（四）鉴别诊断
约有1/3以上临床表现不甚典型的患者，需要与以发热为主要症状的其他疾病相鉴别，以免贻误治疗，或忽视了可能与疟疾并存的其他疾病。
1.急性上呼吸道感染
由病毒引起的急性上呼吸道感染，包括感冒、咽炎等综合征。在疟疾流行区，门诊急性上呼吸道感染的患儿有可能误诊为疟疾。
鉴别要点：急性上呼吸道感染的发病季节和明显的突发性和群体性，发热伴咳嗽、鼻塞和流涕等上呼吸道感染症状，多次血涂片镜检疟原虫阴性。
2.假性急腹症
在恶性疟患者或间日疟患者中，因腹腔神经丛受累所致腹痛并不少见。此类患者常以腹痛为主诉而就诊，易与阑尾炎、胆囊炎、胃穿孔等急腹症混淆。
鉴别要点：疟疾血涂片镜检疟原虫阳性，白细胞正常或偏低，以抗疟药假定性治疗后腹痛消失。对于多次血检阴性或虽检出疟原虫但抗疟药治疗后腹痛仍不见减轻者，宜进一步进行外科学检查。(https://www.daowen.com)
3.附红细胞体病
附红细胞体简称附红体，寄生于人或动物红细胞表面、血浆及骨髓等处，以发热，贫血、黄疸等为主要临床表现。由于其症状与疟疾相似，且血检时附红体易与疟原虫混淆，应注意鉴别。
4.巴贝西虫病
巴贝西虫与疟原虫均寄生于红细胞内，其临床表现极为相似，但巴贝西虫多感染家畜，人体感染少见，且患病时原虫血症颇高，同一红细胞可同时寄生4～8个发育不同步的虫体，虫体胞质中无色素沉积，亦无配子体。
此外，尚须与急性粟粒型结核、伤寒、回归热、败血症、艾滋病（AIDS）、钩端螺旋体病、阿米巴肝脓肿、病毒性肝炎、登革热、日本血吸虫病、丝虫病、黑热病等加以鉴别。
发病季节、地区等流行病学资料对鉴别诊断有一定帮助。上述疾病的特殊临床表现以及有关的实验室亦有较大帮助。然而，最重要的鉴别诊断依据是确定其病原体。大多数临床上误诊的疾病都是由于医生对本病缺乏警惕所造成的。恶性疟临床表现不规则，如再忽视流行病学资料，则常致延误诊断。凡是不明原因发热者，尤其是发作性、间歇性发热者，如及时做血液或骨髓涂片的疟原虫检查，绝大多数病例可获得明确的诊断。