实体要素与税收负担分配
经济增长是现代市场经济国家最重要的发展目标，在经济利益和环境利益之间求取平衡，归根结底还是为了实现持续稳定的经济增长。如果不考虑经济利益的因素，环境保护税法的设计就有可能事与愿违。“环境保护不可能完全交由自由市场去解决。被环境污染伤害的人通常拿排放污染的人没有办法，破坏环境的企业会给社会制造外部成本，却不会包括在自己的会计成本之中，所以企业并没有一个基于市场的激励来限制污染物的排放。”[51]我国地方政府身兼主导资源配置、培育市场力量、矫正市场失灵的职能，为了达到环境质量的政绩考核标准、回应本地居民的环境质量诉求，地方政府必然会越来越重视环境污染问题。环境保护税的税收负担轻重的设计合理与否，判断标准是纳税人是否因此选择引入环境有益技术，该税种的收入必定越来越少。“环境税对于危害环境之行为，课以税捐负担，或督促其改善环保标准。并附带的获得税捐收入”[52]。
环境保护税的纳税人是在中国领域以及管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者。《环境保护税法（草案）》明确规定了“税目税额表”和“应税污染物和当量值表”：每一排放口的应税大气污染物或水污染物，按照污染当量数从大到小排序，以污染当量数从大到小的顺序确定，水污染物中的重金属污染物按照前5项征税，其他均按照前3项征税。应税大气污染物或水污染物的污染当量值，应当反映污染物对环境的危害程度和治理成本。环境保护税对未超出管制额度且在征收范围内的大气污染物或水污染物排放征税，而对高于管制额度的污染物排放浓度值或总量指标，则按照当地适用税额标准的2倍或3倍加重征收。管制额度是指国家或地方规定的污染物排放标准。而征收范围外的污染物排放不征收环境保护税，例如，向城镇污水处理厂、城镇生活垃圾处理场排放应税污染物，或者在符合环境保护标准的设施、场所贮存或处置工业固体废物。
评价税制成功与否的主要标准是税收负担分配公平与否及其对经济有何影响。环境保护税的税收负担之确定准则应当是：其一，覆盖甚至略高于污染物治理成本，即通过纳税方式来使纳税人承担排污行为的社会责任；其二，明显超过纳税人自行引入环境有益技术改进生产工艺或进行除污处理的投资额度，同时，纳税人的减排行为还可能享受其他税种的税收优惠。概言之，开征环境保护税既不能伤及税本——因税收负担超过纳税人的纳税能力太多，致使其客观上不能或主观上不愿继续从事相关经济活动，又不能阻遏不力——纳税人自行引入环境有益技术所需的资金必须低于其排放污染物的税收负担。环境保护税的税收负担略高于排污费比较合适，既可以提高当前过低的排污费征收标准，又不至于在新税初征时给纳税人过大的经济压力。“环保税是在不适当禁止可能造成环境污染之生产、制造或消费行为时，从污染者付费原则发展出来的税捐。以便利用其课征将污染者之污染行为所造成之外部成本，内部化为污染者之生产、制造或消费成本。”[53]
“判断一部税法起草是否适当的基本方法是看其是否能有效地实现预定的政策。因此为了确保法律将来有效，起草的过程就必须使立法能体现政策。”[54]环境保护税是一种选择性征收的税种，环境保护税法选择哪些税目应当充分展现其行为调控的政策导向。经济学家更加偏爱使用税收手段来治理环境污染，认为其更有效率、更能促进符合社会需要的行为。[55]“环境保护税的目标税基尽可能接近污染物或污染行为，理想的征收范围为宽泛的环境损害的范围”，“税率应当反映环境和非环境的外部性的损害”。[56]除了前述主要污染物因其排放量大而先行纳入征收范围外，某些不太常见但危害更严重的污染物，例如，铅、汞、镉、铬和类金属砷等生物毒性强且污染严重的重金属元素，即使其排放量不大，将来也应当纳入征收范围。与现行税目相比，排放上述污染物不按照污染当量数排序，单独计征。而如何设计新税目的名称才能覆盖其所包含的污染物亦煞费思量。(https://www.daowen.com)
无论环境保护税的税目、税率如何选择，都不会覆盖所有污染物，税收负担的分配也不见得公平，更不可能解决全部环境污染问题。“经济学不应该假设任何公正征税原则，也没有人成功地证明了任何这样的原则。”[57]如何处理好纳税人的税收负担与环境污染治理成本之间的关系，势必成为环境保护税法设计中的难题。非应税或者免税的污染物排放以及历史遗留的环境污染问题，其治理资金又应当从何而来呢？免税的情形包括农业生产（不包括规模化养殖），机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放的应税污染物，以及城镇污水处理厂、城镇生活垃圾处理场向环境排放不超过国家规定标准的污染物。各级政府应当鼓励纳税人加大环境保护建设投入，对用于污染源自动监控专用设备的投资予以财政资金和政策支持。
环境保护税的税收负担决定于计税依据和税率，其中，应税污染物的计税依据是污染物排放量，而应纳税额则是以各税目的计税依据乘以具体适用的税率。应税污染物的计税依据按照下列方法确定：应税大气污染物、水污染物依据污染物排放量折合的污染当量数，应税固体废物依据固体废物排放量，应税建筑施工噪声依据施工单位承建的建筑面积，应税工业噪声依据超过国家规定标准的分贝数。环境保护税的征管难度主要体现在据以计税的数据难以获得，这就是征税的经济手段与管制的行政措施相比最大的难处。“行政官员可以创设出复杂的税制，以考虑因每天的时段、每年的季节以及地域等因素对排污所带来损害效果的影响”，然而，“税收制度在阻止污染方面并不那么有效”。[58]环境保护税具有抑制纳税人的污染物排放行为的作用，使其某种程度上有惩罚的意味，但这种手段仅仅适用于法定管制范围和额度内的污染物排放行为。“如果税收的目的在于限制某些行为时，这些税基很窄的税收有时就能起到替代处罚的作用。”[59]
自1982年起征收的超标准排污费，均属地方收入，按照排污单位的隶属关系纳入省和省以下地方财政：中央部属和省属排污单位的排污费缴入省级财政，其他排污单位缴入当地地方财政；中央部属和省属企业集中的城市，经省政府批准，可以缴入当地地方财政。自2003年起征收的排污费，中央与地方按照1∶9的比例分享收入，分别作为中央、地方的环境保护专项资金。但各省及其以下财政的分享比例不尽相同，省分享的排污费收入主要有10%、15%和20%三类。虽然环境保护税的税收收益将大大提高，但仍然远远低于环境污染治理投资额。环境质量是由地方政府提供的公共物品，将环境保护税确立为地方税最恰当，法律应当直接规定省与省以下按照15%：85%的比例分享。换言之，中央不再分享环境保护税收入，而将原先从排污费中分享的10%全部划入省以下地方财政。至于省分享的收入则可以在当前各省的规定中选择中等的分享比例——15%，并将其确定为各省统一的分享比例。环境保护税在省和省以下地方财政按照15%∶85%的比例分享，与省和省以下地方财政所承担的事权和支出责任基本上是匹配的。
《环境保护税法（草案）》设计了诸多授权条款，如授予国务院制定专项优惠政策的权力、授予省政府适当上浮应税污染物的适用税额、增加同一排放口的应税污染物种类数、在一定期限内减半征税、增加（调整）重点污染行业种类等权力。法律直接授权省政府的做法与《车船税法》如出一辙，然而，法律将地方税部分课税要素的立法权授予省政府而不是省人大，合法性存疑。