研院史语所等单位再迁四川。行前，曾昭燏“陪仲兄（曾昭承）往拜母亲墓，于瓦窑村一带山上徘徊甚久”，不忍离去。