3 儒 林
随着身边友朋的渐次凋零，希望逐一破灭，黄宗羲的游侠生活也随着大明王朝的最终落幕一去不返了。清廷统治逐渐稳固，也开始展现出友好宽容的姿态。黄宗羲得以在这种环境下逐渐转换角色，并最终成就其在儒林中的重要地位。
1651年，也就是舟山陷落之际，他已经完成了他第一部政治思想著作《留书》，在郑成功失败以后，到《怪说》自述精神状态的那段时日，黄宗羲日以继夜地努力，苦苦探寻治乱之道。康熙二年（1663），黄宗羲写成《明夷待访录》两卷，这是他政治思想的精华。《明夷待访录》包括《原君》《原臣》《原法》《置相》《学校》等十三篇，对数千年来政治、法律、教育、经济、军事等各个方面均加以反思和批判。《明夷待访录》也是理解黄宗羲的一个关键，比如，他坚持以布衣抗清，实际是为了反清而不是为了复大明，所以虽尽力而为，到绝望之际亦能抽身而退。
在《留书》中，黄宗羲还以夷夏之辨作为思考的出发点，到《明夷待访录》他则将矛头直指君主。黄宗羲提出了“天下为主，君为客”的观点。君主是为天下谋福利的，但现实由于缺乏制约机制，导致君主成了“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”的“天下大害”，王朝治乱、人民福祉多半寄于君主的道德底线。黄宗羲以“天下”替换孟子的“民”，是有深意的，顾炎武也说“天下兴亡匹夫有责”，这里的天下不是一姓的王朝，是君臣万民的天下，君臣都是为天下服务的，所以，君臣原本是平等的，只是分工各有不同，所谓“臣之与君，名异而实同”。这在君主专制不断强化的明清，是非常难能可贵的。
黄宗羲强调制度建设，认为有治法而后有治人。儒家是反对法治的，孔子曾对子产“铸刑令”不以为然，认为会导致有法可依，君主丧失权威。黄宗羲认为恰恰应该如此，有法度则人人平等，“贵不在朝廷，贱不在草莽”，士大夫出则为臣，辅佐帮助君主，入则于君主为“路人”。这些思想都是黄宗羲痛定思痛，在血与火当中淬炼出来的。正是这些可贵的思想奠定了黄宗羲作为民主启蒙思想家的历史地位。
余姚城之南有大小雷峰山，山下有地名南雷里，人们习惯称南雷，这里是唐代谢遗尘归隐之地。康熙四年（1665），黄宗羲在此建续钞堂，复社领袖张溥曾有七录斋，录与钞同义，都是于读书上刻苦的意思。故而黄宗羲有多个集子以南雷命名。
文人也要治生，和孔子一样，他的身份也是学者兼教师。
康熙六年（1667），作为刘宗周的弟子，黄宗羲感慨绍兴证人书院的荒废，于是和很多同道一起，参与恢复的工作，可见此时他的身份已经从游侠转变为学人，并开始受到官方的认可。
有此环境，以黄宗羲的学问和声名，身边聚集一批青年才俊是理所当然的事情。
万泰是黄宗羲的莫逆之交，1657年他去世时候曾命诸子求学于黄宗羲，黄宗羲当然不会推辞，虽然当时的条件还不足以聚众，但是万氏兄弟已经自称“吾师姚江黄夫子”，大力赞扬其人、其学，1667年前后，也就是参与复建证人书院的同时间，黄宗羲的周围已经开始聚集起二十多位甬上才俊。
学生有了，还得有学校，黄宗羲于是在宁波创建甬上证人书院，名字与刘宗周的绍兴书院同名。同名，于黄宗羲仿佛是一种独特的纪念，比如《怪说》中他写“独坐雪交亭”，雪交亭是张肯堂的读书所在，有学者认为这里是虚说，如此看来也不尽然，说不定他在续钞堂或者化安山真的建有雪交亭。
黄宗羲要正本清源，传承刘宗周的哲学与伦理思想。他自己虽列宗周三大弟子之一，但过去实际上没有时间好好研究老师的著作，抗清失败以后才开始“大启蕺山书，深研默究”，发现老师不仅是忠清节义的道德楷模，学问更是“集宋以后诸儒之大成”。于证人书院讲学同时，他着手整理编写一批阐述蕺山学术精华的著作，如《子刘子学言》《子刘子行状》《证人会语》《圣学宗要》等等。
1676年以后，黄宗羲撰成《明儒学案》。这部六十二卷、近百万字的巨著，被近代梁启超誉为“中国之有学术史，自此始也”。全书立“崇仁”“白沙”“姚江”“泰州”“东林”“蕺山”等十七学案；每案之前先用一节文字介绍案主学术宗旨，然后是案主传略以述其平生学行，最后则是辑自案主文集、语录的学术资料，择精语详，体例严谨，自成一家。《明儒学案》是黄宗羲哲学思想的结晶，也是黄宗羲的史学著作，是他明经通史治学理念的具体实践。
黄宗羲对史学用功极深，而其所开创和代表的浙东学派，主要成就正在史学。
明亡以后，他就有意识地收集整理前朝史料，如有《行朝录》《弘光实录钞》《海外恸哭记》等，这些著作虽体例不一，但内容都大体围绕两个方面：一是存史，行朝抗清等是他亲历，对那些一起抗清的英烈同僚，他觉得自己作为“后死”者，有责任和义务使之声闻于后。另一方面是反思，黄宗羲的史学书写都集中在“当代”，所以有极强的现实性。史论结合，不虚美，不隐恶，这方面又与他的政治思想相表里。
1678年，清朝廷的诏令来了，请他出山修史，黄宗羲当然是拒绝的，他不想表现得太合作，六十八岁的年纪也不太允许过分的操劳。但是事情总是要做的，明史，这可是明史，机会不容错过。
黄宗羲可能一早就想好了折中的办法，那就是派自己年届不惑的弟子去，当然，以布衣的身份。他自己则在资料、体例等方面间接参与。万斯同入朝之时，黄宗羲赠诗“太平有策莫轻题”，提醒他专注史学，不问其他。万斯同确实以“布衣参史局”，不愿接受署名和俸禄，这与黄宗羲当年以布衣参加行朝是同一机杼。
他远离政治风波，有气节因素，更多的是要与政治保持距离，以保持学者的纯粹性。所以有人纯从气节角度评价黄宗羲的不合作，那是迂腐的，正是这种迂腐，才会导致当黄宗羲同意儿子、学生当官时，人们会认为他“小节可议”，这种境界与黄宗羲简直不啻天壤。遗民是不能遗传的，徐狷石说“吾辈不能永锢其子弟以世袭遗民”，儿孙自然要有儿孙的出路，从这一方面来说，黄宗羲较顾炎武、吕留良要开通得多。
黄宗羲的一生，经历了国破、逃亡，丧父、丧子、丧孙，一生都在失去，却一生都在抗争、都在创造。
1695年，这位八十五岁的老人，终于油尽灯枯，寂然离去。
他的遗嘱是：
吾死后，即于次日舁至圹中，殓以时服，一被一褥，安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹，巫觋旌幡纸钱一概不用。
儿子黄百家遵照他的遗愿，将他葬在化安山下的龙山东南麓，与黄尊素墓遥遥相对。
其墓毁于“文革”，二十世纪九十年代重建，他在《梨洲末命》中心心念念的荷花与梅林，终于又回到了他的身边。