征管程序与应税事实认定
对应税污染物排放量较大的单位和个人而言，环境保护税的税收负担必定是其考量的生产经营成本，至于能否转嫁给消费者则要视其产品定价能力而定，简言之，纳税人是否愿意引入环境有益技术是不确定的。“在税和补贴的规制框架下，企业污染的成本会与污染排放量成比例增加，于是企业就有了尽可能减少污染的动机，直至消除污染的边际成本相当于税或补贴的边际成本，并因此也有了发展成本更低的除污技术的动力。”[60]由于环境污染的历史欠账严重，想要通过环境保护税筹集解决全部环境问题的财政资金显然是不可能、也是不公平的。如此庞大的资金缺口应当由中央财政负担，通过中央一般公共预算和财政转移支付来实现。除了开征环境保护税外，其他税种对严重污染环境、过度消耗资源的产品征税取得的收入，也应当成为地方环境能力建设资金的主要来源。“由于危害环境之结果很难归属到特定个人或群体，因此，通常课征环境税比课征环保特别公课更容易正当化。”[61]
尽管排污费改税逐步推进，但排污费制度改革仍然继续进行——加大排污费征收力度，做到应收尽收。适时提高排污收费标准，将挥发性有机物纳入排污费征收范围。[62]为此，中央调整了排污费征收标准：废气中的二氧化硫和氮氧化物，废水中的化学需氧量、氨氮和五项主要重金属（铅、汞、铬、镉、类金属砷）污染物排污费征收标准分别调整至不低于每污染当量1.2元和1.4元。还要提高排污费收缴率，实行差别收费政策。[63]“当市场失灵，从威胁生命的烟雾到干涸的湖泊和河流，变得如此明显以至于不能再被忽视时，它们才成为政府的一项主要责任。”[64]排放应税大气污染物和水污染物高于规定的标准或排放总量指标的，按照当地适用税额标准的2～3倍计征环境保护税，低于规定的标准50%以上且未超过排放总量控制指标的，可以减半征收；至于《环境保护税法（草案）》规定的“省级政府可以在规定的税额标准上适当上浮应税污染物的适用税额”，则被很多学者批评过于弹性。
向环境排放污染物要支付经济代价是必然的：至于污染物排放行为需要缴费抑或纳税，需要判断的是其是否属于征税范围、有否减免或加倍征收的情形。“环境清洁计划、废物排放标准、污染权交易以及税收激励措施在政府的应对政策中发挥着突出的作用，以促使环境更加清洁。”[65]环境保护税征收的前提是污染物排放种类和数量是法律所允许的，超出部分可能会被课以行政处罚或加倍征税。我国《环境保护法》规定，违法排放污染物，课以罚款处罚；超过污染物排放标准或超过重点污染物排放总量控制指标排放污染物的，环保部门可以责令其采取限制生产、停产整治等措施；情节严重的，报经批准后，责令停业、关闭。《环境保护税法（草案）》确立的是“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的税收征管模式，环保部门掌握的污染物排放数据是认定环境保护税应税事实、排污费缴费依据和环境行政处罚事实根据的基础，税、费、罚都属于财政收入，而执法成本由预算统一安排。
环境污染治理的绝大部分事权由地方承担，仅以2010～2014年全国一般公共预算支出为例，节能环保类支出占比介于1.86%～3.41%，其中，用于环境污染防治的资金占比介于0.65%～1.26%。[66]排污费的征收标准过低，存在协议征收、任意减免等现象，与地方政府对待经济增长和环境污染问题厚此薄彼的态度不无关系。“地方环保局的工作人员对于执行污染税制度缺乏激励。这是因为地方政府官员通常都会反对强有力地执行这套制度，而正是这些官员拥有给地方环保局提供资源和补助的决定权。”[67]2005～2014年，全国排污费收入长期处于100余亿元的水平、变化甚微，2007～2014年稳定在180亿元左右，同期全国环境污染治理投资总额却大幅攀升，从2005年的2388亿元增长到2014年的9575.5元，增幅达4倍，这才是环境污染问题严峻的真实反映。[68]《排污费征收使用管理条例》规定，排污费收入主要用于重点污染源防治，区域性污染防治，污染防治新技术、新工艺的开发、示范和应用等项目，但明显满足不了环境污染治理投资需求。(https://www.daowen.com)
环境保护税的计征依据是纳税人排放的应税污染物，但税务机关难以独立承担税收征管职责。作为负责环境污染治理监管的职能部门，环境保护行政主管部门（以下简称环保部门）具有污染源自动监测和监督性监测的能力，它在污染物排放种类、数量核定方面的业务优势突出，而税务机关实在没有什么必要重复建设污染物排放监测系统。应税大气污染物、水污染物和固体废物的种类和数量，建筑施工单位承建的建筑面积，工业噪声的超标分贝数，应当由县级以上环保部门审核确认。应税污染物排放量和工业噪声分贝数的审核确认，取决于有否安装、使用污染物排放自动监控仪器和监测机构能否出具监测数据核定，不具备监测条件的，按照排污系数或物料衡算方法核定。环保部门按照如下顺序审核确认数据：自动监控数据、监测数据、按照排污系数或物料衡算方法核定数据、抽样测算方法核定数据。
环境污染治理的事权和支出责任主要由地方政府、特别是县级政府承担。地方官员围绕象征经济增长的GDP而展开的竞赛是理解地方政府间竞争关系的关键，但是，“激励官员的目标与政府职能的合理设计之间存在严重冲突，中国目前的这种地方官员的治理模式又是当前经济面临的各种重大问题的主要根源”[69]。环境保护税的纳税义务发生时间为纳税人排放应税污染物的当日，一般按照固定期限计征：首先，纳税人应当自纳税期限届满之日起15日内，向主管税务机关办理纳税申报并缴纳税款，对申报的真实性和合法性承担责任。其次，如果税务机关发现纳税人有申报数据明显不实、逃避纳税等行为的，可提请环保部门审核纳税人的污染物排放情况；环保部门和税务机关建立相关信息共享机制。环境保护税按照重点监控（排污）纳税人和非重点监控（排污）纳税人进行分类管理。最后，主管税务机关结合纳税申报资料和环保部门出具的审核意见，依法调整应纳税额。环保部门应当确定为协助税务机关征收环境保护税的主体——法定协税人。
纳税人对环保部门审核确认的应税污染物排放数据有异议的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。然而，环保部门不是征税决定的作出者，纳税人可以提出异议的对象仅限于税务机关。如果纳税人同税务机关在纳税上发生争议的，依照《税收征收管理法》规定的“纳税前置且复议前置”的救济制度执行，但行政复议或诉讼期间，纳税人仍然要按照审核认定的数据履行纳税申报义务。《环境保护税法（草案）》规定，环保部门依法履行对应税污染物监测、监督和审核确认的职责，自收到税务机关资料之日起30日内向税务机关出具审核意见，或者应当根据税务部门的征管工作需求，及时将相关信息送达主管税务机关。简言之，环保部门不属于税收征管主体。应税事实认定是征税决定作出的基础，纳税人对征税决定不服，很大程度上是对认定的环境保护税的应税事实有异议，而环保部门在应税污染物的排放数据审核上占据绝对的优势。就涉税争议解决的可行性和纳税人权利保护的周全性而言，应当在制度设计上允许纳税人对环保部门审核确认的应税污染物排放数据提出异议。笔者认为，环保部门可以作为有利害关系的第三人参加行政复议或诉讼。
纳税人应当向应税污染物排放地的主管税务机关申报缴纳环境保护税。机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放的应税污染物，可免征环境保护税。应税污染物排放行为发生地的环境质量当然受影响，但污染物的流动性也可能影响其他区域的环境质量，即损害后果发生地可能不限于排放行为发生地。损害后果发生地治理环境污染的资金诉求，可否通过在两地间建立财政转移支付进行重分配呢？“不管政策区域，环境税的设计及其实施中的政策经济考虑是它们整体成功的关键性因素。”[70]尽管污染物排放行为可能有溢出效应，但是，主管税务机关仅限于行为发生地的税务机关，而损害后果跨界发生也不能成为加重纳税人税收负担的理由。环境保护税作为地方税，由地方税务机关负责征收最适当，而后果发生地的环保部门应当予以协助。为了避免地方政府干预应税事实认定，防止环保部门认定应税事实时滥用裁量权，环境保护税法应当设计有效的救济路径。