内部治理结构不顺
高校内部治理结构主要是指高校内部利益相关者之间各种权力的分配制约，以及利益实现的制度规定、体制安排和机制设计。[30]具体说来，高校内部治理主要包括高校内部的权力关系、组织架构和运行机制几个方面。西方发达国家形成了比较稳定的内部治理模式，其共同点是大学内部权力主体多元化，比较重视内部权力的协调，其学术事务和非学术事务的管理通常是由两套系统、不同的机构和人员来运作，他们各司其职、共同管理。我国成熟的高校内部治理也还存在不少问题，但基本架构是比较健全的。新型本科院校内部治理还存在诸多矛盾，需要进一步完善。
（一）权力结构没有理清
高校内部权力关系涉及多个方面，主要方面是学校层面的权力关系、二级学校内部的权力关系、学术与行政的权力关系。
首先，从学校层面来看，一些新型本科院校在校级层面的权力关系没有理顺，需要按照党委领导下的校长负责制精神进一步理顺党委书记和校长之间的职责分工，在确保校长享有充分的行政权力的同时，学校重大事项由学校党委集体研究决定。
其次，二级学校是很多新型本科的一个新的组织结构，是在专科时期“系”的基础上组建的。有的二级学院是原来的一个系，有的则是几个系整合而成。新颁布的《中国共产党普通高等学校基层党组织工作条例》明确指出，二级学院重大事项的处理是通过党政联席会来研究的。凡属行政工作的议题，党政联席会由院长主持，凡属党务工作的议题，党政联席会由总支书记主持。虽然这种分工理论上是明确的，但新型本科院校实践中，院长与书记同样存在诸多权力纠纷。同时，作为二级学院的学术组织，新型本科院校应充分发挥教授委员会和学术委员会的作用。但从现实来看，不少二级学院没有赋予这些学术组织应有的权力，甚至根本就没有成立教授委员会和学术委员会。这一方面与教师队伍有关系，如教授委员会一般要求5～7 人，一些二级学院教授总数都不够，加之新型本科院校教师大都认为自己的本职工作就是教学，对学术没有多大兴趣，也就对这些组织并不关心。另一方面，二级学院领导把很多学术方面的权力等同于行政权力，集于院长一身，缺乏向教师们分权的意识与自觉。
再次，学术权力是学者从事教学和研究的权力以及对教学和研究评价的权力。行政权力是为学术权力服务的，这是由大学的组织目标所决定的。行政权力的绩效要体现在教师更有成效的教学和科研上、学生更有成效的学习和成长上。一般而言，学术声誉良好、历史较为悠久、学术力量雄厚、校长为著名学者的一流大学，学术权力占有较重要地位，教授说话有一定分量。而在新型本科院校，其历史不长，教授少，学术力量尚未成长起来，往往是行政管理人员握有权力，而真正的学者只享有理论意义上的尊重，行政权力的膨胀必然导致学术权力的弱化。新型本科院校行政权力和学术权力界限模糊，而且行政权力往往属于强势权力，行政权力侵占学术权力空间乃至指挥学术权力的事例比比皆是。行政人员往往视自己为管理者甚至是领导者，时时欲凌驾于教师和学生之上，倾向于扮演决策与支配者的角色，对知识和人才缺乏应有的理解与尊重，直接导致权力的异化甚至“失范”，也使得大学的教学、科研人员常常感到自己没地位，丧失自己职业活动的自主权，陷入职业角色的冲突与压力中，从而产生失落感与疏离感。
（二）组织架构不健全
我国高校主体组织架构多实行“三级架构、两级管理”。三级架构分别为校、院、系，承担管理职能的是校、院两级。其中，系级架构不承担实质性的管理职能，系并不是一个行政机构，而是一个基层学术性、研究性组织，主要在课程建设、教学研究、青年教师传帮带培养等方面发挥作用。新型本科院校在专科时期的基本组织架构按照校、系、教研室的结构安排，后来都按照校、院、系进行了改革。但是，新型本科院校组织架构存在两个明显不足。
一是在校、院、系之间过于强调等级秩序和层次，没有注意遵循高等教育的内在要求，按照“扁平化”的组织设计来安排。不利于调动广大教师的积极性，各院系的学术委员会在教学与科研上没有决定权，形同虚设，不利于各院系之间的横向联系，也不利于平等、宽松、自由的学术环境的形成以及教学科研水平的提高。
二是学校、学院、系之间的职责、权限分配还不尽合理。受过去集中管理体制的影响，新型本科院校校、院、系之间形成了严格的等级，权力中心明显偏上，院系作为办学实体在独立性和自主性方面权力过小。校、院、系职责不明最大的弊端是各级机构权责不清，校领导难以集中精力去研究分析学校的长远发展，反而陷于一些具体、琐碎的行政管理事务中，阻碍了学校的发展。而院系由于自主权不够，也难以调动自身的积极性。
另外，新型本科院校组织架构的不足还表现在横向的党群、行政和后勤机构机构所占比例较大。有研究者通过调查发现，新型本科院校党群、行政机构基本占学校机构总数的50%以上，存在机构臃肿、效率低下的现象。[31]
（三）运行机制不协调
新型本科院校组织运行机制主要指决策机制、监督机制以及激励机制几个方面。从决策机制来看，《中华人民共和国教育法》《中华人民共和国高等教育法》等法律规定了高校内部重大问题的决策人员安排、程序等。与此同时，国家为了鼓励高校自主办学，减少了政府对高校的干预，鼓励高校制定章程，按照章程健全内部决策制度。但是，很多新型本科院校并没有建立自己的章程，即使已经颁布章程的，也不同程度地存在内容不科学、制定程序不合法、没有得到很好的实施等问题。
从监督机制看，新型本科院校党代会、纪检、监察、审计、教代会、工会、民主党派是内部治理结构中的主要监督主体，分别对学校的运行开展政治和组织监督、专职监督、民主监督。除此之外，教师和学生也是履行监督职能的重要主体。但在现实中，教职工代表大会并没有完全实现其应有的职责，既没有实现对学校党委决策的民主参与，也没有行使对行政权力的监督。教代会流于形式，所讨论的问题往往是员工福利等边缘性问题，并且从教代会人选到议题，再到整个程序都由行政系统主宰。工会同样如此，仅限于一些文体活动，教职工很少在新型本科院校核心事项的决策和监督方面发挥作用。
再就激励机制看，与转制前的专科相比，新型本科院校在科研、教学、社会服务等诸多方面投入很大，激励教师们在科研方面多出成果，在教学方面提高水平。虽然新型本科院校已经在逐渐完善激励机制，鼓励教师们尽心尽责，专心自己的本职工作，但是新型本科院校由于考核体系并不健全，在很大程度上存在干好干坏一个样的问题。加之学术人才的地位在新型本科院校中并不高，行政人员收入往往超过教授和博士，因而新型本科院校尚需要花大力气健全激励机制。