一、体系建设
（一）构建生态系统水平的大水域生态养殖技术体系
研究完善生态容量、养殖容量和环境容量评估技术，摸清我国主要水域的养殖潜力，以生态养殖为基础，健康养殖为核心目标，开发不同类型渔业水体的多营养层次综合增养殖新模式与生态养殖技术。重点研发基于生态系统自组织修复为主的生态渔业和水资源保护的协同技术，具体包括水产种质资源保护、土著鱼类繁殖生态环境修复与重建、生态水位调控技术、经济鱼类增殖与评价管理，以及多种类捕捞协同管理等技术，为天然渔业资源保护与增殖行动提供技术手段和产业示范。
（二）构建安全高效的设施养殖工程技术体系
研发深水水域抗风浪养殖系统与配套技术，构建增养殖水域生态环境监测及灾害预警预报系统，建立完善全封闭循环水养殖系统，通过以上关键技术研究与系统集成，达到节能、高效、安全的生产要求，并形成相应的生产管理技术。
（三）研发浅海浮筏标准化养殖技术体系
根据不同的养殖种类和养殖方式，确定适宜于机械化作业的养殖器材与设施。根据养殖容量，统一养殖密度、筏架宽度和长度，构建浅海浮筏标准化养殖技术体系，为实现海水养殖机械化、自动化作业打下基础。
（四）构建池塘环境友好型养殖技术体系
研发区域适应性的环境友好型关键养殖技术，深入研究养殖生物营养动力学，开发高效低排放的饲料投喂技术体系、低成本高效率的多营养层次综合养殖系统；研发集约化养殖条件下污染控制与环境修复技术。
（五）构建盐碱地生态养殖技术体系
集成与研发滨海盐碱地名优水产产业化过程中的关键技术，建立盐碱地区域名优水产养殖产业基地，打造名优水产品品牌；推广生态环境优化的生态渔业技术与模式，实现由传统渔业方式向以渔养水、以渔育地的生态渔业方式转变。
（六）构建水产养殖管理与环境控制技术体系
运用“3S”技术（遥感技术—RS、地理信息系统—GIS和全球定位系统—GPS）和养殖承载力动态模型，重点研发生态系统服务功能评估、水产养殖管理决策支持系统、水产生态养殖环境控制关键技术等，解决水产养殖与生态环境和谐发展技术难题。
（七）制定生态养殖发展规划，提高水产养殖发展的全局性和战略性
以市场需求为导向，以生态养殖建设为目标，以水域生物承载力为依据，以产业科技为支撑，确立不同水产养殖区域的功能定位和发展方向，开展水产养殖发展长期规划。
（八）加快基础设施建设，提高水产养殖综合生产能力
开展水产养殖基础设施和支持体系普查工作，全面摸清水产养殖业的基本状况，为制定养殖业发展规划，指导养殖业发展提供科学依据；针对目前养殖业较为突出的问题，继续实施标准化池塘改造财政专项，并启动浅海标准化养殖升级改造专项，稳定池塘养殖总产，提高名优水产养殖品种所占比例和水产品质量，增强浅海养殖综合生产能力，提高食品保障和安全水平。
（九）完善生态系统水平的水产养殖管理体系
以生态系统养殖理论为基础，科学地调整养殖许可证和水域使用许可证的发放管理制度，将农业部负责发放养殖许可证、国家海洋局发放养殖水域使用证的两部门管理方式改为由一个部门统一管理。建议在两证发放前，由科研部门对申请养殖水域进行容纳量评估，政府部门根据科研机构的评估结果，在养殖许可证上明确限定申请水域的养殖种类、养殖密度和养殖方式，以便杜绝养殖者随意增加养殖密度的行为，确保我国水产养殖可持续健康发展。