行政机构的设置
大蒙古国据有中原之后，由于实际统治的需要和汉文化的影响，陆续在那里创置了若干行政机构和有关制度。但是总的说来，它对该地区的统治方式，基本上是保持着游牧国家对被征服的定居农耕区实行间接统治的格局。直到忽必烈建立元朝，这种局面才获得根本的改变。他借鉴金代制度，在以“藩邸旧臣”为核心的中原知识分子参议下推行“汉法”，同时又部分地保留能充分保障蒙古贵族特权地位的种种制度，在北中国恢复了中央集权的君主官僚制统治体系及相应的各种典章制度。中统、至元间的创置，奠定了有元一代之制。
中央机构
元朝中央一级的机构，主要是由“总政务”的中书省、“秉兵柄”的枢密院和“司黜陟”的御史台组成的。
唐代以中书、门下、尚书三省共掌天下军国大计。宋承唐制，仍立三省，但门下、尚书二省几为虚设，即使中书省，其权限亦已止于政务而已，军权和财权分别归枢密院、三司辖理。金正隆元年（一一五六年）罢中书、门下二省，止置尚书省，领六部，以全国政务悉归之[83]。元代的中书省，从性质上说，相当于金尚书省。(https://www.daowen.com)
按《元史》记载，窝阔台三年（一二三一年），“始立中书省，改侍从官名。以耶律楚材为中书令，粘合重山为左丞相，镇海为右丞相”[84]。根据同时代人彭大雅的北使记录，窝阔台时“其相四人，曰按只䚟，曰移剌楚材，曰粘合重山，……曰镇海”[85]。按只䚟被窝阔台封为“众官人每”之长[86]，当即成吉思汗时代失吉忽秃忽及蒙哥时代忙哥撒儿所担任的大断事官，所以彭大雅称之为“相”；至于耶律楚材和镇海的职务，则是协助按只䚟处理国事，分别主持行于汉人和行于回回人的文书事宜，他们的真正身份，是必阇赤[87]。蒙哥汗时协助忙哥撒儿、专掌“宣发号令、朝觐贡献及内外闻奏诸事”的必阇赤长孛鲁合[88]，在《元史·也先不花传》中也被称为中书右丞相。可见蒙古国时期所谓中书省，不过是汉人以必阇赤机构的职能比照古代中原官制而给予的汉称而已[89]。而这时大蒙古国真正的行政中枢即大断事官府署，似被汉人参照金制而比拟为尚书省。
中统元年（一二六〇年）三月，忽必烈在开平即汗位。次月即立中书省[90]，以吏、户、礼合为一部，称左三部；以兵、刑、工称右三部。七月，又立燕京行中书省，以祃祃为丞相，以省官王文统、赵璧等兼职行省[91]。这时，总领汉地政事的实际责任，主要是由燕京行省担负。中统二年，燕京省官奉诏率诸路宣抚使赴开平申报钱谷大计，并得预议朝政。该年在充实中枢同时，分定了中、行两省各自人选。大约中统三年前后，燕京行省遂合并于中书省而不复存在[92]。
据后来的定制，中书省以皇太子行中书令，设右丞相、左丞相各一员，平章政事四员，右、左丞各一员，参知政事二员。蒙古之俗尚右，故以右丞相、右丞居上。自中书令至参知政事都称为宰执。中书省领吏、户、礼、兵、刑、工六部，各设尚书三员、侍郎二员。
枢密院是在平定李璮之乱后设立的。忽必烈鉴于诸侯尽专兵民之权的弊害，采取断然措施，罢世侯、置牧守、军民分职。中统三年末，诏“诸路管民官理民事，管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄”[93]。明年五月，即立枢密院以统兵，除四怯薛由天子或其亲任大臣节制外，“天下兵甲机密之务，凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”[94]。置院之初，设有院使（由皇太子兼任）、副使、佥书枢密事等职，后来在副使之上设知院、同知，佥枢之下设同佥枢、院判，名额不定。自置院之始，四怯薛即各出代表一名，参与院议，中书省自至元二十八年（一二九一年）后亦派平章政事二人参决院事。
督察机构御史台建于至元五年。最高长官为御史大夫二员，其下为中丞、侍御史、治书侍御史各二员。御史台直属机构有殿中司、察院，还有内八道肃政廉访司。殿中司掌朝仪、殿中纪律及在京百官到任假告等事故。察院置监察御史三十二员，“做贼说慌见的眼、听的耳朵么道有来”[95]。肃政廉访司元初称为提刑按察司，这个名称来源于金代审察刑狱、监督吏治、兼管劝农的各路按察司（原称提刑司）。作为地方上的督察机构，肃政廉访司自元代起始被纳入御史台系统，其巡视地区划分为跨路分甚至跨行省的诸“道”，分别隶属于中央御史台或者行台，由此构织成全国范围的垂直监察系统。明代以十三道监察御史直隶都察院，实际上就是对元御史台（行台）——肃政廉访司督察体系的因袭变通[96]。内八道的督察地区主要是腹里、辽东以及两淮。诸道肃政廉访司均设廉访使、副使、佥事等职。各道留正使二员守司，其余以每年八月为始，分行本道各地区，至次年四月还司，分类综合当奏言诸事，遣正官一员赴台会议闻奏[97]。廉访司的职责是纠察百官非违、政治得失，照刷案牍文卷，并负责复按各路已结案件。凡遇重刑，必须当面复审查实，方能移文本路总管府结案，申部待报；如有冤情，则须重新审理[98]。凡有诉讼，先从本管官司自下而上依理陈告，如不服判决，亦许赴廉访司陈诉[99]。对于违错、犯罪官吏，轻者罚俸，重者断罪罢官。对五品以上官员的处理须经御史台闻奏，六品至九品官由御史台（或行台，详下文）断决，受省劄人员则由廉访司区处[100]。
元世祖在中央设中书省、枢密院、御史台，把行政、军事、监察三权分立，是经过深思熟虑的，时人叶子奇在《草木子》中引用忽必烈的话说：“中书朕左手，枢密朕右手，御史台是朕医两手的。”[101]
此外元廷以“理财助国”[102]为施政中心，曾于至元七年至九年、二十四年至二十八年、至大二年（一三〇九年）至三年三次设立尚书省综理财用，以六部及天下行省归隶之。置尚书省期间，虽然在中央仍保留中书省建置，但政柄悉归尚书省、中书省臣备员而已。
元代比较特殊的中央机构，还包括蒙古翰林院及其所属蒙古国子监、掌管回回历法的回回司天监、管也里可温的崇福司等。主持全国释教及吐蕃地区军、民之政的宣政院，由于职掌的特殊性，从用人等方面而言，成为与中书省、枢密院、御史台并列的四大军政系统之一。蒙古国时期置札鲁忽赤治天下刑政，随着元朝国家机器的完备，又设大宗正府为札鲁忽赤官署，但它与其他朝代以专掌皇族事务为基本职能的宗正机构不同，主要治理诸王、驸马投下的蒙古、色目人刑名词讼等事，时而兼理汉人刑名。蒙古统治者在对宗亲的奉养等方面，制度与汉俗不尽相同。因此，元代管理皇室和贵族供奉等事的官衙，亦包括许多特殊机构。如掌营盘纳钵、标拨投下草地并治理有关词讼的经正监，如为中宫从事织染、杂造的管理诸路怯怜口民匠都总管府，掌成吉思汗大斡耳朵位下怯怜口诸务及内府供亿的中尚监，掌武宗五斡耳朵户口、钱粮、营缮诸事的长秋寺，等等。
地方机构
地方最高行政机构是行中书省，简称行省。元人说：“国制，中书总庶政，是为都省。幅员际天，机务日繁。相天下重地，立行省而分治焉。若稽古制，魏晋有行台，齐隋所管置外州称行台尚书省，唐以诸道事繁，准齐分置，今行省，其遗制也”[103]。不过元代的行省，毋宁说是金朝遗制的变更。
金代尚书省宰相或执政官[104]被派到地方上行使尚书省职权时所设立的临时建置叫行尚书省。金代后期出于抵御蒙古的军事需要，曾遍置行省于各地，但它始终属于权宜建置。自成吉思汗南下侵金起，蒙古人也采用金的行省官称，授之于降附他们的中原地主武装头目。故凡有征伐之役、分任军民之事，往往称行省或行台。但当时未有定制，迭为废置。忽必烈即位时，置十路宣抚司为地方最高行政机构，同时以都省官行某处省事系衔，派到各地行使中书省的职权，设立了不少行省机构。但这时的行省仍属于临时性的中央派出机构。大约在至元二十年前后，由于以宰执行某处省事系衔嫌于外重，因此改为某处行中书省平章或右丞、左丞、参知政事，而不再以都省官系衔。于是，行省就从都省派出机构逐渐演变为地方最高行政机构，“掌国庶务，统郡县、镇边鄙，与都省为表里”，“凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之”[105]。每省置丞相一员（例不常设），平章二员，品秩比中书省低一等；右丞、左丞、参知政事等，品秩与都省官相同。各省的政务需要通过中书省进行协调统一或向皇帝报告。因此行省与都省之间具有某种程度的从属关系。
至元二十七年，元廷在全国范围调整行省建制，除中书省直辖山东、山西、河北等地以外，全国分置十个行省，即岭北、辽阳、河南、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广[106]。中书省直辖地区称为腹里。管理腹里地区有关事务的许多专门机构，如负责掌管腹里各种制作业的局、所、场，都直接由中书省下属的六部隶领。
中书省和行省以下的行政区划，依次为路、府、州、县。路设总管府。有达鲁花赤、总管，是为长官；有同知、治中、判官、推官，是为正官；还有总领六曹、职掌案牍的首领官（经历、知事、照磨）[107]。府有达鲁花赤、知府或府尹；有同知、判官、推官；有知事等。有的府隶诸路，也有的直接隶于行省；有的统州县，也有的不统州县。州有达鲁花赤、州尹或知州，以及同知、判官等官。有些州直隶于路或行省，有的州不统县。县有达鲁花赤、县尹等官，有些县直隶于路或府。边远地区还有“军”的建制，品秩及设官置吏皆如下州。路治所在的都市，设一个或几个录事司（大都、上都设警巡院），管理市镇居民。司置达鲁花赤、录事、录判等。各级行政官员的任命权都在中央，只有属于投下的州县，其达鲁花赤一职，由领有该地的诸王、贵戚或勋臣任命。
在远离行省中心的地区，又分道设立宣慰司，就便处理军民之务。“其与职民者省治之，职军者院临之”[108]，兼有行省派出机构和介乎省、路之间的一级行政机构的职能。因此，《事林广记》在列举天下路府州县时，将它们分为直隶某行省“所辖”或由某道宣慰司“所管”两种情况，以此区别这两类略有不同的隶属关系[109]。边陲民族地区的宣慰司、宣慰司都元帅府及其所属的路府州县或安抚司等机构，往往参用当地的土官任职。
枢密院和御史台在地方上也各有自己相应的分设机构。行枢密院简称行院，是专为征伐之事而设置的，有时虽亦掌管民事，但主要以征伐或镇抚为目的。元朝进攻南宋时设立过不少行院，以后或废，或并于行省。武宗后，元廷曾先后设立过甘肃、河南、岭北等行院。行御史台简称行台。忽必烈时先后立江南行台（简称南台）和云南行台，成宗时徙云南行台于陕西（简称西台）。南台辖察院和十道肃政廉访司，其监察地区主要是江南、湖广；西台辖察院和四道肃政廉访司，监察地区主要是陕甘、四川、云南。南台和西台品秩与中央御史台（内台）同。
基层行政设施
元代社会的基层行政设施，是通过社制和坊、里制的推行而确立起来的。
在传统的中国社会里，社一方面具有以自然村落为基础而结成的民间乡村组织的性质，同时也长期被封建国家利用，成为农村中的基层行政设施。隋开皇五年下令在各地建立义仓，因为它设在村社中，由当地选人管理，所以名为社仓[110]。至元七年初，元朝在北方各地农村推行社制[111]，几乎与此同时，在真定等路分的城镇也建立了社制。半年多之后，又下诏在华北各路“州县在城关厢见住诸色户计”中全面实行社制[112]。灭南宋、统一全国后，元政府又进一步将社制推行到江南一些地区的城乡。
根据至元时候颁布的立社条例规定，以五十家为一社，一村五十家以上者，只为一社；增至百家者，则增设社长一员；不及五十家者与附近村落相并为一社；地远人稀无法相并者，亦许各村自为一社。立社之初，其目的主要是为了劝农，并戒饬游荡、防察奸非，所以规定应推选“年高通晓农事、有兼丁者”为社长。条例并规定每社立义仓，以社长主之。南方农村的社，可能比北方大一些。如镇江路所属丹徒、丹阳、金坛三县，每社约合一百二十户。江南城关的社又比农村更大。镇江路录事司治下，每社约合四百五十户[113]。
除社以外，另一个系统的社会基层组织，是按农村中的乡、都以及城关中的隅、坊来编制的，可以合称为坊（指隅坊）里（指乡都）制。
在农村，许多地方以乡统都。“每乡所辖都分不等，其中为里、为村、为保、为坊，皆据土俗之所呼以书。”[114]其初，“乡设里正，而都设主首。后以繁剧难任，每都设一里正，主首则随其事之难易而多寡之”[115]。有些地方甚至只设里正，未设主首[116]。事实上，不见得在各地都存在以乡统都这样两种层次，可以认为乡、都基本上是属于同一个层次的基层行政设施。
隅、坊之间的关系与乡、都相似。有的城关隅下分若干坊[117]，有的城关仅分为若干隅或若干坊[118]。也有的城关不称隅、坊而称乡、里，如嘉兴路录事司治下分为五乡，共管十七里[119]。隅、坊设隅正或坊正。
元代坊、里的规模究竟有多大，由于资料缺乏，无从确切知晓。惟各地具体情况不同，差异也一定不小。据《至顺镇江志》载，丹徒、丹阳、金坛三县土著户共九〇、〇〇二户，三县都、里、村、保凡四百七十个，则平均每里（都、村、保）有一九〇户[120]。
充任里正、坊正和主首，属于当役性质。其人选产生的原则是按田地资产的多寡而摊派。据皇庆元年（一三一二年）规定：“粮多极等上户殷富者充里正，次等户充主首，馸力挨次，周而复始”[121]。《永乐大典》所录《古藤志》称，至正八年（一三四八年）左右，广西藤州一带规定，有田一千亩的民户，“应当里正一季，自上而下，周而复始”[122]。同书又录《吴兴续志》说，元代里正、主首“以田及顷者充”[123]。又据《至元新格》，里正等“从各路总管府拟定合设人数，其令司县选留廉干无过之人，多者罢去”[124]。可见各地里正人选的确定与摊派，还受到路、县地方官的干预，并不完全是“令人户自行共同推唱供认”的[125]。里正、坊正和主首的责职，主要是催输税粮、科差，督促徭役，追会公事；同时他们还有责任维持地方的道德教化，监督、防范和压制人民的反抗。
坊里制和社制推行之初，属于两种不同系统的基层设施。但在实行的过程中逐渐合二而一了，社长常常变成里正的助手。元政府虽然三令五申：“社长近年多以差科干扰，今后催督办集，自有里正、主首，使专劝农，官司妨废者从肃政廉访司纠弹”[126]。不过从此类规定看来仅是具文。因此，明代人在追溯元朝的坊里制和社制时，便已经将它们合称为“里社制”了[127]。
元代社会基层，除实行坊里制和社制外，偶然还有甲制的存在。至元十三年，陈天祥在兴国（今湖北阳新）“命以十家为甲，十甲有长，弛兵禁以从民便”[128]。元兵入吴县后，“编二十家为甲，以北人为甲主”，当时不隶于甲下的仅为舟人（船户）以及娼优、隶卒、僧道等[129]。这大概是在局部地区按十进制的军队（军户）编制方式组织民户的临时性措施。成宗时曾有人建议每社立保甲，但这个主张并没有被元廷采纳[130]。