外交与安全政策
为参加2001年7月在意大利举行的发达国家首脑会议，小泉首相历访欧美国家。6月30日，小泉首相在美国总统休假地戴维营与布什总统举行了轻松的长时间会谈，就安保问题、经济问题、环境问题交换意见。在其后共同会见记者时，双方均表示为建立个人信赖关系开创了良好的开端，同时相互确认“为安全与繁荣巩固建立在伙伴关系基础上的不可动摇的日美同盟关系”。
在小泉内阁成立前后，日本与中国、韩国的关系就发生了微妙的变化。森内阁在2001年4月20日批准台湾当局前领导人李登辉以治病为由访问日本，引起中国政府的强烈抗议，并宣布李鹏人大委员长推迟对日本的访问；4月6日，日本对中国的大葱等三种农产品实施反倾销措施，中国对日本的汽车等实施报复性特别关税；在4月18日的自民党总裁选举讨论会上，小泉表示：“如果担任首相，无论有什么样的批判，也要在8月15日战死慰灵祭祀日参拜靖国神社” (29) ；5月8日，韩国政府认为经过日本政府审查的中学历史教科书仍然存在歪曲历史部分，并向日本提出35项修正要求。小泉首相立即回答“已经检查完毕，不能再修正”，结果韩国宣布延期进行日韩海上搜救训练。
尽管小泉首相承诺8月15日战败纪念日参拜靖国神社，但遭到田中外务大臣和福田官房长官的反对，担心会引起中国、韩国的强烈批判，因而接受加藤紘一及山崎拓的建议，在战败纪念日的前两天，即8月13日参拜了靖国神社，并就未能实现竞选公约中的诺言而表示惭愧。尽管如此，其参拜仍然引起中国、韩国以及国内舆论的强烈批判。
2001年9月11日，恐怖分子劫持民航飞机撞毁纽约的世界贸易中心双子楼，并撞击美国国防部大楼，死亡者超过3000人，美国总统布什指责伊斯兰原教旨主义领导人拉登及其恐怖组织所为。当天晚上小泉首相发表声明：“该事件是对民主主义社会的重大挑战，日本尽最大努力对付其挑战”，在9月25日携带派遣自卫队在内的七个支援方案前往美国与布什总统协商，并承诺在医疗、援助难民、运输物资、收集情报等方面全面支持美国。
其后，以官房长官为中心起草有关法案，在接受两年期限的要求后，公明党支持提出相关法案。10月5日，内阁会议决定的《恐怖对策特别措施法案》和《自卫队法修正案》提交国会审议。法案的主要内容是自卫队在“合作支援”“搜索援助”“救援灾民”等三个领域支持美军，并警卫自卫队设施及在日美军设施等。70%的日本国民支持援助美军，内阁支持率也因此上升了10%。 (30) 在国会审议过程中，民主党提出国会事前承认、禁止运输武器弹药的修正案。执政三党提出在自卫队开始行动后20天之内向国会报告，在国外领土上禁止运输武器弹药，但民主党固执地坚持国会事前承认。16日执政三党在众议院特别委员长表决执政党的修正案，两天后在全体会议上再次表决通过，29日法案通过参议院的审议。11月20日，中谷元防卫厅长官向海上、航空自卫队下达派遣命令，25日三艘海上自卫队舰艇出港。同年12月，解除冻结参加联合国维持和平部队及放宽使用武器标准的《PKO法修正案》也通过国会审议。
美国“九一一恐怖事件”发生后，反恐成为世界各国的紧急课题，小泉政权也希望与中国、韩国缓和紧张关系。10月8日，小泉首相对中国进行工作访问。他在与江泽民主席会谈时表示：“以对过去战争、侵略而死亡之人的道歉和哀悼心情参观了人民抗日战争纪念馆”，同时表示日本的反恐对策是“在不行使武力和参加战争的原则下，根据国力进行国际贡献”。 (31) 但小泉在2002年4月春季例行大祭时再次参拜靖国神社，引起中国政府及人民的抗议，同年5月发生朝鲜人闯日本驻沈阳领事馆事件，中日两国为此发生对立，结果取消了中日邦交正常化30周年之际小泉首相访华的计划。小泉首相在2003年1月第三次参了拜靖国神社，进一步使中日关系冷淡化。
2002年9月17日，小泉首相作为日本首相首次访问朝鲜，与朝鲜最高领导人金正日国防委员长会谈后签署《日朝共同宣言》。宣言的内容包括同年10月两国重新开始邦交正常化谈判、邦交正常化后日本向朝鲜提供经济援助、两国放弃战前的财产及其请求权、遵守国际社会达成的有关综合解决核问题决议、朝鲜冻结导弹发射到2003年底等。在日朝首脑会谈之前，朝鲜表示被绑架的日本人中仍有5名生存者，8名已经死亡。在会谈中，金正日表示是“一部分特殊机构的盲动主义、英雄主义所致”，并认为是国家犯罪而道歉。同时也承认在日本沿海的可疑船只是朝鲜的间谍活动，但在共同宣言中没有触及绑架问题。
9月26日，前大使中山恭子负责支援绑架受害者家族工作，另外成立了以官房副长官安倍晋三为议长的“绑架问题专门干事会”。28日，日本调查团前往平壤，与5名幸存者见面。10月15日，23年前被朝鲜绑架的5名幸存者回到日本，外务省最初采取暂时回国的方针，但官房副长官安倍晋三坚持永久留在日本，向朝鲜要求仍在朝鲜的5名幸存者家属回日本，并继续追查其他被绑架者的下落。在10月底重新开始的日朝邦交正常化谈判时，朝鲜明确主张“绑架问题已经解决”。
在小泉首相访问平壤之前，朝鲜已经通过各种渠道通知日本政府废除1994年美朝框架协议而进行核武器开发，在10月进行的美朝高级官员协商中朝鲜也承认有浓缩铀设施建设计划。12月12日，朝鲜宣布解除克林顿政权时期美朝达成的冻结核设施协议，宣布重新进行核开发，并在2003年初单方面宣布退出核不扩散条约。在5月23日举行的日美首脑会谈中，小泉首相表示“保持对话与压力”。日本政府采取向在日朝鲜人团体设施征税、严格检查来往日朝的客货轮船“万景峰92号”等措施，对朝鲜施加压力。8月27日，在北京召开有中国、美国、日本、俄罗斯、韩国、朝鲜等国代表参加的“六方会谈”，期间进行三次日朝两国会谈，日本代表提出允许幸存者家属回日本、继续调查其他被绑架者下落的要求，但朝鲜代表指责日本违背“暂时让幸存者回日本”的承诺，并表示绑架问题已经解决。 (32)
2003年4月，小泉内阁向国会提出规定紧急事态发生时中央政府及地方自治体各自责任的《武力攻击事态法案》、规定紧急事态发生时政府征用物资以及自卫队车辆紧急通行权限等的《自卫队法修正案》《安全保障会议设置法修正案》等有事立法相关三法案。各党协议的结果，在野党提出在法案中加入最大限度地尊重宪法规定的基本人权等内容，自民党与民主党在5月13日达成一致意见，因而在6月6日，以自民党、公明党、保守新党等执政三党与民主党、自由党的赞成多数，参议院全体会议表决通过。
“九一一恐怖事件”发生后，美国总统布什指责伊拉克、伊朗、朝鲜三个国家是“邪恶轴心”，并宣布不惜对那些企图拥有大规模杀伤武器的恐怖分子和国家进行先发制人的打击。2002年11月，联合国安理会通过要求伊拉克解除武装的1441号决议，并派遣检查团进行检查。美英主张尽快开战，法德俄主张继续检查，美英希望再次通过许可行使武力的决议案，但法国明确表示行使否决权。布什总统表示“联合国不履行责任的话，我们履行其责任”，因而在2003年3月20日，美英军队空袭伊拉克首都巴格达。接到消息后，小泉首相明确表示支持美国，并在众参两院全体会议上加以通告，支持的理由是伊拉克“无视”联合国的决议。美英军队在4月9日攻陷巴格达，萨达姆政权崩溃。
小泉首相在5月23日赴美国德克萨斯州牧场会见布什总统，表示探讨为伊拉克复兴而派遣自卫队。6月13日，小泉内阁向国会提出《支援伊拉克复兴特别措施法案》，其内容为派遣自卫队在医疗、运输物资、补给等方面后方支援维持伊拉克治安活动的美英军队，在修复设施、运输生活物资等方面对伊拉克国民进行人道主义援助，但自卫队活动的区域为“非战斗区域”。
在国会审议过程中，民主党认为当时伊拉克难以判断战斗区域及非战斗区域，因而以向战斗区域派遣自卫队违反宪法为由，提出删除派遣自卫队的修正案，事实上反对政府提出的法案。执政三党分别在7月3日的众议院特别委员会和4日的全体会议表决通过法案，在参议院审议过程中，小泉首相回答质时询经常出现“答非所问”场面，甚至说“我也不知道哪里是战斗区域，哪里是非战斗区域”，“不知为不知，是知也”的话。尽管如此，《支援伊拉克复兴特别措施法案》在7月26日通过参议院的审议。
10月15日，日本政府宣布为伊拉克重建提供15亿美元的无偿援助，17日访日的布什总统对此表示感谢。伊拉克治安形势恶化，不断出现自杀性爆炸事件。11月29日，两名日本外交官在伊拉克中部城市被枪杀。12月9日，小泉内阁决定根据《支援伊拉克复兴特别措施法案》派遣自卫队，自卫队的装备包括无后座力炮和轻型机动装甲车。26日，航空自卫队的先遣队出发赴伊拉克。