“邮政选举”
在2004年初召集的159届通常国会讨论养老金改革问题时，周刊杂志披露某位担任推动交纳养老金保险费宣传形象大使的女演员自己未交纳养老保险费，风波很快蔓延到政界。首先发现有三名内阁成员未交纳，5月7日，福田康夫官房长官承认自己也未交纳，并因此辞去官房长官职务。后来在野党追究小泉首相未交纳养老金保险费问题，小泉首相竟然以开玩笑的口气称“有各种各样的人生”，结果引起国民的反感。 (33)
该届国会除通过《道路四公团民营法案》及《养老金改革相关法案》外，较为重要的法案还有“有事相关七法案”，即规定国家、地方自治体保护国民生命、财产以及自卫队与美军合作方式的《国民保护法案》；规定自卫队和美军优先使用港口、飞机场、通讯电波的《特定公共设施利用法案》；自卫队与美军一道守护日本，规定对美军支援措施的《美军行动顺利法案》；规定海上自卫队阻止向敌对国家运输武器及物资的《外国军用物资等海上运输限制法案》；完善自卫队向美军提供物资、劳务的《自卫队法修正案》；规定处罚破坏重要文物及推迟送还俘虏行为的《国际人道法违反处罚法案》；确保对俘虏采取人道待遇的《俘虏等处理法案》等。
为在7月的参议院选举获胜，小泉首相5月22日再次访问朝鲜，将已经回日本定居的5名被绑架者在朝鲜家庭成员带回日本。尽管如此，7月11日参议院选举投票结果为自民党仅获得49席，加上非改选议席共115席。民主党获得59席的大跃进，共有82席。公明党在参议院为24席，日本共产党为9席，社民党为5席。小泉的结构改革引起自民党支持团体，特别是农业团体及邮政团体的不满，是自民党选举失利的重要因素。
尽管小泉首相希望推动日朝邦交正常化发展，但与中国关系急剧恶化。在圣地亚哥举行的中日首脑会谈中，小泉首相只是向中国总理温家宝表示“来年适当判断是否参拜靖国神社”，并在12月允许台湾前领导人李登辉以旅游的名目到日本访问。同年11月，在平壤举行了第三次日朝事务性会谈，朝鲜提供了被绑架者的遗骨，但后来查明不是其本人，结果双方的不信任感增加。2005年4月，中国大城市发生反对日本成为联合国安理会常任理事国的大规模游行。5月16日，小泉首相针对中、韩反对其参拜靖国神社表示“他国不应干涉内政”，导致计划在23日与其会见的中国副总理吴仪突然提前回国。尽管一直积极支持其参拜的“日本遗族会”随后希望首相顾忌近邻各国的感情，而且大阪高等法院也在9月判决其参拜违反宪法精神，但小泉首相仍然在同年10月第五次参拜靖国神社。日本与韩国的关系也因岛根县制定“竹岛日”以及首相参拜靖国神社问题而恶化，原本约定不谈历史问题的韩国总统卢武铉甚至在两次日韩首脑会谈中批判其参拜行为。 (34) 同年在马来西亚举行的第一届东亚首脑会议，中、日、韩三国首脑会谈中止，中日、日韩两国间首脑会谈也中止。
2004年12月9日，小泉内阁决定派遣自卫队到伊拉克再延长一年，同时决定了新的防卫计划大纲和2005—2009年中期防卫力量整备计划。新防卫大纲认为1995年防卫大纲决定时，尚未体验冷战结束以后各种威胁的形式，但其后朝鲜的核开发、发射导弹、可疑船只、台湾海峡危机等事态的出现，应从冷战时代重视抑制的防卫战略向实际对付各种威胁的战略转化。因此，防卫力量的主要作用是对付包括弹道导弹攻击、游击队以及特种部队的攻击、对岛屿的攻击、处理侵犯领海领空及武装船只、大规模灾害在内的新式威胁以及多种事态，另外完善对付真正侵略事态的体制，积极主动地改善国际安全保障环境。 (35) 中期防卫计划的费用总额是24.24万亿日元，主要用于组建防御弹道导弹的部队与设备，其中包括四艘宙斯盾护卫舰、航空警戒管制部队和地对空诱导导弹部队。
2004年9月，在自民党内尚未取得一致同意的情况下，经济财政咨询会议和内阁会议同时决定“邮政民营化基本方针”，其内容为2007年日本邮政公社民营化，并分为窗口网络公司、邮政事业公司、邮政储蓄公司、邮政保险公司等四个股份公司；国家设置以四个公司为子公司的纯粹持股公司；邮政储蓄公司和邮政保险公司在10年内出售其股票；国家拥有持股公司三分之一以上股票；职员脱离国家公务员身份；邮政储蓄、邮政保险在法律上均与民间金融机构相同等。同时小泉首相改造内阁，特意安排竹中平藏为邮政担当大臣。
2005年1月21日，小泉首相在通常国会发表施政演说时表示实现邮政民营化方案，但自民党内部反对的声音较强。同年3月23日，政府新年度预算方案通过国会审议，小泉首相准备向国会提交邮政民营化方案，但自民党参议院议员会长青木干雄表示首先在党内取得一致同意。尽管如此，小泉首相在与公明党党首会谈时，强调为通过邮政民营化法案不惜解散众议院举行大选，在政府决定民营化法案基本框架后又明确表示：“即使自民党不赞成也要提交国会审议。”
在同年4月13日举行的自民党邮政事业恳谈会上，有100多名议员参加，并通过了反对邮政事业民营化的决议。4月26日，自民党召集邮政改革共同部会，进行了激烈争论后决定赞成法案，当时小泉首相对记者表示“如果不通过法案则摧毁自民党”。但在第二天举行的自民党总务会上，龟井静香等人强烈反对，最后久间章生会长建议“暂时同意提交国会审议，在全体会议上进行修正”。
6月19日举行的众议院邮政特别委员会通过了修正案。7月5日召开全体会议，表决之前古贺诚等自民党议员离席而去，邮政民营化法案以5票之差得到通过。8月8日，参议院全体会议表决时自民党出现30名反对者，因而以125票反对、108票赞成的结果遭到否决。小泉立即召开临时内阁会议，并罢免了反对解散众议院的农林水产大臣岛村宜伸。晚上7时，众议院议长河野洋平宣布解散众议院。
小泉首相不仅将反对法案的自民党议员全部开除出党，而且选派“美女刺客”到他们的选区竞选，例如环境大臣小池百合子从兵库选区转移到东京10区、财务官僚片山佐月到静冈七区、经济评论家佐藤静香到岐阜1区等。与此同时，小泉首相在日本各地进行支持候选人的演说，在每场平均25分钟的演说中，22分钟解释邮政事业民营化，最后3分钟介绍候选人。被开除出自民党的绵贯民辅、龟井静香等人组成国民新党，小林兴起等人组成“新党日本”。 (36)
9月11日的大选投票结果，投票率为67.5%，比上一次大选提高近11个百分点。自民党获得296席，比上一次选举增加59席；民主党获得113席，减少64席，公明党获得31席，减少3席；另外日本共产党9席，社民党7席，国民新党4席，新党日本1席。自民党和公明党席位占众议院三分之二的绝对稳定多数，因而众参两院均顺利通过了邮政事业民营化法案，自民党内过去的反对者也投了赞成票。
通常国会通过了削减公务员数量的《行政改革推进法案》、对应老龄化、少子化的《医疗制度改革法案》《避免财政破产法案》等法案，同时决定将《教育基本法修正案》、为修改宪法做准备的《国民投票法》《防卫厅升格为防卫省法案》继续审议后在2006年6月18日闭幕。随着小泉总裁任期即将结束，自民党内年轻议员组成“再挑战支援议员联盟”，支持安倍晋三竞选总裁。同年8月15日，小泉首相第六次参拜靖国神社，也终于实现了在战败纪念日参拜的竞选公约。
在9月20日举行的自民党总裁选举中，安倍晋三获得464票而当选，麻生太郎获得136票，谷垣祯一获得102票。在自民党人事方面，中川秀直担任干事长，中川昭一担任政务调查会长，丹羽雄哉担任总务会长。在9月26日举行的国会指名选举首相中，安倍晋三以339票对115派的结果击败小泽一郎。安倍新首相任命盐崎恭久为官房长官，麻生太郎为外务大臣，公明党干事长担任国土交通大臣等。同一天，小泉内阁集体辞职，小泉任首相共1980天，在战后首相中排在佐藤荣作、吉田茂之后，为第三任期长的执政者。