二、 结构改革
小泉内阁成立时任命庆应大学教授竹中平藏为经济财政担当大臣负责经济政策，同时最大限度地利用“经济财政咨询会议”提出的建议。经济财政咨询会议由首相、官房长官、经济财政担当大臣、总务大臣、经济产业大臣、日本银行总裁以及4名民间人士组成。小泉执政时期为牛尾电机会长牛尾治朗、丰田汽车会长及经团联会长奥田硕、大阪大学教授本间正明、东京大学教授吉川洋。 (20) 尽管该咨询机构在森喜朗政权时期已经启动，但基本没有发挥作用。小泉担任首相以后，特别是竹中平藏担任经济财政担当大臣后，将该机构作为经济财政政策的决策中心。在小泉执政时期共召开过187次会议，小泉首相几乎全部参加。 (21) 而且提前一小时与竹中大臣协商，会后根据竹中大臣的意见概括发出首相指示。
同年6月，咨询会议提出第一个《2001年基本方针》（全称为《关于今后经济财政运营及经济社会结构改革的基本方针》），其中明确规定“刷新财政体制及预算编制过程，以提高政策形成过程的透明度，确保中短期经济财政运营的综合性”，“每年编制政府预算时，首先在经济财政咨询会议进行有关经济财政综合性讨论，提出应重视的领域及政策变更的必要性等”。在结构改革方面，《2001年基本方针》提出了处理不良债权、特殊法人民营化、地方自立、改革社会保障、缓和劳动法规、城市再生等内容。
首先是处理不良债券问题。尽管在1998年成立金融监督厅，而且国会也通过了议员起草的《金融再生法案》，但在经济持续低迷中，反对实施严格的会计基准声音较强，另外也存在大藏省、金融监督厅、日本银行、其他政府机关之间的对立，因而处理不良债权问题拖延下来。银行仅对优良客户贷款，担心政府强化监督并指示变换经营者，也反对投入公共资金。小泉内阁成立后，不良债权急剧增加，第二年的失业率达到最高峰的5.4%。2002年9月竹中平藏兼任金融担当大臣后，果断地采取一系列处理不良债权措施。
在竹中大臣的主导下，2002年10月，金融厅发表了“金融再生项目”（亦称“竹中计划”），主要内容是金融机构得到公共资金以及日本银行的特别融资，强制性地公开处理不良债权。为保障偿还的可能性，竹中大臣命令银行采用严格的会计方法，同时限制“延期税资产”在自己资本中的比率。另外对银行采取严格的减产，废除将可疑债权变为类似健全资本的会计惯例。竹中大臣要求银行的不良债券比率从2003年3月的8%下降到2005年3月的4%，为处理破产的企业，政府设置“产业再生机构”，在较有实力的利那索银行面临破产之际实施实质上的国有化，并更换其经营领导。 (22)
尽管6个月之后，银行的不良债权比率大幅度下降，但竹中领导的金融厅更为积极地处理不良债券。小泉首相在2003年3月任命原日本银行干部福井俊彦为新日本银行总裁，另外任命大藏省出身和东京大学的两人为副总裁，三人均主张采取克服通货紧缩、缓和金融的政策。为加强竹中大臣的政治立场，小泉首相在2004年参议院选举中提名其为候选人，并以高票当选。尽管到2004年秋所有银行的不良债权比率均下降，但竹中大臣仍然不断对银行施加压力。小泉政权对大荣等大型没有偿还能力且长期抵抗结构改革的债务人，直接或间接地迫使其罢免创始人，更换领导机构成员，进行彻底的整顿。在这些政策的影响下，2005年3月的决算报告显示，7家大型银行集团的不良债权比率下降到2%—3%。 (23)
特殊法人是介于政府与民间的组织，大多利用公共资金进行基础建设或公共事业，较少考虑成本核算。将其民营化可以减少政府财政支出，同时也采用民间企业经营方式提高其效率。小泉政权实施的特殊法人改革主要是道路公团和邮政事业民营化。道路建设涉及到建筑业以及利用其道路的地区居民利益，因而战后一直是执政党十分注重的利益分配领域。同时日本的地价较高，道路建设特别需要资金。在经济高速增长时期，包括道路在内的基础设施建设发挥了较大的作用。但随着经济高速增长的结束以及人口增长的停滞，导致70年代以后建设的道路利用率较低，难以收回成本。如果提高利用费用，将陷入利用者进一步减少的恶性循环状态。为此，小泉内阁在2002年提出《道路相关四公团（日本道路公团、首都高速道路公团、阪神高速道路公团、本州四国联络桥公团）民营化推进委员会设置法》，在内阁设置第三者机构，推进民营化。委员会以原经团联会长今井敬为议长，小泉首相任命的5位委员均是主张积极改革者，其中有积极主张民营化的评论家猪濑直树，自民党道路族议员曾为此坚决反对。 (24) 小泉首相不仅压制了党内的反对，而且指示道路公团和国土交通省向委员提供全部必要的材料。
委员会在2002年8月30日提出中间报告，建议道路公路所有者及管理者分离，民营化后组成“资产及偿还债务机构”继承四公团的资产与偿还债务；由另组建的新公司管理道路运营，建设新道路时由新公司自己负担其费用，并保证赢利性；“资产及偿还债务机构”以新公司征收的道路费偿还债务。 (25) 但围绕是否成立专门机构和公司等问题，委员会内部出现严重对立，甚至发展到在提交最终报告之前，今井敬委员长辞职。最终报告的具体内容是10年后新公司购买道路资产，取消“资产及偿还债务机构”；债务偿还时期为40年，道路收费降低10%，全日本分为5大部分，成立5个新道路公司等。
日本道路公团总裁藤井芳治隐瞒该公团6175亿日元的债务，新任国土交通大臣宣布解除其职务。在小泉首相的主导下，参议员近藤刚成为新总裁。与此同时，国土交通省起草道路公团民营化相关法案，并将其内容变为有利于委员会反对的新道路建设。小泉首相也与自民党、公明党达成妥协，在削减部分费用、各方承担费用的基础上完成原来计划中的道路建设，但委员会部分成员对此提出批判，并辞去委员职务。 (26) 《道路公团民营化相关法案》在2004年3月9日提交国会审议并得到通过，2005年10月1日，新的6个道路公司和“资产及偿还债务机构”成立。
在邮政三事业（邮政、邮政储蓄、简易保险）民营化问题上遭到的阻力更大。邮政事业国家垄断，效率性存在问题，另外免征法人税，对银行、保险公司、传送公司也是不正当竞争。邮政储蓄和简易保险集中了360万亿日元的资金，在其基础上的财政投融资也增长了特殊法人的非效率性，因而通过小泉首相多年来一直坚持的邮政事业民营化改革，在提高效率的同时，推动特殊法人改革和财政改革。1997年桥本龙太郎内阁曾提出过邮政事业民营化的方针，但遭到邮政省、自民党议员、邮政工会的强烈反对，在“行政改革会议”的最终报告中删除了“民营化”的词汇。新行政体制启动后，邮政省改组为邮政事业厅，也计划在2003年组成邮政公社，但国营的性质没有变化。邮政事业民营化的最大阻力是处理邮政储蓄的约2万个特定邮政局局长组成的“全国特定邮政局长会”具有较强的政治影响力，在动员选票方面得到自民党国会议员的重视，例如2001年参议院选举时邮政省出身官僚获得48万张选票，在自民党内排第二位。 (27)
小泉政权成立后，立即组成首相的私人咨询机构“邮政三事业状态恳谈会”。其会长田中直毅为民营化积极推动者，但半数委员持慎重姿态，因而到2002年提出最终报告时三种方案并立，即邮政储蓄和简易保险完全民营化、三事业完全民营化、设置具有经营主导权的特殊公司等。另一方面，为成立邮政公社开始起草《邮政公社法案》和民间可以参与邮政事业的《书信邮政法案》，小泉首相主张全面向民间开放，总务省主张部分开放，自民党有关议员反对开放，因而在2001年发表的《邮政公社法案》中没有民营化的内容。经过小泉首相和总务大臣协商后，该法案以及《书信邮政法案》均有条件地全面开放。2002年7月24日，上述两法案通过国会审议，随后日本邮政公社成立，也有5家企业提出参与邮政业务的申请，但邮政事业民营化尚未实现。
所谓“地方自立”，是指通过对交付地方自治体用于特定公共事业的国库补助金、地方交付税、税源转让等“三位一体”的改革，减少国家对地方自治体的干预，增加地方自治体的自主权与自我责任，即在中央地方的关系上按照市场原理进行改革。但由于各个省厅的反对和矛盾，改革的具体内容迟迟不能决定。在2003年6月的经济财政咨询会议上，小泉首相指示到2006年为止废除4万亿日元的补助金，将其中的80%转为地方自治体的税源，地方交付税也逐级减少。经过多次协调后，12月10日终于在2004年度预算方案中削减1.3万亿日元的补助金，转让4249亿日元的税源，削减2.8623万亿地方交付税。
围绕剩余的3万亿日元的补助金，在2004年5月的经济财政咨询会议上，麻生太郎总务大臣主张转移税源，但财务大臣谷垣祯一主张减少补助金，最后只好在文字上加以模糊处理。但具体问题上仍存在较大的争论，例如在义务教育、生活保护、儿童补贴、健康保险等方面，国家与地方自治体围绕各自的负担比例产生较大的对立。据调查，在47名地方自治体知事中，有11名认为“三位一体改革”不成功，特别对降低义务教育及健康保险的国家负担率不满。 (28)
社会保障费在政府预算中占相当比重，例如2001年度最初预算社会保障费为12.6万亿日元，约占一般会计的21%，小泉政权主要对社会保障费中的医疗制度和养老金制度进行了改革。在医疗制度改革方面，首先在2002年7月通过了《医疗制度改革相关法案》，主要内容包括提高医疗费自己负担比例、提高健康保险费率、抑制老年人医疗费增加、降低诊疗报酬等，通称为医生、费用支付者、患者三方共同增加负担的“三方一起损”，2006年6月国会又通过了设置医疗费总体框架并逐渐减少的新《医疗制度改革相关法案》。另外在2004年6月通过了规定保险费率及支付标准、夫妇养老金分离、减少社会保障费等内容的《养老金改革相关法案》。