“宽容与忍耐”
1960年6月23日，岸信介首相表示辞职后，大规模反对修改《日美安全保障条约》的社会运动迅速消失，舆论转向自民党总裁的选举。由于自民党内部派系矛盾，难以统一推荐候选人，因而举行公开选举，为此自民党各个派系展开激烈的角逐。当时自民党内分为一直从事政治活动的党人派政治家以及从官僚转化而来的官僚派政治家。池田勇人、佐藤荣作、岸信介等属于官僚派，大野伴睦、石井光次郎、河野一郎、三木武夫、松村谦三、石桥湛山等为党人派，藤山爱一郎从财界转化而来。结果官僚派支持池田，党人派在“打破官僚政治”的口号下推举石井，藤山临时组成藤山派参加竞选。
7月14日，自民党召开大会选举总裁。在第一轮投票中，池田勇人获得246票，石井光次郎获得196票，藤山爱一郎获得49票。在第二轮决胜投票中，池田获得302票，当选为总裁，石井仅获得194票。池田获胜的原因一方面是得到佐藤派、岸派的支持，在第二轮投票中又得到藤山派的支持，大野派的许多选票也投向池田。另一方面，池田得到财界的大力支持。财界希望经济官僚出身的官僚政治家出任首相，因而大力支持池田。据说大野阵营为竞选筹措到3亿日元资金，但池田阵营筹措到10亿政治资金，是其三倍多。 (1)
在7月18日召开的临时国会上，池田勇人当选首相。为解决三池煤矿的劳资争议，特意任命“日经联”推荐的石田博英为劳动大臣，同时还任命了第一位女大臣，即担任厚生大臣的中山正。在内阁成员和党内人事上，虽然主流派占据重要位置，但尽量照顾到各派系的利益。组阁完成后，接受官房长官大平正芳等人的建议，向媒体表明“在宽容和忍耐的基础上，以协商的态度进行国会活动，今后绝不实行单独审议”；表示努力消除保守政治势力与革新政治势力之间的尖锐对立，杜绝无所作为的等待政治和贿赂腐败的高尔夫政治，而是与在野党一边吃简单的咖喱饭一边进行党首之间的协商。 (2)
石田博英担任劳动大臣后，立即召开有关会议。在19日的第一次内阁会议上，提出处理三池煤矿的三个方针，即避免流血惨案、遵守法律的原则不变，邀请中央劳动委员会出面斡旋。然后石田大臣召集劳资代表，提出政府劝告，同时邀请中央劳动委员会斡旋。该委员会藤林敬三会长为避免武力冲突，向劳资双方提出无条件地服从斡旋的要求，并提出斡旋方案，即“公司方面设置一个月整顿事件，取消去年底的指名解雇，被解雇者在整顿期间结束后自动退职” (3) 。围绕是否接受实质上是指名解雇的斡旋方案，“炭劳”工会内部产生对立，但9月6日终于决定接受该方案。另一方面，三井矿山方面也不赞成斡旋方案，石田博英大臣与“日经联”首脑加以说服工作，劳资双方在10月29日签署关于公司再建的协定。11月1日，封锁解除，生产全面恢复，同时1200名工会会员离开矿山。
为寻求民意的支持，池田首相决定在1960年10月解散众议院举行大选。在NHK等电视台的举办下，10月12日，自民党总裁池田勇人、社会党委员长浅沼稻次郎、民社党委员长西尾末广在东京日比谷会堂进行预备演说会。在浅沼演说时，突然一个右翼青年用短刀刺向其胸部，浅沼在被送往医院的途中去世。池田首相担心暗杀事件引起反体制运动，因而在17日临时国会开幕后进行了追悼浅沼的演说，内容感人，甚至社会党议员也为之鼓掌。11月10日举行大选，选民对自民党、社会党均投了支持票，减少了对民社党的投票。自民党获得296个席位，比选举前增加了9个；社会党获得145个，比选举前增加23个；民社党获得17个，比选举前减少23个；日本共产党获得3个；等等。
选举后的12月8日，第二届池田内阁成立，其平衡派系的做法反而引起佐藤、岸等主流的不满。在国会通过1961年度政府预算方案后，自民党和民社党在5月13日提出旨在取缔革新性运动的《防止政治暴力行为法案》，并依靠强行表决通过众议院的审议，参议院未能完成审议，决定在下届国会上继续审议，但其最终在第二年的国会上成为废案。该法案没有通过参议院的审议主要是因为以社会党为中心的革新政治势力的激烈反对，同时国会外也出现了反对运动，池田首相也采取了拖延的战术。 (4)
另外，池田内阁面临着自民党改革的问题。“当时自民党每月经费需要9000万日元，财界通过经济再建恳谈会每月提供4000万日元的政治资金，差额由总裁、干事长等大政治家筹措。因反安保斗争时花费了相当多的宣传费用，池田接任政权时自民党赤字1亿日元，另外还有4000万未付款的空洞。还有数千万使用不明金。党的经营合理化、重建财政是燃眉之急。” (5) 因政治捐款数量不断增加、自民党派系各自筹措政治资金、捐款的用途不明以及公开捐款遭到舆论批评等因素，“经济同友会”在1961年1月发表《关于刷新政治的中间报告》，主张废除财界提供政治资金的经济再建恳谈会。同年7月，自民党成立从国民各个阶层筹措政治资金的财团法人“国民协会”，岩田宙造为会长，财界、文化界的22名代表任理事，其目的是通过政治资金的一元化管理，提高政治资金的透明度，同时打破党内派系竞争的局面。
“国民协会”通过都道府县的支部向个人或法人团体募捐，个人每月捐款100—1万日元，团体每月捐款5000—10万日元，募集的资金目标是每月达到1.5亿日元。到1963年底，共有法人会员3456个，个人会员40962名，筹措的政治资金为21.98亿日元。 (6) 但通过“国民协会”提供的政治资金仍然主要由财界提供，只是数额在急剧增加的同时，总裁所在的主流派系的政治资金变得富裕起来。
1961年7月，池田首相改造内阁，佐藤荣作、河野一郎、藤山爱一郎、三木武夫等有实力者均成为内阁成员，但担任经济企划厅长官的藤山爱一郎在1962年7月6日因批判池田内阁的高速增长政策而辞职。在1962年7月的参议院选举中，自民党比改选前增加5个议席。14日自民党临时大会，池田以391票再次当选总裁。接着池田再次改造内阁，曾为其秘书者占据党内和内阁的重要职务，例如大平正芳担任外务大臣，宫泽喜一担任经济企划厅长官，被媒体称为轻量级的“秘书官内阁”。1963年7月18日，池田再次改造内阁和党的人事，重新使用重量级政治人物，例如藤山爱一郎担任总务会长，三木武夫担任政务调查会长，佐藤荣作担任北海道开发厅长官，同时为准备奥运会担任奥林匹克国务大臣。8月15日，政府在东京日比谷公会堂举办第一次战死者追悼会。
为协调政府各个部门关系以及自民党与政府的关系，提高首相官邸的综合协调功能，池田内阁计划对行政机构和自民党组织进行改革。政府在1962年2月设置以“经团联”副会长佐藤喜一郎为会长的临时行政调查会。该调查会在1964年9月提出报告，建议整合总理府各部门、设置总务厅，原则上中央省厅专门计划事务、实施事务委托地方进行等，以提高行政机构的合理化、效率化。但在官僚的抵抗下，几乎没有实施。
早在1961年1月的自民党大会上，池田首相就强调党组织的现代化，并提出设置专门从事党组织活动的人员、制定长期且稳定的财政计划、实施党员登记及党费制度、强化学生组织及支持工会活动等组织改革目标。会后成立了组织调查会，就改善资金筹措、总裁选举、解散派系等提出建议。1962年以福田赳夫为中心的“党风刷新恳话会”对派系弊端的批判越来越强，自民党在1962年11月成立以三木武夫为会长的组织调查会，1963年10月该调查会提交以无条件解散派系为主要内容的报告。
1963年11月的大选结果是自民党获得283个席位，社会党144个，社民党23个，日本共产党5个等。比起上一次大选来，自民党减少7个，社会党减少1个，社民党增加6个，日本共产党增加2个，社民党渡过了该党解体的危机。选举后组成第三届池田内阁，全部内阁成员留任。
1964年7月17日，自民党进行总裁选举。为阻止池田勇人第三次当选总裁，佐藤派与福田派、石井派联合，对抗池田、河野、大野、川岛、三木等五派。各派为拉选票，动用大量资金收买人心，据说池田、佐藤、藤山三位候选人共花费20亿日元。 (7) 选举结果，池田获得242票、佐藤160票、藤山72票，池田以超过半数4票的微弱多数当选。池田首相表示“真正的池田政治从今开始”，准备纠正经济发展中的不良后果、积极推进邻国外交等。但他8月诊断患有癌症，9月住进医院，10月25日奥运会结束后表示要辞职。藤山、河野、佐藤三人表示竞选自民党总裁，在党内支持佐藤者较多、财界也认为佐藤继任最合适且具有稳定性的基础上，经过川岛、三木的调解，由池田首相指名佐藤为后任首相。11月9日，在第47届临时国会上，佐藤当选为新首相。从继任内阁的立场出发，除桥本登美三郎出任官房长官外，前任内阁成员全部留任。