三、碱性磷酸酶

碱性磷酸酶能催化从单链或双链DNA和RNA分子中除去5′-磷酸基，即脱具有磷酸作用。细菌碱性磷酸酶（bacterial alkaline phosphatase，BAP）和小牛肠碱性磷酸酶（calf intestinal alkaline phosphatase，CIP）都有此作用，它们都依赖于Zn2+。CIP可在70℃加热10 min灭活或通过酚抽提灭活，而且活性比BAP高10～20倍，因此，CIP更常用。在基因工程中常用碱性磷酸酯酶处理限制性内切酶切割后的载体DNA，防止载体自连。

基因工程中常用到的碱性磷酸酶主要有牛小肠碱性磷酸酶（CIP）、细菌的碱性磷酸酶（BAP）和虾的碱性磷酸酶（shrimp alkaline phosphatase，SAP）。在使用后的灭活方面，CIP可用蛋白酶K消化灭活，或在5 mmol/L EDTA条件下，65℃处理10 min，之后用酚-氯仿抽提，纯化去磷酸化的DNA，除CIP的活性。SAP在去除残留活性方面最具优势，将反应液在65℃处理15 min即可使其完全、不可逆地失去活性。而BAP则抗性强，耐高温和去污剂等处理。