对立的国内政治
与池田勇人内阁的经济外交相比，佐藤荣作内阁在外交上不仅活动多，获得的成果也较为突出，但由此引起了国内政治势力之间，特别是执政党与在野党之间的对立。实际上，佐藤政权时代“最大的政治目标、最大的事件”是美国将冲绳行政权归还日本。 (37) 早在1964年7月，佐藤在宣布参加自民党总裁竞选的记者会上表示“积极要求苏联归还南千岛以及美国归还冲绳”。尽管美国总统肯尼迪在1962年明确表示原则上归还冲绳给日本，但随着越南战争的扩大，冲绳的战略地位进一步提高，形势变得模糊起来，甚至美国驻日大使赖肖尔劝告即将访美的佐藤首相不要明确提出该要求。
1965年1月10日，佐藤首相达到美国访问。在12日与美国总统约翰逊进行的首脑会谈中，针对中国前一年10月成功进行核试验，佐藤首相询问日本受到核攻击时美国能否给予保护，美国明确表示对日本提供核武装保护。在冲绳问题上，双方确认维持冲绳现状的重要性，只是在共同声明中提出：“双方原则达成扩大日美协议委员会的功能，即该委员会今后不仅对琉球群岛的经济援助问题，而且继续为提高琉球群岛居民安定而讨论两国合作的其他问题。” (38) 在访美半年后的8月19日，佐藤首相作为战后首次访问冲绳的首相发表演说指出：“如果冲绳没有回归祖国，我国的战后就没有结束。” (39)
日本与韩国的第七次会谈在1964年12月3日开始，当时韩国朴正熙政权希望通过与日本恢复邦交正常化获得经济援助，以便顺利实施经济发展五年计划。美国因国际收支赤字和越南战争，也希望日本给予韩国援助，同时需要韩国出兵越南，美日韩联合应对东亚地区的紧张局势。在佐藤首相访问美国时，美国方面再次督促日本尽快签署日韩条约。因此，1965年2月17日，椎名悦三郎外务大臣访问韩国，在机场对过去不幸的历史表示遗憾和反省。在会谈中，双方就旧条约的无效时期和韩国政权的管辖范围达成一致，并在20日草签了《日韩基本条约》。
其后日韩之间就渔业、请求权、在日韩国人地位、经济合作等问题也达成一致，最后竹岛（韩国称独岛）的归属问题作为有待解决的纠纷处理，6月22日在日本首相官邸签署了《日韩基本条约》及其附属的4个文件、其他25个文件，主要内容为：日本答应在10年内提供3亿美元的无偿资金、2亿美元的有偿资金、3亿美元的商业借款，韩国放弃对日请求权，两国间签订的旧条约无效，在日韩国人可申请协定永居权等。但该条约无论在日本还是在韩国，都遭到社会舆论的强烈批判。
在1965年初的通常国会上，自民党提出国际劳工组织（ILO）相关法案。1951年日本加入了国际劳工组织，但没有批准有关“保护结社自由及结社权”的ILO第87号条约。1957年“春斗”时，公共企业工人举行罢工，公司方面以没有集体谈判权为由解雇了领导罢工的工会干部等，工会方面向国际劳工组织提出诉讼。国际劳工组织不仅数次向日本政府提出劝告，甚至在1965年1月前所未有地派遣调查团到日本进行实地考察。自民党提出的法案带有苛刻的条件，引起社会党的强烈不满。4月15日，自民党依靠压倒多数在特别委员会采取强行表决方式，在1分多钟的时间内通过了批准ILO第87号条约案及国内相关法案。为此在野党拒绝参加国会审议，众议院议长出面斡旋，自民党特别委员长与社会党推动批准条约特别委员长进行会谈，在具体问题上妥协，然后众参两院顺利通过相关法案。
同一国会审议的农地赔偿法案再次引起对立。尽管1953年最高法院判定农地改革符合宪法，并非属于宪法保护的财产权受到侵害，但失去土地的地主依然不满，特别是经济高速增长时期城市周围土地以高价转卖，旧地主更加感到不平，要求国家赔偿。他们组成“全国农地解放者同盟”等团体，向自民党施加压力。自民党在1965年5月决定以每公亩2万日元的价格给予补偿，其中也有在参议院选举中获得更多选票的动机在内。但有关法案引起在野党的强烈反对，自民党在众议院内阁委员会和全体会议上均采取强行表决方式，在参议院在野党提出各种动议，甚至用牛步战术加以阻止，但未能成功。
1965年6月，佐藤首相改造内阁，福田赳夫担任政府大藏大臣，田中角荣担任自民党干事长。在同年7月举行的参议院选举中，自民党减少4个议席，社会党增加8个，公明党增加7个。虽然自民党不是大败，但也不是好成绩， (40) 但此时包括池田勇人、大野伴睦、河野一郎在内的党内有力竞争者相继去世，同时在野党的多党化以及在其基础上的弱化，在福田、田中等较年轻优秀人才的支持下，佐藤政权逐渐稳固并走向长期化。
1965年10月5日，第50届临时国会开幕，执政党、在野党围绕《日韩基本条约》展开激烈的争论。社会党与日本共产党采取统一“阻止批准日韩条约”的统一行动，发动10万国民在国会附近举行示威游行。在社会舆论的支持下，社会党陆续提出不信任案，每次均采取牛步战术拖延时间，但佐藤首相不做让步。11月5日，民社党决定赞成日韩条约，自民党在其合作下采用强行表决方式，陆续在众参两院通过相关条约，时间为临时国会闭幕的12月13日前两天。该届国会未能审议其他法案，成为名副其实的日韩条约国会。
为准备即将到来的大选，佐藤首相在1966年8月改造内阁，但接二连三的政界丑闻动摇了其政权。8月5日，东京地方检察机关以恐吓、欺诈国际兴业股份公司小佐野贤治会长1亿日元以及日本住宅公团不正当转卖2亿日元的嫌疑提出逮捕自民党众议员田中彰治。在野党提出开除田中的要求，但议员受到《国会法》有关规定的保护，直到田中向众议院议长提出辞职申请并得到批准后，检察机关才在8月26日以八项罪名起诉田中，1974年12月判处其四年有期徒刑。
从1963年政府实施处理国有林业的方针以来，其中出现的不正当处理事件成为较大的社会问题。1966年5月，社会党参议员大森创造追究政府在处理栃木县林业中不当行为的责任，并要求传唤证人，其后又与公明党议员追究该地区的林业处理问题。特别是东京农业开发兴业公司得到价值3496万日元的国有林，一年后以近40亿日元的抵押价格从金融机构获得贷款，其背景是社长与政界具有密切的关系。政府下令暂时停止处理国有林，同时国会追究的目标转向与处理国有林有关的共和制糖事件。
9月27日，大森议员揭露共和制糖从农林渔业金融金库、农林中央金库、开发银行等金融机构共获26亿日元的贷款，但实际工程费用只使用13亿—15亿日元的资金，而且融资需要的文件上使用了伪造的印章。其后暴露的有关金额达到72亿日元，其中7亿—10亿日元用在填补企业赤字与政治资金上。最后，政府被迫承认过度融资责任，并公布了包括自治大臣在内11名接受政治资金议员的名字。
另外，在野党追究运输大臣荒船清十郎动用职权命令国铁临时改动时间表以使特快列车在自己选区的车站停车事件，同时也揭露其在其他问题上具有不正当活动，结果在社会舆论的压力下，佐藤首相更换了运输大臣；10月17日，在野党再次揭露防卫厅长官上林山荣吉不当使用自卫队飞机并率多名自卫队干部回故乡鹿儿岛、松野赖三农林大臣外出旅行过多随行人员、有田喜一文部大臣使用正在缓期执行的秘书、通产省在进口台湾香蕉配额不当等问题，称为“黑雾”的这些渎职、腐败事件引起社会对自民党及佐藤政权的强烈不满。朝日新闻社在11月21、22日进行的舆论调查显示，佐藤内阁的支持率下降到25%，同年4月的调查为30%；赞成佐藤内阁全体辞职者为44%，反对者只有20%。 (41)
尽管佐藤荣作在12月1日的自民党大会上战胜藤山爱一郎第三次当选该党总裁，但批判票超过三分之一。在其后进行的内阁改造中，佐藤首相没有吸收非主流三派的成员进入内阁，被媒体称为“右翼单肺内阁”。12月3日，临时国会在社会党、日本共产党缺席状况下开幕，在野四党发表迫使国会解散的声明。12月9日，政府以政令形式宣布以旧纪元节的2月11日作为建国纪念日，“国民文化会议”“纪元节问题恳谈会”等社会团体对此发表抗议声明。
12月27日，第54届通常国会召开当日宣布解散众议院，1967年1月29日举行大选，尽管总席位增加到486个，但自民党仍从选举前的283席减少到277席，社会党从144席减少到140席，日本共产党依然为5席，民社党从23个增加到30个，公明党首次参加大选一举获得25席。在大选后举行的公明党大会上，竹入义胜当选该党委员长，矢野绚也当选书记长。
除自己也有政治资金问题外，社会党的失败还与党内矛盾有关。1965年3月1日，河上委员长因病辞职，在5月6日召开的党临时大会上，副委员长佐佐木更三无投票当选为委员长。与此同时，江田等人组织“社会主义运动研究会”，在理论和人事上寻找东山再起的机会。在1966年1月召开的第27次党大会上，江田竞选委员长职务未获成功。同年12月召开第28次党大会，江田再次败给佐佐木，而且以佐佐木派为首的主流派占中央执行委员会的多数，江田派没有得到一个主要职务。 (42)
1967年4月，佐藤首相在众议院预算委员会上表示“不向共产主义国家、联合国决议禁止的国家、纠纷中的当事国”出口武器的三原则，同时为表示反对共产主义的姿态，在同年9月访问台湾。早在1965年4月，佐藤政权就与台湾政权达成日本在五年间向台湾提供总额540亿日元贷款的承诺。其在访问台湾时与蒋介石等人会谈，并发表了强化地区各国关系的共同声明。其后日本对台湾的援助不断增加，1965年台湾接受的政府借款中美国占54.7%，但到1968年下降到15.4%，日本却从零上升到25.6%。1971年8月，佐藤政权又决定向台湾提供80.82亿日元的政府贷款。 (43)
为配合美国的东亚政策，同时也为加强日本与东南亚各国的关系，1966年4月，日本在东京在举办了战后首次国际会议“东南亚开发部长会议”，9月在东京举办了“印度尼西亚债权国会议”。其后通过大量借款促使印度尼西亚转向西方，仅在1966年和1967年，日本就向印度尼西亚贷款约450亿日元。1967年9—10月，佐藤首相两次访问东南亚和大洋洲，其中第一次访问了缅甸、马来西亚、新加坡、泰国、老挝等，第二次访问了印度尼西亚、澳大利亚、新西兰、菲律宾、越南南部等。在第二次出发访问越南南部时，日本国内存在很强的反对舆论。为阻止其访问，大学生与警察在羽田机场发生冲突，导致一名学生死亡和数百人受伤。