经济恢复与企业改革
为克服泡沫经济崩溃后经济低迷状态，历届内阁均以扩大政府财政支出作为刺激经济景气的手段。从最初编制的一般会计预算来看，1991—1996年，每年的财政支出增加6.76%。1996—2001年，年财政支出增加10.05%。但在小泉纯一郎执政的2001—2005年，政府预算规模基本没有变化，为-0.06%；在最初预算扣除国债费和地方交付税后的一般支出，1991—1996年增加16.48%，1996—2001年增加12.75%，但在2001—2005年减少到2.83%。2001—2005年，公共事业费每年都减少，合计减少20%以上。 (42)
尽管如此，日本经济得到恢复。2002年下半年以后，日本经济缓慢走出低谷，该年度摆脱负增长，实际增长率达到1.1%。其后发展状态较好，2003年实际增长率为2.1%，2004年为2.0%，2005年为2.4%，2006年为2.3%。另一方面，整体宏观经济也呈现出较好的态势，首先是泡沫经济的后遗症基本消失，2003年底股市开始回升，到2005年12月上升到1.6万日元。地价下降幅度变小，某些地区甚至出现上升趋势；2005年初企业的雇佣过剩基本消除，设备过剩也达到很低的水平，债务过剩调整已经结束。企业效益明显上升，2002—2004年，全行业企业的经常利益分别比上一年增加8.4%、14.6%和18.7%，特别是大企业，连续三年创历史最高。到2005年2月为止，企业倒闭数量连续30个月减少。2004年底倒闭企业为12186家，比上一年减少14.7%，为10年来最少。2002年失业率为5.4%，是1953年以来的最高值。随着经济的恢复，失业率逐渐下降。2003年为5.1%，2004年降到4.6%，2006年进一步降到4.1%。因企业效益上升、员工收入有所增加、失业压力减少等因素使居民消费逐步回暖，2004年度居民消费增长1.2%，到2006年上升到2.0%。
2002—2007年是日本战后最长时期的经济增长，6年平均经济增长率为1.9%，其中出口的贡献度为1.0%，设备投资的贡献度为0.5%。换句话说，50%的增长率依靠出口，75%的增长率依靠企业。在企业设备投资方面，1998—2002年，除2000年之外均为负增长，1998年的负增长为9.5%，到2002年负增长仍为5.9%。2003年第二季度开始恢复正增长，2003年、2004年的设备投资增长率均为5.4%。
这一时期日本出口急剧增加的主要原因是中国的经济迅速发展，而且加入世界贸易组织。据日本的统计，1990—2004年，中日贸易从2.6万日元增加到19万亿日元，增长7.3倍，年均增长率为14.6%。同期日本对外贸易年均增长率为3.6%，其中与美国的贸易年均增长率仅为0.5%。2001—2004年，中日贸易年均增长率为21.2%，同期日本对外贸易年均增长率仅为4.6%，日本与美国的贸易年均增长率为负的3%。中日双边贸易在日本对外贸易总额中的比例从1990年的3.5%上升到2001年的11.8%，到2004年进一步上升到17.2%。 (43)
与日本经济形成鲜明的对照，90年代以后中国经济高速增长，对钢铁、水泥、半导体等原材料的进口需求猛增，而且在2001年底终于加入世界贸易组织，担心中国对外政策发生变化的日本企业，特别是包括汽车产业在内的大制造业开始大规模进入中国，由于其零部件生产多在日本，因而带动了日本国内基础产业的发展。日本舆论将这一现象与“朝鲜战争特需”“越南战争特需”相提并论，称之为“中国特需”。从具体数字来看，2003年日本对美出口不振，为9.8%的负增长，对华出口却是33.2%的正增长。 (44) 尽管当年受“非典型性肺炎”流行病的影响，但全年中日贸易额达到创纪录的1336亿美元。2004年达到1679亿美元，2005年突破2000美元，达到2073.6亿美元。中国首次超过美国，成为日本的第一大贸易伙伴。 (45)
从出口来看，中国经济对日本经济复苏的拉动作用显得更为明显。1990—2004年的15年时间内，日本对华出口年均增长率为16.3%，日本出口年均增长率为3.4%，对美出口年均增长率为0.7%。其中2001—2004年的4年时间内，日本对华年均增长率为25.3%，对外出口年均增长率为4.5%，对美出口年均增长率为负的2.8%。对日本来说，2002年中国成为最大的进口贸易对象国，2007年成为最大的出口贸易对象国。 (46)
从对外直接投资的变化也可以看出中国经济对日本经济的推动作用。1990—2004年，日本对外直接投资年均增长率为负的3.5%，但对华直接投资年均增长率为22.8%。2001—2004年，日本对外投资年均增长率为负的7.2%，但对华直接投资年均增长率高达46%。与此同时，对华直接投资在日本全部对外投资的比例，也从1990年的0.6%上升到2004年的12.8%。 (47)
1998年出任小渊惠三内阁经济企划厅长官的堺屋太一主持编写了1999年度《经济白皮书》，宣告日本式经营不败神话破灭。同时支持日本增长性经济的社会心理三个神话也随之破灭，即认为土地肯定不断升值的“土地神话”、消费会逐渐增加的“消费神话”、终身雇佣的“雇佣神话”。之所以如此，存在企业来自市场的压力太低、企业过度重视市场份额、追赶型增长的极限等三个因素。
在进入新世纪前后，日本企业经营仍处在艰难时刻。著名的日产汽车负债高达2万亿日元，其主要合作银行也因大量不良债权难以对其施以援手，1999年法国鲁诺汽车公司出资35%收购日产，并派来总经理毫不留情地公布关闭分厂和裁减员工的重建计划。除丰田和本田汽车制造公司外，其他包括日产在内的七家汽车产业均通过与欧美汽车厂商合资经营渡过难关。在电子与家电产业，包括松下电器在内的名牌大企业相继沦为亏损企业，特别是在半导体产业，日立等5家大企业在2002年3月创下亏损5000亿日元的记录，日本半导体产业在世界市场上的比例也从1989年的51%下降到2002年的26%。欧美投资银行趁机进入电子产业，到2005年对日本综合电机企业的持股比例上升到20%—49%。
根据经团联会长今井敬的建议，1999年2月成立了首相私人咨询机构的“日本产业竞争力会议”，包括日立、索尼在内的27家大企业首脑和首相在内的16名内阁成员参加。产业界要求政府为企业创造良好环境，其中包括降低法人税、改革民事法制及竞争政策、完善市场机制、加大对研究开发的投入、培养产业技术人才、鼓励创业、扩充证券市场、强化劳动市场功能等。政府根据其建议制定并在国会通过了《产业活力再生特别措施法》《租税特别措施法》《中小企业基本法修正案》等，另外制定“国家产业技术战略”，通过产业、政府、大学的紧密合作，培养富有创造精神的研究开发人才，在将日本产业从“赶超型”转变为“创造型”的同时，提高产业的国际竞争力。
2002年经团联在题为“增加产业竞争力的课题与展望”建议书中，要求日本企业在解决“三项过剩”的同时，更要注重研究开发，通过开辟新产业的方式增加竞争力。其具体内容涉及三个方面，即强化包括生物工程技术、燃料电池、新一代半导体技术在内的应用技术研究，研制包括高端医疗技术、量子计算机、新一代移动通讯终端在内的未来技术，研究开发包括公共设施新材料、新能源、节能技术在内公共设施新技术等。尽管在泡沫经济崩溃后企业的设备投资大幅度下降，但研究开发投资基本保持上升趋势。2006年，日本的“科学技术基础条件”在60个国家中排名第二位，其中“本国专利登录件数”“外国专利获得件数”为第一位；“研究开发费用总额”“民间研究开发费用总额”“论文发表篇数”为第二位。日本经济产业省产业技术环境局公布的2006年度“日本产业技术研究开发活动报告”数据表明，日本的研究开发经费从1999年开始连续上升，在2004年达到约17万亿日元，在世界范围内仅次于美国。 (48)
小泉政权成立后，在全力处理不良债权的同时，也强化了推进日本产业再生的力度。2001年内阁府的问卷调查显示，债务过剩、设备过剩、雇佣过剩的企业比例分别为50%、30%和50%。企业通过各种方式解决三项过剩问题，例如为改善企业财务状况设法压缩库存和有息负债、变卖企业所拥有的金融资产和房地资产、通过企业重组整顿内部效益较差部门、将年功序列工资改为实际能力工资、削减奖金数额、减少招收新员工、更多利用派遣社员、鼓励提前退休等。
例如著名的松下电器集团2002年3月决算为1990亿日元的经营赤字、最终收益为4278亿日元赤字。1990年拥有纯金融产1.1299万亿日元，但此时减少到3524亿日元，公司债券评级也从“AA减”到“A加”再到“A”。其销售额回到10年前的水平，甚至落到索尼公司的后面。两年前任社长的中村邦夫被迫进行彻底改造，提出“破坏与创造”的口号，并采取减少1.3万人的希望退职者、废除或合并损失部门、废除事业部制、将相关企业子公司化并按照经营范围改编为14个区域公司等结构改革。结果松下电器集团2004年9月中期决算显示，销售额比上一年同期增加19%，经营利益增加96%。 (49)
企业削减庞大的债务可通过两种方式，即“企业整顿”与“事业再生”。企业整顿是处分企业所有资产以偿还债务，使负债累累的企业破产倒闭，但这种方式对社会冲击较大，政府与企业均希望避免；事业再生是指通过自己的努力使金融机构放弃债券，或者根据《民事再生法》及《公司更生法》等相关法律处理赤字亏损部门、部分员工实现企业重建。为确立自己努力放弃债权的相关原则，日本国会通过了《产业再生法》及其修正案，经济产业省制定了“早期事业再生准则与指南”，在制度上鼓励“企业再生基金”和“债权回收机构”等收购企业的债务。另外政府在减免税收、提供低息贷款及债务担保方面支持企业，即政府在金融方面支持企业债务的证券化，通过减免税收鼓励债权回收机构购买企业的过剩债务。为此政府设置100亿日元的事业再生基金，并带动民间企业组建自己的企业再生基金，从而使许多拥有债务过剩的企业获得再生，其中包括日商岩井、马自达汽车等著名企业。
2002年11月，日本政府成立“产业再生机构设立准备室”，以股份公司的形式建立“产业再生机构”，资本金为500亿日元，政府担保金为10万亿日元。该机构设立由律师、会计师、金融及企业再生专家等组成的“再生委员会”，对要求支援的企业进行严格审查，分析企业的负债资产和重建计划，如果可行则由银行购买企业的债权，帮助企业再生。2003年5月，“产业再生机构”正式开展业务，以2005年3月为买入债权申请的最后期限。在三年时间内共对41家企业提供了支援，其中处理的债权总额达到4万亿日元，得到帮助并获得再生的企业包括著名的百年企业钟纺和家族企业大荣等。