小泉纯一郎政权
2001年4月26日国会指名选举首相，小泉在两院均获得过半数选票，顺利当选。其后组成内阁，仍然保持自民党、公明党、保守党三党联合政权，但在人事安排上无视派系及资历。外务大臣为田中真纪子，内阁成员有五名女性，另外有三名民间人士。官房长官福田康夫、公明党的厚生劳动大臣坂口力、保守党的国土交通大臣扇千景等留任。
5月7日小泉首相首次在国会发表施政演说，明确表示“无恐惧、无退缩、无拘束”地进行“无禁区的结构改革”，并引用长冈藩将仅有的百俵米用于建设学校的故事，呼吁国民忍耐改革带来的阵痛。在两天后的国会质询中，小泉首相再次表示排除所有的抵抗势力进行结构改革，并将反对自己内阁方针者均看作抵抗势力。其坚决改革的姿态迎合了国民期待改革的心态，因而内阁支持率达到创纪录的87.1%。 (14)
5月23日，小泉首相在首相官邸亲自接见长期坚持诉讼的麻疯病患者情愿团，并一一握手表示道歉。同时，小泉首相决定国家不再上诉，向患者支付赔偿金；5月29日，在大相扑最后决胜日，小泉首相再次亲自将奖杯颁发给带伤出场并获胜的横纲贵乃花，并表示“忍痛坚持令人感动”。上述场面通过电视、网络等立体媒体播放出去，日本国民立即对小泉首相产生好感。
在“小泉旋风”下，自民党首先获得6月东京都议会选举的压倒性胜利。同年7月29日举行参议院选举，在竞选过程中，小泉首相表示全力以赴进行结构改革，“如果自民党议员反对，则摧毁自民党”，再次引起广大选民的共鸣。结果自民党在比例代表区的得票数从上一次选举的1400万张猛增到2100万张 (15) ，共获得63席，增加19席。一人区是25胜2败，上一次选举失掉的大城市5个选区均以最高票当选；公明党获得12席，保守党只有党首扇千景一人当选，在选举后立即将党首职务让给野田毅；民主党在一人区全部落选，仅获得26席；自由党获得6席，增加一倍；日本共产党获得5席，社民党获得3席，均为比例代表区。
小泉内阁成立前的2001年3月，日本政府发布战后最初的通货紧缩宣言，国债余额达到400万亿日元，失业率接近5%。小泉政权刚成立时平均股价为1.45万日元，但半年后跌破1万日元，银行拥有的不良债权有增无减，建设、不动产、流通三个领域的企业倒闭及失业人数十分严重。尽管自民党内主张增加公共投资刺激经济恢复景气的声音较强，但小泉首相仍然坚持优先进行结构改革，反对编制扩大财政开支的补充预算。参议院选举后决定2002年度政府预算要求基准时，为遵守发行国债控制在30万亿日元以下的竞选公约，决定将预算规模削减3万亿日元。小泉首相指示财务省官员以减少公共事业费和政府开发援助等为中心，将一般预算支出减少5万亿日元，然后对信息技术、环境、老龄化少子化对策等领域增加开支2万亿日元。 (16)
作为田中角荣的女儿，田中真纪子在日本国民中具有较高的威望。尽管其心直口快，当选议员时间较短，福田官房长官也担心其能否胜任外务大臣，但由于田中是小泉政权诞生的功臣，因而得以掌握外务省大权。田中本人也希望对连续出现丑闻的外务省进行改革提高自己的政治地位，所以上任伊始会见记者时称“外务省是伏魔殿”。上任不久的5月8日，以身体不适为由突然取消与美国副国务卿阿米蒂奇的会谈，并因枝节问题更换秘书甚至外务省事务次官等高级官僚。其举动虽然遭到媒体的质疑，但受到国民的支持。
2001年8月，田中外务大臣在外务省人事安排上与小泉首相发生冲突，其后不久田中与桥本派成员铃木宗男发生冲突。铃木的选区在北海道，通过支援北方四岛与俄罗斯关系密切，因而在外务省具有较强影响力，其主张的“首先归还两岛”也得到外务省的支持，但田中外务大臣反对。2002年1月，在东京召开支援阿富汗复兴会议，田中与铃木围绕非政府组织能否参加会议再次发生冲突。铃木认为“得到外务省的认可”，但外务省事务次官野上义二全面否认，田中在国会的答辩受到质疑，国会审议中断。小泉首相被迫解除田中外务大臣及野上事务次官的职务，铃木也辞去众议院运营委员长的职务。
新任外务大臣川口顺子因“非政府组织参加议会问题”更换外务省官员，并查明铃木在支援北方四岛时暗中决定参与投标的建筑公司。社民党辻元清美议员追究铃木的政治资金问题，迫使其退出自民党。随后铃木的公职秘书因泄露投标信息而被捕，铃木本人也因其他事件的斡旋受贿罪在2002年6月被捕。
2002年3月，媒体报道辻元清美挪用公职秘书工资问题，辻元辞去议员职务。第二年7月，警方以欺诈嫌疑罪逮捕辻元，2004年2月被判有期徒刑2年，缓期5年执行。2002年年4月，媒体也报道了田中纪子挪用公职秘书的工资问题。由于田中对检察机关的调查持不配合态度，自民党党纪委员会决定给予田中停止两年党员资格的处分。众议院政治伦理审查会7月对田中进行公开审查，田中全面否认挪用行为。8月，田中向众议院议长提出议员辞职书，东京地方检察机关给予不起诉处分。另外，加藤紘一因使用政治资金支付住宅租金以及事务所代表因偷税嫌疑被捕，辞去众议员职务。同一时期，因秘书斡旋公共事业谋取私利而被捕，民主党副代表鹿野道彦脱离民主党。参议院议长井上裕也因秘书参与公共事业投标获利而辞去议长和参议员的职务，大岛理森农林水产大臣也因秘书参与公共事业投标获利及挪用政治资金等问题辞去大臣职务。 (17)
由于2001年度的实际经济增长率为负的1.1%，2002年稍有好转，但恢复的势头仍然较弱，因而自民党内要求增加公共投资的声音不断。同年年底的舆论调查显示，内阁支持率比年初下降10个百分点，为50%左右。小泉首相不得不编制2002年度补充预算，另外在编制2003年度预算时增加开支，为此国债发行量达到36万亿日元。尽管如此，2003年4月日经平均股价下降到7600日元，为泡沫经济崩溃后最低纪录。前首相森喜朗百思不得其解，“自己执政时股价为14000日元，内阁支持率只有10%，但现在股价跌落一半，内阁支持率仍接近50%”。
2003年9月20日，自民党举行总裁选举，小泉首相、龟井静香、藤井孝男、高村正彦四人竞争。小泉获得399张选票，其中议员票194张，在300张地方票中获得205张，顺利再次当选总裁。龟井获得139票，藤井获得65票，高村获得54票。小泉首相不仅压制了党内以野中广务为中心的反对派，而且也拒绝了森喜郎前首相和青木干雄等更换经济财政、金融担当大臣竹中平藏及干事长山崎拓的要求。 (18)
在随后进行的改造党内和内阁人事中，小泉首相将山崎拓提拔为副总裁，另外任命因处理朝鲜绑架日本人问题受到国民欢迎的安倍晋三为干事长。安倍当选众议员只有3次，年仅49岁，其外祖父岸信介、父亲安倍晋太郎均担任过自民党干事长。另外，竹中平藏金融财政大臣、川口顺子外务大臣等留任，麻生太郎担任总务大臣、谷垣祯一担任财务大臣、小池百合子担任环境大臣等，第一次担任内阁大臣者有7人。
同年10月10日解散国会后，小泉首相劝说中曾根康弘、宫泽喜一两位前首相按照自民党73岁退职的规定退出政界。11月9日举行大选投票，尽管小泉首相和安倍干事长进行了奔赴各地演说，呼吁选民的支持，但自民党仅获得不到众议院总议席的237席，比选举前减少10席。另外公明党获得34席，保守新党4席，执政三党确保了稳定多数议席；民主党增加40席，达到177席；日本共产党和社民党分别为9席和6席，均有所减少。投票后第二天，保守新党宣布解散，其议员合并到自民党。
由于自民党和民主党势力逐渐接近，因而公明党掌握关键议席，小泉首相也加强了与公明党的合作。在此次大选中，自民党与公明党没有在同一小选区同时提出候选人，公明党的支持团体创价学会在小选区支持自民党，自民党候选人也呼吁自己的支持者在比例代表区投票给公明党。在自民党有候选人的277个小选区，有72%的公明党支持者投票给自民党候选人，比上一次选举增加10个百分点。在公明党有候选人的10个小选区，有56%的自民党支持者投票给公明党候选人，比上一次选举提高18个百分点。 (19)