4 羁 雁
初到北京，斯同开始协助监修官徐元文等，在草拟史稿的基础上对其进行审订、刊改、补充和通纂，实为《明史》“主编”。徐元文常常向斯同请教和商讨明朝史事，斯同以《明实录》为依据，以群书野史为参照，协助监修、总裁对史稿所引史料一一标明出处，“每一《志》《传》成，总裁必命注某事出某朝《实录》第几年，某事见某人传记第几卷，虽烦，不以为嫌”。
与江南温暖湿润的环境大不相同，在人地生疏的北方，到了冬天，朔风呼啸，雪狂草枯，斯同的思乡之情越发浓烈。他渐渐明白，自己不过是《明史》监修、总裁的高级助理，是一名无法决定“笔削”的编外“史官”，自己“成一代之史以报先朝”的雄心壮志已不可能实现。
让斯同意难平的，在于清政府对明朝历史的断限。南明福王、唐王、鲁王、桂王时期和无数忠臣义士可歌可泣的抗清事迹，在清朝统治者眼里，是不愿书之汗青的敏感现实。对于斯同那样亲身经历过南明历史的遗民来说，这是一段无法被抹去的血泪史，也是不能被割裂的大明历史的一部分。
在北京的第三年，斯同从市上买得一只受伤的孤雁，把它带回寓所精心喂养。许是这受伤的羁雁让他联想到自己的身世，数月过去，斯同在它伤愈之后将它放归天空。斯同感物伤情的孤旷心态，被时常联络的好友记录在诗：
孤雁不妄飞，哀鸣以彷徨。
……
岂不念江湖，道路阻且长。
鸡鹅非我群，谁与同翱翔？
得食阶除亦自驯，主人恩重感应深。
羽成仍放孤飞去，万里难忘霄汉心。
在官修史书制度的条条框框下，《明史》无法按照斯同的历史观和史学思想去裁决。他如同一只鸿雁，志在霄汉，却囿于新朝的牢笼之中。
康熙二十七年（1688），斯同和一起修史的好友黄百家因党争之纷南归故里躲避数月。正是在故乡之旅中，他看清了自己的使命，那是他生命得以蓬勃的活力，那是他在这个混沌的世界所渴求的活力。启程北上回京前，年近八十的黄宗羲深知自己生命所剩的时日已不多，为弟子悲壮送行，寥寥数字，却胜万语千言：
三叠湖头入帝畿，十年鸟背日光飞。
四方身价归明水，一代贤奸托布衣。
良夜剧谈红烛跋，名园晓色牡丹旗。
不知后会期何日，老泪纵横未肯稀。
成长的很大一部分是接受。接受分道扬镳，接受孤独挫败，接受世事无常。
宦海浮沉，在趋于白热化的激烈党争下，昆山“二徐”（徐乾学、徐元文）兄弟被弹劾利用修史结党营私、争利害民而解职回籍。徐乾学临走时一众亲信学者随他南下太湖东山修志。这些学者有的是政府聘请的史官，有的是昆山“二徐”私自请来的学者，他们都是斯同在北京朝夕相处的朋友。面对“伯乐”和好友的相继离京，斯同在碧山堂为他们置酒践行，诗文作别。他并没有顺理成章地选择对自己有利的道路，没有选择离家不远的太湖和老友相伴的修志生活，他将自己十年来的迷茫和苦涩一并吞下，带着对未来的决心继续留京修史，完成自己未竟的事业。他应新任监修官张玉书和诸总裁之请，从碧山堂移居江南会馆，开始了他修史生涯的最后一段旅程。他将自己彻底投入这个神圣的事业中去，如同飞蛾扑火一般。