这类探针多采用分子克隆从基因文库筛选或用PCR技术扩增制备。由于真核生物基因组中存在高度重复序列,所以制备探针应尽可能选用基因的编码序列(外显子),避免选用内含子及其他非编码序列,否则将引起非特异性杂交而出现假阳性结果。