《时务报》时期
光绪二十二年七月初一日（1896年8月9日），《时务报》在上海创刊。作为主笔的梁启超发表了两篇文章，其一是《论报馆有益于国事》，其二为《变法通议·自序》。梁在《自序》中称：
……今专标斯义，大声疾呼，上循土训、诵训之遗，下依矇讽、鼓谏之义。言之无罪，闻者足兴。为六十篇，分类十二。知我罪我，其无辞焉。[1]
这是他最初提出的写作计划，“为六十篇，分类十二”。可是，没有过多久，他改变了。八月二十一日（9月27日），梁启超在《时务报》第6册上发表《变法通议》的第四篇《论学校一：变法通议三之一·总论 续第五册》，再次说明其写作计划：
吾所欲言者，采西人之意，行中国之法，采西人之法，行中国之意。其总纲三：一曰教，二曰政、三曰艺。其分目十有八：一曰学堂，二曰科举，三曰师范，四曰专门，五曰幼学，六曰女学，七曰藏书，八曰纂书，九曰译书，十曰文字，十一曰藏器，十二曰报馆，十三曰学会，十四曰教会，十五曰游历，十六曰义塾，十七曰训废疾，十八曰训罪人。所拟章程皆附于各篇之后。[2]
此中的十八“分目”，似应认为是总纲中“一曰教”的部分，梁应另有总纲中“政”“艺”两部分的写作之“分目”。
今天的研究者无从得知梁启超此期修改后的写作计划，但从《时务报》已刊篇目来看，他的设想相当庞大，已发表者，只是其写作计划中的一小部分：《时务报》第1册发表为《变法通议·自序》，第2册为《论不变法之害·变法通议一》，第3册为《论变法不知本原之害·变法通议二》，第5册为《论学校一：变法通议三之一·总论》，第6册为《论学校一：变法通议三之一·总论 续第五册》，第7册为《论学校二：变法通议三之二·科举》，第8册为《论学校二：变法通议三之二·科举 续第七册》，第10册为《论学校十三：变法通议三之十三·学会》，第15册为《论学校四：变法通议三之四·师范学校》，第16册为《论学校五：变法通议三之五·幼学》，第17册为《论学校五：变法通议三之五·幼学 续第十六册》，第18册为《论学校五：变法通议三之五·幼学 续第十七册》，第19册为《论学校五：变法通议三之五·幼学 续第十八册》，第23册为《论学校六：变法通议三之六·女学》，第25册为《论学校六：变法通议三之六·女学 续第二十三册》，第27册为《论学校七：变法通议三之七·译书》，第29册为《论学校七：变法通议三之七·译书 续第二十七册》，第33册为《论学校七：变法通议三之七·译书 续第二十七册（误，原文如此）》，第36册为《学校余论：变法通议三之余》，第39册为《续论变法不知本原之害：变法通议二之余》，第43册为《论商务十：变法通议七之十·金银涨落》。
从以上篇目来看，根据“总纲三”“分目十八”的原先设计，其纲目结构似为：
自序
变法通议一·论不变法之害
变法通议二·论变法不知本原之害
变法通议二之余·续论变法不知本原之害
变法通议三之一·学校总论
变法通议三之二·学校·科举
…………
变法通议三之四·学校·师范学校
变法通议三之五·学校·幼学
变法通议三之六·学校·女学
变法通议三之七·学校·译书
…………
变法通议三之十三·学校·学会
…………
变法通议三之余·学校余论
…………
变法通议七之十·商务·论金银涨落
梁启超谈到的“十八分目”，应都在《论学校》之内，即“一曰教”。其已发表的分目与先前计划的“十八分目”，略微不同，且未能写完，尚缺原拟的“专门”“藏书”“纂书”“文字”“藏器”“报馆”“教会”“游历”“义塾”“训废疾”“训罪人”等分目。[3]至于梁提到的“二曰政、三曰艺”，很可能还没有开始写。如果按照《时务报》已发表的篇章排列，很可能是《变法通议四·论政》《变法通议五·论艺》。梁既已写《变法通议七之十·商务·论金银涨落》，《变法通议六》的题目当已存其心，然究竟是什么内容，无法推测。
至《时务报》第43册（发行于光绪二十三年十月初一日，1897年10月26日）之后，梁启超停止了《变法通议》的写作。其主要原因，自然是《时务报》的内部分歧，他与汪康年已走向决裂。另一个重要原因是他手中的工作太多，时务学堂、大同译书局、《知新报》、各种活动与应酬以及大量的其他题目的写作，使之无法集中精力；而“二曰政、三曰艺”，即政治与艺学（相当于今日之各类科学技术）都是大题目，他此时的学力与能力似也有不足之处。由此来分析，“六十篇”“分类十二”“总纲三”“十八分目”，都可以理解为这位23周岁年轻人的雄心壮志，并非已经达到全然在胸、舒展自如、随时可喷发之完美境界。
光绪二十四年二月，梁启超离开湖南，取道上海至北京。他此行的目的，是参加当年的会试。然在此时，德国占领青岛，俄国占领大连，远东国际形势大为动荡，戊戌变法由此而发生。梁启超进京后跟随康有为，参与了康的许多奏章和进呈书籍的写作，在京城兴起一阵阵改革大波。《变法通议》的写作计划，只能搁置。
光绪二十四年四月二十五日（1898年6月13日），翰林院侍读学士徐致靖上奏保举梁启超，光绪帝下令总理衙门查看。[4]五月十五日（7月3日），光绪帝在颐和园召见梁启超，下旨：“举人梁启超着赏给六品衔，办理译书局事务。”[5]对于这次召见，梁启超称：“上命进呈所著《变法通议》，大加奖厉［励］。”[6]由此，梁启超将其在《时务报》上已发表的《变法通议》，除去《论商务十：变法通议七之十·金银涨落》一篇，加上其在《时务报》上发表的八篇和麦孟华发表的一篇政论文章以及《湖南时务学堂课程》，抄成七册进呈。[7]这应该是《变法通议》的第一次结集。