逮捕及审判战犯
1945年7月26日发表的《波茨坦公告》郑重指出：“吾人无意奴役日本民族或消灭其国家，但对于战争人犯，包括虐待吾人俘虏者在内，将处以法律之严厉制裁。”1945年8月8日，苏美英法在伦敦签订了《关于控诉和惩处欧洲轴心国主要战犯的协定》及其附件《纽伦堡国际军事法庭条例》，计划对德国法西斯首要战犯进行审判。受其影响，盟军进驻日本后，在9月11日发布了包括东条英机在内的第一批39名甲级战犯嫌疑者名单，10月19日盟军总部又发布了包括荒木贞夫在内第二批11名甲级战犯嫌疑者名单，12月2日又发布了包括广田弘毅在内第三批59名甲级战犯嫌疑者名单。盟军总部最后一次发布战犯嫌疑者名单是在1945年12月6日，前后四次共逮捕甲级战犯嫌疑者118名，其中包括皇族成员梨本宫守正，但在美国的坚持下，天皇没有列入战犯嫌疑者名单。
与纽伦堡审判美苏英法四国对等的立场不同，东京审判完全由美国政府主导。1945年12月8日，在美国安排下成立国际检察局，由美国、英国、苏联、中国、法国、荷兰、澳大利亚、加拿大、新西兰、印度、菲律宾等11个国家的检察官组成，其中包括中国的检察官向哲浚，美国的约瑟夫·基南任检察长。东京审判的法官也是由上述11个国家的11名法官担任，其中包括中国的梅汝璈法官，澳大利亚的韦伯法官担任庭长。
按照麦克阿瑟的指示，国际检察局制定了《远东国际军事法庭条例》，并在1946年1月19日颁布。条例具体规定了法庭的组成、管辖权、审判程序、法庭权力及判决，其中作为条例核心内容的法庭管辖权为：法庭有权审判及惩办以个人或团体成员身份犯罪的远东战犯。而犯有下列罪行之一者，即构成犯罪行为，本法庭具有管辖权，犯罪者个人应单独负其责任。（1） 破坏和平罪。指策划、准备、发动或执行一种经宣战或不经宣战之侵略战争，或违反国际法、条约、协定或保证之战争，或参与上述任何罪行之共同计划或阴谋。（2） 普通战争犯罪。指违反战争法规或战争惯例之犯罪行为。（3） 违反人道罪。指战争发生前或战争进行中对任何和平人口之杀害、灭种、奴役、强迫迁徙，以及其他不人道行为，或基于政治上或种族上的理由而进行的旨在实现或有关本法庭管辖范围内任何罪行之迫害行为，不论这种行为是否违反行为国家的国内法。凡参与上述任何罪行之共同计划或阴谋之领导者、组织者、教唆者与共谋者，对任何人为实现此种计划做出之一切行为，均应负责。 (31) 通常将破坏和平罪称为甲（A）级战犯，将普通战争犯罪称为乙（B）级战犯，将违反人道罪称为丙（C）级战犯，东京法庭审判甲级战犯。
1946年3月，直属盟军总部的国际检察局执行委员会组成，选定起诉的甲级战犯嫌疑名单，4月公布了以东条英机为首的28名被起诉者和起诉书。为保证审判的公正，法庭条例规定给予被告充分的辩护权。因此，被告通过日本政府或日本律师会聘请辩护律师，并组成辩护团，鹈泽聪明为团长，清濑一郎为副团长。因东京审判按照英美法系的程序进行，日本方面以不熟悉为由，请求盟军总部提供人员援助，于是美国派出20多名辩护律师协助日本辩护人，因而法庭上通常由美国律师出面辩护。
出庭作证的证人有两种，一是检察方面提供或要求传唤的“检察证人”，一是被告辩护律师提供或要求传唤的“辩护证人”，证人出庭作证必须经过本人的同意。前来法庭作证的证人一般由法庭通知盟军总部负责招待和照顾，往来的旅费以及在东京的住宿饮食等也由盟军总部支出。
1946年5月3日，设在原日本陆军部大厦的远东国际军事法庭正式开庭，关押在巢鸭监狱的甲级战犯嫌疑者走上被告席。在检察方宣读的起诉书中，控诉日本在1928年1月1日到1945年8月15日的时间里，“被犯罪的军阀所控制和指导，这种政策就是重大的世界纠纷和侵略战争的原因，同时也是爱好和平的各国人民的利益和日本人民本身利益遭受重大损失的原因”。全体被告所犯55条罪行的第一条是“以领导者、组织者或同盟者的资格，参与共同计划或阴谋，欲为日本取得东亚、太平洋、印度洋，以及其接壤各国或近邻岛屿之军事、政治、经济的控制地位。为达到此目的，使日本单独或与其他国家合作，对任何一个或一个以上之反对此项目的国家从事侵略战争”。
由于东京法庭拘泥于英美法系的繁琐审判程序，包括检察方宣读起诉书、法庭询问被告是否承认有罪、首席检察官致“始讼词”、检察方提出证据（证词、人证、物证等）、被告辩护方辩护并提出证据、检察方反驳被告辩护提出的证据、被告辩护方反驳检察方提出的驳复证据、检察方总结发言、辩护方总结发言、首席检察官致“终讼词”、法庭宣判等，特别是在提证阶段，检察方耗时六个月，辩护方耗时超过十个月，因此，给被告及其辩护人拖延时间造成可乘之机。法庭审理从1946年5月持续到1948年4月，其中在1947年9月10日到1948年1月12日进行被告个人辩护，419人出庭作证，采用的证据共有4336件。 (32)
由于审判内容广泛，审理结束后，法庭花费半年时间撰写长达1800页的判决书。1948年11月4日，法庭庭长开始宣读判决书，历时一周。判决书分为法庭的介绍与相关法律问题、法庭判定的日本侵略及其他战争犯罪事实、判决结果等三大部分。在第一部分中，判决书明确表示远东军事法庭是根据《开罗宣言》等一系列国际文件和国际法，由盟军最高统帅根据盟国赋予其权力而开设。针对辩护方提出的反和平罪是事后立法因而不合法的观点，判决书强调反和平罪是现行国际法的明文化，不是事后立法。法庭的管辖权来自法庭条例并以纽伦堡审判为范本。
在第二部分中，判决书详细叙述了日本策划、准备、发动和进行侵略战争的过程及犯罪行为，指出在1928年到1945年期间，日本的内外政策都以准备和发动战争为目的，特别是在1933年以后，日本陆续退出国联及其他限制军备的国际会议和条约，大胆为发动侵略战争做准备。判决书在“违反战争法规的犯罪”中，用大量篇幅揭露了日本从1931年侵略中国东北地区到战败投降期间对中国的一系列侵略、屠杀活动，特别认定“在日军占领后的最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上” (33) 。判决书同时认定日本对英、美、苏等国及东南亚国家的战争是侵略战争，揭露了日军在东南亚等地大规模屠杀俘虏和平民的罪行。
判决书的第三部分是对被告的宣判。在28名被告中，除宣判前死亡的松冈洋右、永野修身以及因精神异常免于起诉的大川周明三人外，其他25名均宣告有罪。法庭判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等七人绞刑，并在同年12月23日全部执行；另外判处木户幸一、平沼骐一郎、贺屋兴宣、岛田繁太郎、白鸟敏夫、大岛浩、荒木贞夫、星野直树、小矶国昭、畑骏六、梅津美次郎、铃木贞一、南次郎、佐藤贤了、桥本欣五郎、冈净纯等16人终身监禁；分别判处东乡茂德、重光葵20年监禁和7年监禁。
除审判甲级战犯的远东国际军事法庭外，还有审判在日本国内以及日本占领区违反战争法规和人道的乙级、丙级战犯法庭，设在日本国内及亚洲太平洋地区各地，分别在美国、英国、澳大利亚、荷兰、中国、菲律宾、法国、苏联等国主导下进行。不包括苏联主导下的审判，一共起诉了5700名战犯嫌疑，其中判处984人死刑、475人无期徒刑、2944人有期徒刑、1018人无罪、279人免于起诉或撤回诉讼。 (34) 与此同时，苏联对在中国东北地区、朝鲜北部和库页岛等地逮捕的日本人实行了秘密的战犯审判。其中1949年11月在伯力进行的审判，包括12名与731细菌部队相关人员。苏联有可能在迅速裁决后，将多达3000名日本人作为战争罪犯秘密处死。 (35) 在乙级、丙级战犯中包括148名朝鲜人和173名中国台湾人，其中判处死刑者朝鲜人23人，中国台湾人21人，这些战犯绝大多数在战俘收容所任职，均负有虐待战俘罪行。根据东京审判的判决书，在日本的战俘营中，战俘的死亡率为27%。 (36)
但东京审判具有较大的局限性，首先在美国的主导下，作为战争最高责任者的天皇没有受到审判、实施人体实验的731细菌部队免于起诉与审判、日本军队在中国战场进行的细菌战及化学战也没有追究等；其次，受冷战国际格局的影响，东京审判几乎是草草收场，半途而废。早在1948年10月，美国国家安全保障会议已经确认结束对甲级战犯的审判以及尽快结束对乙级、丙级战犯的审判。东条英机等人被执行死刑的第二天，也就是1948年12月24日，盟军总部宣布释放囚禁在监狱的岸信介等19名甲级战犯嫌疑者。1949年10月19日，盟军总部又宣布结束对乙级、丙级战犯的审判，不再搜查、逮捕战犯嫌疑者；另外，审判重点放在日本偷袭珍珠港后的太平洋战争、柳条湖事件、卢沟桥事件等，对中国、亚洲各国的侵略没有得到深入的追究。在11名法官中，亚洲代表只有中国、印度、菲律宾三国的代表，马来西亚、印度尼西亚、越南等国没有代表，在日本旧殖民地朝鲜半岛和台湾地区，不仅没有代表出席法庭，而且两地的战争犯罪也没有成为被审判的对象。