非均衡发展与革新自治体
经济高速增长也带来了严重的非均衡现象，即公害的出现以及突出的城市问题。尽管1950年东京都、1951年大阪府、1955年福冈县陆续制定了防止公害条例，但公害问题有增无减。据相关统计，从1963年11月到1964年10月，日本地方报纸报道的公害事件约700件，其后五年间平均每年超过1000件。 (57)
尽管60年代以后石油逐渐代替煤炭，大城市的烟雾有所减少，但有害气体和烟雾混合的灰尘还是笼罩整个城市，甚至下午三点电车和汽车就要开灯行使。公害日趋严重的原因首先是政府的公害对策较为缓慢，民间防止公害投资到60年代后半期不超过3%，1965年以前民间企业没有一家处理污水的工厂。1961年自治省曾调查各都道府县公害对策状况，只有14个都府县回答实施公害对策，具有专门公害对策机构的只有东京等8个城市；其次是当时日本的产业结构以重化学工业为中心，钢铁、化学、火力发电、造纸等均为污染较大的产业；另外还有人口过度集中在三大城市圈和濑户内海周围、迅速增加的汽车等交通工具以及大量消费带来的废弃物等原因。60年代以熊本县水俣病、新潟县水俣病、四日市哮喘病及富山县痛痛病为代表的四大公害病及其诉讼典型地反映了公害的恐怖性。
1968年政府正式承认熊本县水俣病因工厂排出的废水所致，1969年6月，当地138名水俣病患者以新日本氮股份公司为对象提出诉讼。1973年3月，法院认为工厂方面的过失责任，判决原告胜诉。其后围绕认定患者出现波折，到20世纪末，正式认定的患者约2000人；1965年，新潟县阿贺野川下游也出现许多水俣病患者，后来查明是上游昭和电工鹿濑工厂排水中的水银所致。1967年，受害者提出诉讼，1971年法院判决原告胜诉，并在判决书中批评厂方对熊本县水俣病事例“隔岸观火”而忽略了安全管理义务。到1982年，新潟县认定的水俣病患者579人，其中105人死亡。
1959年，四日市作为日本最初的石油联合企业基地开始生产。进入60年代后，首先是附近海域捕捞的鱼类带有油臭而不能销售，1961年夏季，四日市以直接受到硫磺酸化物影响的矶津地区居民为中心，集体出现“四日市哮喘病”，其中多是老人和孩子。1963年石油联合企业正式大规模投产后，燃烧废油的烟雾大量排出。1964年住在当地的原企业工人患肺气肿死亡，其后陆续出现因病自杀者，但追求利润的企业对此熟视无睹。1967年9月，以患者为中心提出诉讼，1972年7月，法院判决原告胜诉。当时认定的患者有879人，其中包括自杀的64人死亡者。在诉讼期间的1969年，当时的厂长因向海中排放有毒废水而遭到起诉并判有罪。
战争结束后，在富山县神通川流域的农村地区，以生育过子女的中年女性为中心，出现稍微不慎就骨折、全身剧痛的病状，1955年以“痛痛病”为名广为人知。1961年萩野生医生等人提出“镉原因说”，1968年正式认定其为上游三井金属矿业神冈矿业所排出废水所造成的公害病，同年，患者以工厂为对象提出诉讼，1971年的一审、1972年的二审均判决原告胜诉。到1993年，认定的患者178名，需要观察者388名。 (58)
60年代后半期，人口继续向城市，特别是大城市集中。1970年，东京、大阪、名古屋三大城市圈的人口为总人口的47%，其中东京圈的人口为总人口的23.2%。市中心的地价太高，一般居民难以承受，只好在郊区购买住宅。例如离东京市中心30公里的町田市1960年时有6.6万人，到1970年达到18.2万人，增加了3倍。仅在1969年就迁入2万人，幼儿园、小学校严重不足，交通、上下水道、医疗设施、图书馆、公园、垃圾处理等方面均存在较大问题。 (59)
另一方面，大城市仍存在住宅难问题。根据1968年的住宅统计调查，住宅共有2560万户，超过家庭数量67万户，但实际住宅狭小、生活不便的住宅困难户大量存在，在1969年全日本平均为47.5%，东京为54.8%。 (60) 大城市交通困难，不仅乘车时间长，而且乘客超员200%，拥挤不堪。上述的町田市每天利用电车到市中心上班者三四万人，电车超员率达到296%。如果超员率达到250%，身体完全不能活动，往返时间长达2—3个小时，称为“上班地狱”。与此同时，汽车迅速增加伴随的大量交通事故，整个60年代每年因交通事故死亡的人超过1万，受伤者数十万。
城市居民对中央政府迟迟没有采取积极公害对策措施非常不满，因而出现批判自民党执政的自治体首长，特别是革新政党推荐当选的自治体首长，这些首长所在的自治体称为“革新自治体”。一般认为1950年京都大学经济学部部长、芦田均内阁的中小企业厅长官蜷川虎三在“宪法化为生活”的口号下当选京都府知事作为革新自治体的开端，其后福冈县、仙台市、冈山县、大宫市也出现社会党推荐的自治体首长。进入60年代以后，不仅革新自治体大量涌现，而且其基础是因公害问题、城市问题、社会保障问题、教育问题等兴起的居民运动。在选举中通常由社会党、日本共产党共同推荐，有时公明党、民社党也加以进来，在“总评”工会等团体的支持下，无党派的学者、文化人士成为候选人并当选。
东京都在奥运会前后存在深刻的公害、住宅困难、教育不足、物价高涨等问题，1965年出现自民党都议会议员腐败并被捕17人的丑闻，市民对此非常不满。1967年东京都知事选举，社会党与日本共产党共同推荐东京教育大学教授美浓部亮吉为候选人，以“还东京蓝天”的竞选口号及其清廉形象得到选民的支持而当选。1969年东京都制定《公害防止条例》，赋予企业防止公害最高标准的义务，比国家的标准严厉得多，中央政府施加撤回的压力，但在社会舆论和市民运动的支持下，反而是中央政府修改了标准。
受东京都的影响，在1968年冲绳最初的首长选举中，革新阵营共同推荐的屋良朝苗当选；1970年京都府知事蜷川虎三在社会党、日本共产党的支持下，实现第六次当选；1971年的统一地方选举是革新自治体的高潮，美浓部东京知事以压倒优势再次当选，在大阪，社会党、日本共产党共同推荐的宪法学者黑田了一击败自民党现任知事当选。在各城市的市长选举中，革新政党推荐的候选人在川崎、吹田、高松等10个城市当选。1973年，加入革新市长会的城市达到132个，占全部城市的20%。70年代中期，革新自治体的人口超过总人口的40%。
从发展优先向居民生活优先转化的革新自治体在施政方面、特别是公害对策方面具有先进性，例如东京都的公害防止条例、大阪府设置总量限制的环境整治计划、尼崎及川崎的公害受害者救济制度等。1965年，制定公害防止条例的都道府县只有9个，但到1969年增加到32个，1970年46个都道府县均制定了此类条例。专门设置公害对策部门的地方自治体1969年时有9个县、70个市町村，但在1970年达到37个都道府县、125个市町村。1969年地方自治体的公害对策费为226亿日元，1970年增加到320亿日元。 (61)
另一方面，革新自治体注重社会保障与社会福利，大量增加幼儿园及养育设施、实行老人医疗免费等。与此同时，革新自治体重视居民参与施政，经常举行对话会、市长会、公证会、审议会等，组织市民委员会、居住区协议会，市民参与制定自治体的各种计划和设施建设，从而出现了市民社会的雏形。
尽管1962年日本政府制定了《煤烟规制法》，1963年度的政府公害对策预算也增加到133亿日元，但扣除下水道事业费和防卫厅基地公害对策事业费外，仅剩下1亿日元，被讽刺为“从二楼点眼药”。 (62) 1965年颁布的《公害防止事业团法》第一条规定“以支持产业健全发展为目的”，1967年颁布的《公害对策基本法》第一条规定该法的目的是“努力与经济健全发展相协调”，仍然强调公害治理不能成为经济发展的障碍。
在革新自治体和居民运动的推动下，自民党及日本政府被迫在60年代末开始采取正视城市问题及公害问题的态度。1967年自民党成立以田中角荣为首的“城市政策调查会”，1968年发表《城市政策大纲》，在城市积极推动道路、公园、住宅、上下水道、文化体育等公共设施的建设。1968年5月，政府颁布了《消费者保护法》，同年6月，政府制定《大气污染防止法》《噪音限制法》。1969年2月政府制定《硫酸化合物的环境标准》、1970年2月制定《一酸化炭的环境标准》、4月制定《水质污染的环境标准》等。在同年5月召开的全国知事会上，佐藤首相表示“公害对策是重要的政治课题”。7月16日，自民党公害对策特别委员会发表了《公害对策要纲》。31日，成立直属内阁的“中央公害对策本部”，佐藤首相兼任本部长。
1970年11月27日召开临时国会，政府提出包括修改《公害对策基本法》在内的14个相关法案，其中《公害对策基本法修正案》《防止公害事业费事业者负担法案》《公害犯罪处罚法案》最引人注目。在《公害对策基本法修正案》中删除了“经济发展协调条款”，而且为明确“没有福利就没有发展”的理念，强调该法的目的是“在确保国民健康、文化的生活方面，防止公害极其重要”；在《防止公害事业费事业者负担法案》中，规定了国家、地方自治体在进行防止公害的公共事业时企业负担范围及作用；《公害犯罪处罚法案》的最初意识是公害即犯罪，并在行文中规定“有可能产生对公众生命或身体危险的状态造成者”给予处罚，但在财界的反对下，修改为“产生危险状态者”。
对上述法案，在野党要求进一步明确“生活优先”的姿态，并要求设置环境厅。12月18日，国会通过了14个公害对策相关法案。1971年7月，政府设置环境厅，负责保护大气及水质等自然、制定环境保护计划、调查环境影响、公害受害者补偿等。在1970年度的公害对策预算中，一般会计及特别会计合计为666亿日元，相关财政投融资1142亿日元，比1969年度分别增长52%和26%。1970年政府预算中的公害对策费及相关财政投融资进一步分别增加到932亿日元、1702亿日元。 (63)