社会运动与校园斗争
20世纪60年代的社会运动主题是反核、反战、反政府不当施政，其中学生组织的活动最为突出。反安保斗争前“全学联”已经分裂，激进的“共产主义者同盟”主导了其斗争，因未获成功而总结为“壮观的零”。60年代中期出现三个“全学联”，其中三个学生组织构成的“三派全学联”较为激进，倾向于实力斗争。
1963年1月，美国驻日大使赖肖尔提出美国核动力潜艇进入日本港口的申请。同年9月，“反对安保国民会议”团体在横须贺、佐世保举行大规模集会，反对美国核动力潜艇进入日本。1964年8月，政府同意美国核动力潜艇进入日本港口，在野党发表反对的声明。9月，横须贺市举行7万人的反对集会，佐世保也举行了1万人的反对集会。11月，美国“海龙号”核动力潜艇进入佐世保港口，抗议的游行队伍与警察发生冲突。1968年1月，美国核动力航空母舰“企业号”进入长崎县佐世保港口，以“三派全学联”为中心的各派学生组织与工会组织、市民团体从1月17—23日在佐世保与防暴警察连续发生冲突，参加者共有6.5万人，其中学生4000人，负伤者519人，其中学生229人，被捕者69人，其中学生64人。
1965年2月，美国轰炸越南北部，开始在越南的全面战争，全世界出现大规模的反战活动。在这场战争中，日本不仅提供基地，还提供各种军需产品，日本政府也以日美安保条约为由支持美国的战争，但在野党及各界人士反对战争及政府的政策。“总评”工会在1966年10月举行了反战罢工，无党派的市民反战运动也大量出现，其中具有代表性的是1965年2月成立的“越南和平市民联合”（简称“越平联”）市民团体。该组织的代表是作家小田实，成员均为自发性参加，多为知识分子、市民、青年学生。在日本各地均有基础组织，最多时达到350个。其主要活动是“反战彻夜讨论会”、在美国大报刊登反战广告、帮助美国士兵脱离军籍、向在日美军做反战宣传工作、每周在大型车站广场举行集会、发行《周刊安保》、每月举行反战游行等。
1967年10月8日，为阻止佐藤荣作首相访问越南南部，“三派全学联”指挥学生前往羽田机场，头戴安全帽、手持木棍的学生与防爆警察发生冲突，导致京都大学学生山崎博昭死亡，受伤者600余人，被捕者58人，为“第一次羽田斗争”；同年11月12日，为阻止佐藤首相访问美国，“三派全学联”3000人在羽田机场附近与防暴警察发生冲突，为“第二次羽田斗争”。1968年3月，各派学生组织与市民一道反对在王子地区建立美军战地医院，并与防暴警察发生冲突，158人被捕；同年10月21日“国际反战日”，学生组织在东京举行集会，并在新宿地区爆发大规模骚乱，电车、派出所等被烧毁，警方派出大批防暴警察加以镇压，769人被捕。
1965年6月，政府颁布《新东京国际机场公团法》，计划建设新国际机场。1965年11月，佐藤荣作内阁决定在千叶县富里建设新机场。为说服当地居民，千叶县政府提出土地补偿、替代土地、噪音对策、转职对策等四方面的要求，但佐藤政权没有给予明确答复，反对声浪立即高涨起来。佐藤内阁只好在1966年7月选择有皇家牧场的千叶县成田市三里塚作为新机场地址，但机场面积缩小一半，原计划的五条跑道也改为三条。感到歧视的三里塚1000户、3000名农民或居民立即组成反对同盟——“三里塚芝山联合反对新东京国际机场同盟”进行抵抗，特别组织了青年行动队、老年行动队、少年行动队和妇女行动队。学生组织“全学联”、反对越南战争团体、支持革新政党的工会组织也纷纷给予支援。1968年2月26日，“全学联”学生、反战青年委员会、反对同盟等2000人在成田市召开集会，在游行示威时冲击了机场公团分部。现场试图阻止防暴警察殴打学生的反对同盟委员长户村一作被防暴警察摘去头盔猛击头部，造成严重的脑震荡。3月10日，反对派5000人再次举行抗议活动，结果出现1000名负伤者、185名被捕者。1971年，政府准备对新机场建设用地强制性收购，因而千叶县地方政府连续采取两次强制代理行动。在2月22日到3月25日的强制行动中，千叶县出动警察2.5万人次，排除反对者组成的人墙，共逮捕487人，负伤者700人。在9月16日到20日的第二次强制行动中，3200名反对者固守在小屋中，并在机场周围开展游击活动，与5300名警察不断发生冲突。
战后高等教育发展迅速，其原因第一，通货膨胀迫使大学扩大招生数额，以应付财政上的困难；第二，1956年“日经联”提出《关于技术教育的意见》建议书，希望大学培养科学技术人才，私立大学积极响应。文部省在1957年制定科学技术人员培养扩充计划，1961年放宽大学设置标准，有利于大学编成以培养科学技术人员的课程；第三，60年代以后学生数量急剧增加，1964年文部省制定学生数量急剧增长对策，私立大学成为接受这些学生的学校。1961年，四年制大学有250所，1962年达到260所，1963年270所，1968年达到377所，这些大学的学生也从每年5—6万人上升到10万人，短期大学也有类似迅速增长的倾向。 (64) 由此也产生了许多问题，例如学生选择好学校的学校差别问题、学生没有学习动力的教育质量问题、大课堂与实验设备不足等教育设施问题。与其相反，提高较快的学费引起学生的不满。
1965年1月，庆应大学爆发学生反对提高学费的斗争。1966年1月，横滨国立大学因改变名称引起学生的不满，学生占领校园，自我学习长达一个月。长崎大学、同志社大学等65所大学也因学生宿舍、校长选举、不正当入学等问题爆发学生斗争。早稻田大学学生在1965年12月开始反对提高学费、反对管理学生宿舍的斗争，1966年1月，全体学生实施罢课活动，每天有5000名学生举行抗议集会。学校当局求助警方，逮捕203名学生，其中40多人受到不同程度的处分。
1968年1月，东京大学医学部学生自治会反对医学部教授会和学校附属医院有关注册医师的医师法修正案，为此举行罢课。其后因处分学生不当，医学部学生占领校部所在的安田讲堂。学校当局动用1200名防暴警察将占领学生驱逐，但允许防暴警察进入校园引起其他学部学生的强烈抗议。6月20日，安田讲堂前广场6000名学生举行集会，同时，除法学部以外的各学部自治会一齐宣布进行无限期罢课活动，学校授课完全停止。7月5日，学生组成“全学共斗会议”，即全体学生共同斗争组织，简称“全共斗”，物理学部博士生山本义隆当选为议长。10月12日，全学校罢课。校方数度与学生谈判，“全共斗”拒绝，并加强防卫体制。1969年1月18日，应校方的请求，8500人的防暴警察进入东京校园，用高压水枪、催泪弹等攻击学生，陆续解除校舍的封锁，被捕者374多人，其中有70名东京大学的学生。
日本大学的校园斗争的起因是1968年1月东京国税局查明学校有超过20亿日元的资金去向不明，学校经营第一、利润优先的大量生产教育以及对学生自治会的严厉管理，早就在学生中间积累了强烈不满情绪。5月23日，举行日本大学学生第一次游行。27日，提出学校理事总辞职、经营全面公开、集会自由、撤回不当处分等口号，并组成“全共斗”，议长为经济学部学生秋田明大。9月30日，两国讲堂汇集了2.3万名学生，与校方进行了12个小时的集体谈判，校方全面答应学生提出的要求，废除检查制度、经营全面公开、理事集体辞职等。但校方在政府的支持下很快收回确认书上的承诺，警方对秋田明大“全共斗”议长为首的8名“全共斗”干部发出逮捕令，防暴警察进入校园，陆续拆毁各学部的封锁。
1968年的校园斗争涉及165所大学，为当时四年制大学总数的80%，而且有近半数的学校、即70所大学的学生实施封锁校园或校舍等极端措施。1968年底，政府决定停止1969年东京大学的入选考试。1969年5月，佐藤首相与在野党会谈，表示为平息校园斗争制定强化大学校长及文部大臣的相关法律，但遭到在野党的反对。尽管如此，政府在月底向国会提出主要内容为国立大学校长可以在9个月时间内停止大学教育及研究，否则文部大臣可以停止其大学教育及研究的《大学运营临时措施法案》，同时发表寻求国民理解的声明。在自民党的强烈要求下，该法案又增加了“大学校长必须对行使暴力行为的学生采取适当的惩罚处分”。
1969年9月5日，“全国全共斗联合”在东京召开2.6万名学生参加的成立大会，大会选举山本义隆为议长，秋田明大为副议长。但在防暴警察进入大学校园并排除封锁后，各大学的校园斗争逐渐平息。东京大学被捕学生767名，其中被起诉者616名。全体被告一致拒绝出庭，一审判决133人最高四年有期徒刑，400人缓期起诉，无罪者仅12人。日本大学被捕学生1608人，其中被起诉者167人，判决秋田明大等5人一年两个月有期徒刑，缓期执行五年，其罪名是在排除校舍封锁中的“妨碍公务罪”。在政府宣布日美安保条约自动延长的1970年6月23日，全日本约132所大学举行总罢课，东京的游行队伍与防暴警察发生冲突，被捕者500人，此后学生运动走向低潮。
1969年5月，以关西地区为中心的400名学生组成进行武装斗争的“赤军派”，不断袭击警察局、派出所，11月为袭击首相官邸而在山梨县大菩萨岭进行集中训练，结果被警方察觉，有53人被捕。1970年3月31日，正在富士山上空飞行的日本航空波音727航班“淀号”被9名混入乘客的“赤军派”成员劫持，飞机到达平壤。12月，“赤军派”和“京滨安保共斗”开始合作，并在1971年7月组成“联合赤军”。该组织在山区进行军事训练，将12名成员处死，又有一部分成员逃走，其中5人闯入长野县轻井泽“浅间山庄”，将管理员妻子牟田泰子作为人质。政府出动1500名防暴警察，一周后将人质救出，5人被捕，有两名警察中弹死亡，23人受伤。
“赤军派”在国内发动武装斗争的同时，也向国外发展。1971年2月，“赤军派”中央委员、明治大学校园斗争的积极分子重信房子前往巴勒斯坦，组成“日本赤军”。1972年5月30日，在以色列特拉维夫机场，乘坐该航班的三名赤军派成员用自动步枪和手榴弹，向机场大厅的乘客和机场人员扫射，导致包括以色列著名科学家在内的24人死亡，80余人受伤。两名赤军派成员当场被打死，一名被捕，被以色列军事法庭判处终身监禁。