一、核酸外切酶
核酸外切酶（exonuclease）是指一类从多核苷酸链的一端开始，按顺序降解多核苷酸链的核酸酶。有些核酸外切酶可以作用于单链的DNA，如大肠杆菌核酸外切酶工和核酸外切酶Ⅶ；有些核酸外切酶可以作用于双链，如大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ、λ噬菌体核酸外切酶以及T7噬菌体基因6核酸外切酶等。
1.大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ
大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ（exonuclease I，exoⅠ）是一种单链特异性3′→5′核酸外切酶，从单链DNA的3′-OH末端降解生成5′单核苷酸，对单链DNA的特异性非常高，不作用于双链DNA及RNA。
在DNA分子操作实验中，如需对PCR产物进行测序，需去除反应体系中残存的引物及dNTP，否则测序反应不能正常进行。经核酸外切酶Ⅰ和磷酸酶（如CIAP或SAP）处理后的PCR产物可直接用于测序。核酸外切酶Ⅰ可去除残留的单链引物以及扩增反应中产生的多余的单链DNA，碱性磷酸酶用来去除残存的单核苷酸（dNTP）。这样可以避免使用烦琐的胶回收、柱纯化、沉淀、磁珠、过滤、透析等方法。
2.大肠杆菌核酸外切酶Ⅶ
大肠杆菌核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）是一种单链核苷酸的外切酶，它能从5′端或3′端呈单链状态的DNA分子上降解DNA，它是唯一不需要Mg2+的核酸酶，耐受性很强。核酸外切酶Ⅶ可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置，它只切割末端有单链突出的DNA分子。
3.大肠杆菌核酸外切酶Ⅲ
大肠杆菌核酸外切酶Ⅲ（exoⅢ）是一种双链核苷酸的外切酶，它具有多种催化功能，可以降解双链DNA分子中许多类型的磷酸二酯键，其中主要的催化活性是沿3′→5′方向逐步催化去除单核苷酸，每次只有几个核苷酸被降解。尽管可以作用于双链DNA的切割产生的单链缺口，但最适底物是平末端或3′凹陷末端的双链DNA。由于对单链DNA无活性，3′突出的末端可抵抗该酶的切割，拮抗程度随3′突出末端的长度而不同，4个碱基或更长的突出完全不能被切割，这种特性对于一端是抗性位点（3′突出端）、一端是敏感位点（平端或5′突出端）的线性DNA分子，可以产生单向缺失。
在DNA分子操作实验中，核酸外切酶Ⅲ的用途主要有两方面：第一，从3′→5′降解双链DNA，使3′突出，再配合使用Klenow酶补平末端，同时加入带放射性同位素的核苷酸，便可以制备特异性的放射性探针；第二，与绿豆核酸酶或S1核酸酶联合使用，制备单向或者双向缺失的DNA，例如，末端分别为EcoRⅠ-PstⅠ的DNA片段，EcoRⅠ方向5′端突出，对exoⅢ敏感；PstⅠ方向3′突出，能抗exoⅢ的切割，这样在与绿豆核酸酶或S1核酸酶联合使用时就可以制备从EcoR I方向缺失的DNA，末端都是5′端突出就可以制备双向缺失的DNA。
4.λ核酸外切酶和T7基因6核酸外切酶
λ核酸外切酶（λexo）是一种双链核苷酸的外切酶，这种酶催化双链DNA分子自5′-磷酸末端进行逐步的加工和水解，释放出5′单核苷酸，但它不能降解5′-OH末端。最适底物是5′磷酸化的双链DNA，也能降解单链DNA，但效率很低，不能从DNA的切刻或缺口处开始消化。T7基因6核酸外切酶和λ核酸外切酶酶学特性相同。
在DNA分子操作实验中，λ核酸外切酶的用途有两个方面：第一，将双链DNA转变成单链的DNA；第二，从双链DNA中移去5′突出末端，以便用末端转移酶进行加尾。