外交安全政策
小渊内阁时期也积极开展外交活动，特别在日美关系方面双方首脑交流频繁。1998年9月，小渊首相到纽约出席联合国大会时与美国总统克林顿会谈；同年11月20日，美国总统克林顿访日，与小渊首相会谈，就日本国会尽快通过日美防卫合作新指针相关法案达成一致意见；1999年4月底，小渊首相正式访问美国，与美国总统克林顿会谈，就日美安保、日本经济、朝鲜半岛、中美关系等交换了意见。
在日美安保问题上，1995年秋日美缔结的驻日美军经费特别协议规定，日本在1996—2001年间，为美军提供总额250亿美元、每年50亿美元的经费。1997年日本以财政恶化为由要求减少负担。1999年12月，小渊内阁决定减少比上一年度2.8%的负担经费，但在日美两国共同开发尖端武器技术方面不断取得进展。1998年9月初朝鲜进行导弹试验后不久，日美两国在纽约召开安全协商委员会会议，在战区导弹防御设想上双方同意“朝联合研究技术的方向开展工作”。同年12月，小渊内阁安全保障会议决定在战区导弹防御体系上与美国进行联合技术研究。官房长官野中广务随后发表谈话，认为日美共同进行导弹防御技术研究最有效率，有助于提高日美安保体制的可靠性。 (5) 1999年8月，日美两国签署联合技术研究备忘录。
在日美经济贸易关系上，双方冲突有所缓解。美国开始将放宽经济限制作为谈判的主要内容，1998年美国将日本电信电话公司的连接费问题作为双边协商的最优先课题，日方提出到2000年使用新的连接费计算方式，遭到美国反对，谈判破裂。1999年4月，双方暂时达成“继续在日本政府现有权限的范围内促进降低费用”，但在2000年双方的谈判进一步激化，问题一直延续到森喜朗内阁时期。在日美贸易摩擦方面，90年代后半期有所减缓。尽管美国对日贸易逆差的绝对值有所增加，但在国内生产总值中的比例却从80年代末的1.2%下降到1998年的0.75%。其背景是：一方面从1992年开始，美国的经济增长速度一直高于日本，“日本威胁论”在美国逐渐消失，有利于解决双方的贸易摩擦。另一方面，日本对亚洲的出口急剧增加减少了对美国市场的依赖，也有助于缓解两国关系的贸易摩擦。例如从1985年到2000年，日本对亚洲的出口从出口总额的26.3%上升到41%，对美国的出口则从39.7%下降到30%；同一时期，日本从亚洲进口从28.6%上升到42%，从美国进口则从23.6%下降到19%。 (6)
在朝鲜半岛方面，小渊内阁也采取了较为积极的行动。1998年8月31日，朝鲜进行弹道导弹试验，降落在日本本州岛东北地区太平洋一侧沿海，引起日本国民的担心。1999年3月23日，日本海上自卫队预警机在日本海沿岸发现两艘可疑船只，并无视海上保安厅和巡逻船的停船命令继续北上，巡逻船进行恐吓射击。第二天内阁会议决定采取警备行动，护卫舰进行恐吓射击，预警机在可疑船周围投放炸弹，但可疑船只进入朝鲜港口。同年12月1日，以村山富市前首相为团长的跨党派国会议员代表团访问朝鲜。12月19日，日本和朝鲜在北京举行红十字会会谈。
1998年10月8日，韩国总统金大中访日，小渊首相在会谈中表示对过去的殖民统治进行“深刻的反省及发自内心的道歉”，并将其写入共同宣言中，金大中总统明确表示“韩国政府今后不再提及过去的事情”。1999年3月，小渊首相访问韩国，与韩国总统金大中进行首脑会谈，并在高丽大学发表了题为《新世纪的日韩关系——创造新历史》的演讲。
1998年11月12日，小渊首相正式访问俄罗斯，在莫斯科与叶利钦总统会谈，会后双方签署并发表了《日俄创造性伙伴关系共同声明》。其中设置“国境划定委员会”和“共同经济活动委员会”，努力在2000年签订和平条约，同时探讨在北方四岛进行经济活动和自由访问的可能性。日本政府向俄罗斯提供经济援助，并实施两国青少年交流项目，推动两国国民的交流。
1998年11月26日下午，访日的江泽民主席在东京迎宾馆同日本首相小渊惠三举行会谈，双方就两国关系中的一些重要问题和双方关心的问题广泛交换了意见，会后发表了《中日联合宣言》。其主要内容为：冷战结束后世界正经历着重大变化。经济进一步全球化，相互依存关系加深，安全对话与合作也不断取得进展。建立公正与合理的国际政治经济新秩序，谋求21世纪有一个更加巩固的国际和平环境，已成为国际社会的共同愿望。中日两国作为亚洲和世界有影响的国家，在维护和平、促进发展方面负有重要责任；维护地区和平、促进地区发展是两国坚定不移的基本方针，双方不在本地区谋求霸权，不行使武力或以武力相威胁，主张以和平手段解决一切纠纷。中日双方将积极参与东盟地区论坛等地区内各种多边活动并开展协调与合作，支持一切有利于增进了解，加强信任的措施；不断巩固和发展中日友好合作符合两国人民的根本利益，也将对亚太地区和世界的和平与发展做出积极贡献。中日关系对两国均为最重要的双边关系之一，双方深刻认识到两国在和平与发展方面的作用与责任，因而宣布面向21世纪建立致力于和平与发展的友好合作伙伴关系。
另外，中日两国之间签署了《中日关于进一步发展青少年交流的框架合作计划》《中日面向21世纪的环境合作的联合公报》和《中日关于在科学与产业技术领域开展交流与合作的协定》，日本同意在1999年度和2000年度向中方提供3900亿日元贷款。11月26日晚，明仁天皇为江泽民主席举行盛大晚宴，江泽民主席向明仁天皇赠送了一对朱鹮。
1999年7月8日，小渊首相对中国进行正式访问，并与朱镕基总理会谈。两位首脑重新确认了江泽民主席访日时联合声明所表明的共识，并确认将正式开始进行设立两国热线的准备工作。除商谈经贸合作议题外，两位首脑也谈到双方关注的军事问题。朱镕基表示希望日本在“日美防卫合作新指针”中提出的“周边事态”概念上不要含糊其词，应该将台湾地区明确排除在外。小渊首相表示日美安全保障体制完全是自卫防御性的，并不针对任何特定国家及地区，日本永不会成为军事国家的政策也不会改变，日本的自卫队不允许对外使用武力或以武力相威胁，日本充分认识到同中国发展友好关系是日本的重要国家利益。小渊首相再次重申，日本不会改变只有“一个中国”的立场。会谈之后，中日发表了联合新闻公报，宣布日本支持中国成为世界贸易组织成员，双方决定尽快完成必要技术核对工作。
尽管在1999年10月组成自民党、自由党、公明党三党联合政权，但政局出现不稳。由于自民党和公明党在参议院的席位超过半数，自由党为牵制自民党和公明党，在联合政权成立之前提出在第146届国会上通过削减20个众议院比例代表区席位的要求，联合三党对此达成妥协。因此，在会期即将结束的12月14日，三党在众议院特别委员会强行表决通过有关法案，但在野党提出抗议，众议院议长裁决下一届国会“继续审议”。
在2000年1月召集的通常国会上，按照执政三党达成的协议，首先审议众议院选举比例选区削减20名议员定额的法案，结果在野党拒绝审议，执政党单独表决通过削减案，在野党为此缺席小渊首相发表施政演说的全体会议。 (7) 根据1999年7月国会通过的《国会审议活性化法案》，废除政府委员制度，在新行政体制启动后实施副大臣制度，同时众参两院设置“国家基本政策委员会”，原则上每周举行一次40分钟的首相与在野党党首之间有关基本政策的讨论，可以进行相互质询。执政党只有首相参加讨论，在众参两院均有10个议席以上的在野党党首参加，按照议席比例分配讨论时间。2000年2月23日，国会举行了第一次党首讨论。
小泽一郎要求全面实施自民党、自由党达成的协议，并表示希望两党合并，否则退出联合政权。自民党内存在较强的反小泽势力，公明党也表示反对，结果小渊首相拒绝了小泽的要求。4月1日，小渊首相与小泽一郎、神崎武法举行三党首会谈，一致同意取消三党联合政权。但拥有50名众参议员的自由党内部出现分裂，反对脱离联合政权的野田毅等组成“保守党”，党首为参议员扇千景，海部俊树、加藤六月等议员也参加该党，因而拥有20名众议员和6名参议员。
党首会谈结束后小渊首相回到公邸，但因身体状态欠佳在2日凌晨被送进医院。下午确诊为脑血管梗塞，进入昏迷状态。当天中午，青木干雄官房长官、村上正邦参议院自民党会长、森喜朗干事长、野中广务代理干事长、龟井静香政务调查会长等五人在饭店决定暂时设置首相临时代理职务。深夜上述五人再次聚会，决定后任首相为森喜朗。4日晚，决定小渊内阁全体辞职，5日，自民党、公明党、保守党三党联合的森喜朗内阁成立。5月14日，小渊前首相在医院去世。