种子类中药材一般应在果实完全成熟，果皮完全褪绿，种子达到一定硬度，并呈固有颜色时采收，如牵牛子、白芥子、决明子、苦杏仁、桃仁、酸枣仁等。
种子类一般采用摘取或割取后脱粒，干果类一般在干燥后取出种子，蒴果类通常敲打脱粒后收集，肉质果可先剥取果皮，留下种子或果核，如瓜蒌子、南瓜子等。或堆积发酵或蒸煮后去果肉，压碎种壳取出种仁，如郁李仁、苦杏仁、酸枣仁等。
