调整中的政官关系
2009年7月27日，民主党发表执政纲领，即“政权公约”，核心内容是“全面改革总额为207万亿日元的国家预算，杜绝浪费税金和官僚到特定企业任职”“通过改革结构产生新财源”等。为实现其目标，100多名国会议员到行政机构各个部门担任决策者，在其基础上改变官僚主导决策过程的局面，鸠山由纪夫甚至表示“如果行政机构局长以上官员不能执行民主党政策，可以提出辞职书”。
实际上，在民主党政权公约中最引人瞩目的亮点是通过主导编制预算过程以及人事任免权“敲打官僚”，并因此受到国民的极大欢迎并将其推向执政党的地位。在战后经济高速增长时期，行政官僚基本主导了包括编制预算在内的决策过程，即国会审议的绝大多数法案由官僚起草且通过率较高。即使在国会审议过程中，局长级的官僚作为政府委员出席常设委员会会议，代替有关大臣回答其他国会议员提出的问题。尽管在70年代以后，由于自民党长期执政，出现了特定领域的政策专家“族议员”，但不仅没有改变官僚主导决策过程的局面，反而形成了政治家、行政官僚、利益集团相互利益交换的三角同盟关系。即利益集团向执政党的国会议员提供选票和政治资金，提出更多的利益要求；执政党国会议员为巩固自己的选举地盘，利用职权向行政机构施加影响，为利益集团争取更多的政府补助金和公共事业建设费；各个省厅为维护自己的权限也需要国会议员的支持，同时为退职后到民间大企业任职不得不考虑利益集团的要求。
上述三角同盟关系不仅造成公共投资急剧增加引起的财政危机，而且也出现许多包括政治资金丑闻及官僚渎职在内的腐败现象，更不能适应冷战体制崩溃后全球化时代的发展趋势。因此，在经历了短暂下台历史后重新执政的自民党也进行了前面提及的大规模行政改革措施。另一方面，为提高国会议员制定政策的能力，首先在1994年为国会议员增加一名政策秘书，在1999年废除了政府委员制度。除政府各省厅的大臣或长官均来自执政党的国会议员外，每个省厅还有一到二名政务次官也来自执政党的国会议员，用于辅助大臣的工作。1999年废除政务次官制，同时建立副大臣和大臣政务官制度。2001年1月1日，减少近半数省厅的新行政机构正式启动，除执政党国会议员出任大臣外，还有22名的副大臣以及由民间人士、官僚出身者、执政党国会议员担任的26名大臣政务官。为加强首相的权力，除赋予首相在内阁会议上的“发议权”，即首相可单独提议某项法案外，另增设三名相当于事务次官职务的首相辅佐官，一名内阁宣传官，一名内阁情报官。同时，在内阁府下设置“经济财政咨询会议”“综合科学技术会议”“中央防灾会议”与“男女共同策划会议”等四个首相咨询机构。
另外，在小泉纯一郎政权时期也进行了声势浩大的邮政事业民营化及道路公团民营化改革，决策过程也逐渐显露从“官僚主导”向“首相官邸主导”转化的迹象，但未对国家公务员制度进行改革，官僚主导的体制仍然保留下来。计划对公务员制度进行改革的安倍晋三政权，处处遭到官僚的消极抵抗或怠慢，甚至出现了通常国会开幕天皇未到场而被迫改变日期的局面。福田康夫执政时期基本回到依赖官僚的轨道上，每天与官僚协商政策。
特别在作为政治行政基本活动的编制政府预算方面，具有专业知识的财政官僚仍然是决策的中心。为通过自己编制的预算方案，财政官僚尽可能满足执政党国会议员及其有关利益集团的要求增加公共投资，并向政治家和记者提供对自己有利的信息，通过安排与自己意见相同的专家作为政府审议会成员并给予豪华待遇，甚至有意向媒体透露与自己意见不同者的丑闻以达到目的。到麻生太郎政权时期，财政官僚根本无视首相官邸提出的预算基本框架要求，而是在财务官僚的主导下，不仅包括预算编制在内的决策过程基本为暗箱作业，而且乘数效应只有1.0倍的公共投资不断增加，以至于国家及地方的债务合计超过创纪录的800万亿日元。
针对自民党政权时期官僚主导决策过程带来的诸多弊端，民主党成为执政党以后采取诸多措施进行改革，首先取消了具有123年历史的事务次官会议。事务次官会议通常在每周两次的内阁会议前一天召开，主要就法案、政令及人事等方面的内阁议案进行协调，由事务官房副长官主持，原则上全体一致决定某项政策。由于内阁会议大多原封不动地通过事务次官会议的决定，结果造成内阁会议逐渐形式化，因而民主党认为事务次官会议是“阻碍政治主导决策的罪魁祸首”。
与此同时，鸠山内阁正式启动体现“政治家主导决策过程”的三大行政机构——国家战略室、行政刷新会议、阁僚委员会。国家战略室最具重要性，担负强化首相官邸功能、排除官僚单独制定预算框架的任务。该机构设置在内阁官房，其设置章程明确规定“就首相特别命令的税收财政基本框架、经济发展的基本方针及其他内阁重要政策进行策划、立案、综合调整”等。原副首相菅直人兼任国家战略担当大臣，民主党职员、行政官僚、民间专家学者担任“室员”或“政策参与”。菅直人在会见记者时明确表示该机构是“摆脱依赖官僚政治的战略本部，是担当相关各种事务的实际部队”。
在内阁府设置行政刷新会议，由首相担任议长，除部分内阁成员外，还有经济界、学术界的人士参加。该机构主要职责是确保编制政府预算方案时的财源，而且预算方案编制过程不是像过去那样首先由各省厅提出各自预算方案、执政党最后进行审查的“从下而上汇总型”，而是在预测当年财政收入、经济增长、发行国债数量的基础上决定预算总额，然后按比例分配到各省厅的“从上而下指示型”。
阁僚委员会也是新设置的决策机构，在首相的指示下，必要时召集有关内阁成员对跨省厅的政策课题进行协调。在各个行政省厅，也是由国会议员担任的大臣、副大臣、政务官组成“政务三职会议”，决定有关省厅的政策。其下面有副大臣主持、一般议员参加的政策会议，为“政务三职会议”提供政策依据。
10月26日，鸠山由纪夫首相在临时国会发表施政演说，强调为恢复国民对政治和行政的信心，需要实现从依赖官僚政治向政治家和国民主导政治的根本性转变，为此必须在两个领域进行改革。首先清除现有行政体制的各种弊端，其中包括彻底改变政府主导型的“护送船队式”经济发展模式、全面禁止国家公务员退职后到特定企业任职制度、推动政务信息公开等，其次彻底改变使用税金和预算方案编成的方式，废除纳税人并不需要的大型公共设施建设，财务制度实现“从物到人”的转变。
“脱官僚化”“政治主导决策过程”的另外一个重要内容是小泽一郎民主党干事长实施的国会改革。2009年11月，成立了以小泽一郎为本部长的“政治改革推进本部”，并提出排除官僚影响国会的五大方针，即废除政府参考人制度、取消内阁法制局长的政府特别辅助人身份、在国会之外设置听取官僚及市民团体意见的场所、改善质询过程、增加大臣政务官数量等。另外，过去通常由官僚事先询问在野党议员提出的质询问题，然后为回答质询的执政党大臣起草答辩资料，现在规定在国会答辩时禁止使用官僚提供的资料，而是由政务官编写有关资料，为此起草以禁止官僚在国会答辩为主要内容的《国会审议活性化相关法案》提交2010年1月召集的通常国会加以审议。
为实现“政治家主导”，民主党也计划对国家公务员制度进行改革。在民主党提出的政权公约中，该领域改革的主要内容除“全面禁止官僚退职后到特定企业任职”外，还有“削减20%的工资总额”“赋予劳动基本权利”。为实现其目标，将行政官僚的退休年龄从现在的60岁提高到65岁，而且国家公务员拥有结社谈判权后可以公开地协商包括工资在内的各种劳资关系。
政治家是国民选举产生的国会议员，尽管1994年实施小选区比例代表区并立制的新选举制度以后，以政党本位、政策本位为中心的选举减轻了众议院议员的负担，但作为民意的代表，接触选民、反映其利益要求仍然占据了相当的时间。与此相反，行政官僚是考试合格录用的精英型公务员，长期从事特定政策领域的管理工作，因而具有丰富的专业知识与政策立案能力。在掌握专业知识和决策技巧以对付官僚方面，民主党还没有较为成熟的计划，甚至民主党大多数初次当选的议员没有学习制定政策的场所。民主党为防止官僚、利益集团与执政党议员单独接触，废除了政务调查会，并将处理利益要求一元化，即在国会议事堂二楼民主党干事长室，专门设置对应各个省厅的14名副干事长受理利益集团的要求，然后根据内容判断是否提交特定省厅大臣、副大臣、政务官组成的“政务三职会议”处理。同时民主党禁止议员立法，其目的是政府、执政党决策一元化，防止议员成为倾向于特定省厅的族议员。
由于缺乏足够数量的政策专家，民主党的许多政策许诺缺乏事实根据，甚至依然利用官僚的数据。例如民主党的政权公约中提出高速公路免费，并宣传此举可带来2.7万亿日元的经济效果。实际上，这一统计数字是国土交通厅退职官僚再就职的财团法人计量计划研究所提供，曾任“推进道路四公团民营委员会”委员的猪濑直树质疑该数据的准确性，而且根据舆论调查结果显示，70%的日本国民反对高速道路免费化。另外，在废除汽油暂定税率问题上也是如此，例如尽管鸠山首相为未能实现废除该税率的竞选公约而向国民道歉，但有13.0%的人对维持暂定税率“给予好评”，另外有38.1%的人“给予一定程度好评”，两者相加超过半数。
正是因为缺乏人才，民主党执政后也不得不违背政权公约，任命或利用官僚、特别是财政官僚，结果引起社会舆论的非议。例如在民主党执政不久的2009年10月，任命前大藏省事务次官斋藤次郎担任日本邮政公社的社长。2009年10月4日，鸠山内阁再次任命原厚生劳动事务次官江利川毅为人事院总裁。即使在项目审查工作中财务省官僚也发挥了主导性作用，项目审查小组利用的资料也由财务省提供，甚至有错误的资料。因此，社会舆论讽刺民主党政权为“选择性地摆脱官僚”，即与财务省联手对付国土交通省、厚生劳动省等。
民主党政权“敲打官僚”的做法也引起相当多的负面影响，即官僚的消极怠工。例如鸠山内阁宣布禁止事务次官等官僚定期会见记者后，在冲绳的第11管区海上保安本部中止定期会见记者的活动，防卫省冲绳防卫局、内阁府冲绳综合事务局也取消了局长发布信息的活动，并表示“今后如何，等待上级指示”。没有内阁成员的公正交易委员会、警察厅也取消记者会见，使无法采访的各家媒体也感到困惑。
尽管如此，民主党在接下来执政时期仍然继续推进“政治家主导”的决策过程。其措施除提出禁止官僚国会答辩的法案外，计划向国会提出增加副大臣和政务官数量的《内阁法及国家行政组织法》等相关修正案；另外将首相助理从现在的5名增加到10名，新增加人员多为民间人士；将国家战略室升格为国家战略局，增加一名官房副长官担任国家战略局长；新设民间人士担任“内阁政务参事”“内阁政务调查官”，各省厅也设置“政务调查官”。在具体行动上，与大藏省出身的前财务大臣藤井裕久不同，政治家出身的新任财务大臣菅直人主张削弱官僚的作用，上任伊始明确表示推进财务省改革，增加资金使用的透明度。另外，尽管鸠山首相表示不再以“项目审查”的方式审查一般会计预算，但新任国家战略大臣的仙谷由人表明将以其手法对公益法人、独立行政法人、特别会计等进行审查。