强调“党对军队的绝对领导是我军永远不变的军魂”
20世纪80年代末以后，世情国情党情发生深刻变化，国际形势风云变幻，东欧剧变、苏联解体，世界社会主义出现严重曲折，西方敌对势力加紧对我国实施和平演变，妄图推翻中国共产党的领导和颠覆我国社会主义政权，国内资产阶级自由化思潮泛滥，“军队非党化、非政治化”和“军队国家化”思潮抬头，党对军队绝对领导的原则面临冲击和挑战。在这种情况下，如何从党、国家、军队战略全局出发进行政治设计和制度安排，确保军队始终在党的绝对领导下，巩固党的执政地位、维护社会稳定和国家长治久安，是亟待回答和解决的重大历史课题。
一是提出“党对军队的绝对领导是我军永远不变的军魂”的“军魂”思想。1989年11月，江泽民在中央军委扩大会议上明确指出：“坚持党对军队的绝对领导，这是我们建军的根本原则，是我们党的优良传统，是我们军队特有的政治优势，必须继续保持和发扬。”[9]1993年9月，他在会见广州军区机关师以上干部时指出：“一个军队要有军魂。我看，我们军队的军魂就是党的绝对领导。”[10]在以后的多次讲话中，江泽民对“军魂”的内涵进行了深刻揭示，阐明坚持党对军队绝对领导的本质是从思想上政治上牢牢掌握部队，根本目的是永葆人民军队的性质、宗旨和本色，实际体现是永远与党中央和中央军委保持高度一致，基本途径是不断加强军队党的建设，赋予了党对军队的绝对领导以新的时代特征。
二是构建党的总书记、国家主席、中央军委主席“三位一体”的军委主席负责制。1989年6月，党的十三届四中全会选举江泽民为中共中央总书记；11月，党的十三届五中全会选举江泽民为中共中央军委主席。1990年3月，七届全国人大三次会议选举江泽民为中华人民共和国中央军委主席；1993年3月，八届全国人大一次会议选举江泽民为中华人民共和国主席。由此，构建起了党的总书记、国家主席、中央军委主席“三位一体”的军委主席负责制。江泽民还主持修订完善军委主席负责制的规则法律，使军委主席负责制更具稳定性、权威性和规范性。1992年江泽民主持修订了中央军委工作规则，明确规定：军委主席主持军委工作，副主席协助主席工作，并主持军委日常工作；军委常务会议是中央军委的例会，由军委主席主持，主席不出席时由副主席主持，军委委员出席会议。1997年3月，在江泽民的领导和推动下，八届全国人大一次会议通过《中华人民共和国国防法》，规定中央军事委员会领导全国武装力量，行使十项职权。“三位一体”的军委主席负责制，有利于党和军队事业的长远发展，有利于国家长治久安和社会安全稳定，有利于坚持党对军队绝对领导的根本原则和制度。
三是强调“确保枪杆子始终掌握在忠于党的可靠人手里”。1991年1月，江泽民在中央军委扩大会议上指出：“军队的高级干部是掌握枪杆子的，立场一定要更加坚定，经得起任何政治风浪的考验。”[11]之后又多次强调，对军队的高级干部在政治上要求应当非常严格，任何时候任何情况下都要坚决听从党中央和中央军委的指挥，并领导制定了《关于深入落实“三讲”要求加强军队高级干部思想作风建设的意见》《关于加强军队高中级干部管理的若干规定》《关于军队高级干部管住管好配偶子女的意见》等一系列文件。
四是加强军队党的建设。1995年1月，中央军委向全军颁发《关于贯彻党的十四届四中全会精神进一步加强军队党的建设的决定》。《决定》阐述了“加强和改善党委的集中统一领导”“努力把党支部建设成为坚强的战斗堡垒”“切实加强对党员的教育和管理”“抓紧培养和选拔德才兼备的领导干部”等四方面内容。《决定》强调，坚持党对军队的绝对领导，重视加强党的建设，是中国共产党和人民解放军的优良传统和政治优势。《决定》提出了加强军队党的建设的目标和总要求，这就是“四个必须”：必须以建设有中国特色社会主义理论为指针，始终用党的基本理论和基本路线武装广大党员；必须把坚持党对军队的绝对领导作为党的建设的首要任务，自觉在思想上、政治上、行动上同党中央保持高度一致；必须贯彻从严治党的方针，全面加强党的思想、组织、作风建设；必须紧紧围绕军队革命化、现代化、正规化建设的总目标，充分发挥党委的核心领导作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。