“利库路特案件”
竹下内阁成立不久就出现了大型信息产业利库路特公司相关企业宇宙公司将未上市股票以低廉价格转让给政界人物，其后股票公开上市后高价卖出获取巨额利润的“利库路特行贿受贿案件”，严重打击了自民党政权。1988年6月18日，《朝日新闻》揭露川崎市长助理小松秀惟协助利库路特公司低价购买市政府所有地，获得宇宙公司未上市股票，公开上市后将股票卖出，获利1.2亿日元。同月20日，小松辞职。
同年7月6日，《朝日新闻》再以头版头条的显著位置报道了前首相中曾根康弘、现任自民党干事长安倍晋太郎以及现任内阁大藏大臣宫泽喜一等政界要人接受利库路特公司未上市股票的情况。同一天出版的《朝日周刊》报道了日本经济新闻社社长森田康也曾接受过利库路特公司的未上市股票，迫使森田在当天辞去社长职务，利库路特公司的会长江副浩正亦辞去会长职务以消除舆论的压力。第二天的《朝日新闻》又继续报道了现任首相竹下登的秘书购买未上市股票之事，结果竹下首相成为反对党的攻击对象。8月1日，社会党委员长土井多贺子向竹下首相就其事提出质问。9月5日，“社民联”国会议员楢崎弥之助出示了“日本电视”拍摄的利库路特公司社长室室长松原弘向其行贿500万日元作为不在国会追究此案报酬的录象带，并在8日以行贿罪起诉宇宙公司社长池田、室长松原以及利库路特公司前会长江副。 (42)
东京地方检察机关展开搜查工作，逐渐查明利库路特公司通过各种渠道向政治家、行政官员、经济界人士、学术界人士、媒体界人士等提供未上市股票，并购买政治家招待会的入场券，向政界人士提供政治资金等。众议院专门设置“利库路特问题调查特别委员会”，并在11月21日传唤利库路特公司的江副、高石邦男前文部省事务次官、加藤孝前劳动省事务次官。江副在作证时表示散发未上市股票没有特定的标准，多为临时决定数量，否认向政治家行贿，但其证实的向宫泽大藏大臣提供股票者与宫泽大臣在10月27日回答议员质询时提出的当事人不同。11月22日，宫泽大臣会见记者时承认江副的证词是事实，修改在国会答辩时的说明。
在12月1日的参议院税制特别委员会上，宫泽大臣全面修改以前的说法，解释说是秘书利用自己的名义购买股票并获利2000万日元。对此，在野党表示难以接受，社会党、公明党、日本共产党要求宫泽大臣自动辞职。6日，参议院税制特别委员会再次传唤江副，其证词与宫泽大臣的解释仍然不同，宫泽大臣被迫在9日提出辞职请求，并得到竹下首相的认可。 (43) 竹下首相兼任大藏大臣，继续推动国会审议消费税相关法案。
本来从7月19日召开的临时国会专门审议消费税相关法案，结果变为“利库路特案件国会”。以社会党、日本共产党为中心的在野党严厉追究该案件的全部真相，国会审议时常中断。尽管竹下首相通过各种渠道做在野党的工作，并取得公明党、民社党对消费税法案的有条件支持，终于在临时国会闭幕前通过消费税相关法案，但即将实施消费税以及“利库路特案件”引起国民对政治的不满，内阁支持率从1988年10月的
41%迅速下降到同年12月的29%。 (44)
为消除“利库路特案件”带来的负面影响，竹下首相在12月27日改造内阁，宇野宗佑继续担任外务大臣，村山达雄担任大藏大臣，羽田孜担任农林水产大臣，小泉纯一郎担任厚生大臣等。但三天后长谷川峻法务大臣因其后援会接受利库路特公司的政治捐款而辞职，经济企划厅长官原田宪也因其后援会接受利库路特公司的政治捐款而在1989年1月24日辞职。在同年2月12日举行的参议院福冈补缺选举中，自民党候选人惨败，以18万张选票的差距落选，社会党候选人当选。
2月13日，东京地方检察机关以行贿罪嫌疑逮捕利库路特公司前会长江副浩正，其后以受贿罪嫌疑陆续逮捕电信电话公司前会长真藤恒、前文部省事务次官高石邦男、前劳动省事务次官加藤孝等。后来查明高石邦男接受利库路特公司1万股未上市股票，加藤孝用利库路特公司下属金融机构的贷款获得该公司3000股未上市股票，均利用职权在起草有关法案时照顾利库路特公司的利益。同时查明接受利库路特公司未上市股票的政治家有自民党前首相中曾根康弘、现任首相竹下登、安倍晋太郎、宫泽喜一、渡边美智雄、加藤六月、加藤紘一、藤波孝生、渡边秀央、上田卓也和公明党的池田克也、民社党的塚本三郎等13名国会议员。
因昭和天皇葬礼而推迟到1989年2月10日召集通常国会，中曾根康弘前首相与竹下首相涉嫌利库路特案件成为国会审议的中心，在野党拒绝审议新年度政府预算方案，政府被迫编制50天的临时预算应付开始的新年度。3月30日，媒体揭露竹下任自民党干事长举行招待会时，利库路特公司购买了2000万日元的入场券。4月11日，竹下首相在众议院预算委员会上主动说明利库路特公司共提供给自己1.51亿日元的政治捐款，结果引起在野党更加猛烈的批判，要求其辞职。22日，竹下首相原秘书青木伊平在竹下担任自民党干事长时期曾从利库路特公司借款5000万日元。结果自民党内部产生影响选举的危机感，并出现要求竹下首相尽快辞职的声音。 (45)
4月25日，竹下首相表示预算方案成立后内阁全体辞职，但在野党继续拒绝参加国会审议，自民党单独在众议院预算委员会审议、表决，单独在众议院全体会议表决后送参议院审议，为议会开设以来首次执政党单独表决通过政府新年度预算方案。在参议院仅举行了综合性质疑和听证会，未进行审议，在众议院表决30天后的5月28日，按照宪法规定，预算方案自然成立，这也是1954年以来的首次。同年5月22日，中曾根内阁时期的官房长官藤波孝生、公明党众议员池田克也因受托受贿罪被起诉。同月25日，众议院预算委员会传唤“利库路特案件”的证人中曾根前首相，中曾根全面否认，但被迫脱离自民党。
竹下首相宣布辞职后，自民党内部紧急协商后继人选。在较有实力的候选人中，宫泽喜一、安倍晋太郎、渡边美智雄均涉嫌“利库路特案件”，只有伊东正义较为清廉，因而决定推荐伊东并得到竹下首相的同意。但伊东认为“自民党这本书不改变内容，仅改变封面没有意义”，本人也有身体健康原因，因而坚决拒绝出任党的总裁和政府首相。 (46) 结果在竹下首相的推荐下，中曾根派的宇野宗佑外务大臣成为候选人。6月2日，自民党两院议员全体会议以起立表决的方式选举宇野为自民党总裁，同一天国会两院指名选举宇野为首相，第二天组织内阁，除任命三塚博为外务大臣等外，大多仍为竹下首相时期的内阁成员。
同年6月4日，以美国为首的西方国家对中国采取制裁措施，停止对华合作。宇野首相在国会答辩中表示，在采取制裁措施问题上，必须意识到中日关系和日美关系截然不同，中国是日本的重要邻国。7月10日，宇野首相再次表示，日本政府不同意制裁中国，并为参加发达国家首脑会议分别与前首相交换了意见。尽管日本政府追随美国对中国采取制裁措施，但在巴黎召开的发达国家首脑会议上，宇野首相发言表示不应在国际上孤立中国。
宇野内阁成立不久，周刊杂志《星期天每日》就报道了宇野首相与原艺伎交往的女性问题，外国的媒体也报道此事，除此之外，“利库路特案件”、实施消费税、农产品进口自由化成为自民党选举的重大障碍。在6月25日举行的新潟参议院补缺选举中，社会党女性候选人当选。在7月2日举行的东京都议会选举中，自民党从63席减少到43席。在7月23日举行的参议院选举中，在野党主张废除消费税，自民党坚持进行必要的修改，而且以社会党为中心的在野党大量提名女性候选人。在670名候选人中，有146名女性。
选举结果自民党惨败，改选69席，仅保住36席。社会党改选22席，增加到46席。公明党、民社党、日本共产党均减少议席，女性当选22人。结果自民党在参议院的席位减少到109席，离半数127席较远，出现执政党及在野党席位逆转的局面。24日，宇野首相在自民党本部会见记者，表示引咎辞职，执政仅有69天。从战后历史看，比石桥湛山执政71天短，但比东久迩稔彦执政50天长。
参加自民党总裁选举的有海部俊树、林义郎、石原慎太郎，党内最大派系竹下派决定支持河本派的海部。海部在早稻田大学上学时曾为雄辩会成员，与同为该团体成员的竹下派实力政治家渡部恒三和小渊惠三等关系密切。海部既不是派系领袖，也没有担任过自民党的干事长、总务会长、政务调查会长等重要职务，即使在河本派内也有反对参加竞选的声音。但在竹下派的全面支持下，海部以压倒优势在8月8日的自民党两院议员全体会议上当选为新总裁。但在国会指名选举中，参议院选举社会党委员长土井多贺子，两院协商的结果，海部成为新首相。