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最怜拓落者，闲却圣明时。
回到家乡后，满腹经纶的祖望被弃于当时的社会主流之外。
“无日不聚首”的忘年交陈时夏曾在他北上时赠言，“期君得意后，重著未完书”。未有得意，但是“著书之志”还在。无官一身轻，正好有大把大把的时间继续著书立说、潜心学术，惬意自不待言。
在故居桓溪（沙港口村）有几间简陋的木结构楼房，他在楼下砌了一口柴火灶，添置了一些日常生活用品，打算随时来此小住。他在《桓溪旧宅碑文》中自诩“思为溪上田父，以充圣世之幸民”；他也以向来无远志自嘲，但实际上却从未一刻停止专心治学的脚步。
若说遗憾，是多年未见的双亲都已步入风烛残年，且饱受疾病之苦。从前，为了衣食，实现抱负，不得不远离。这次回归，想略尽朝夕之养的孝道。孰料，承欢膝下一年，老父病逝；次年十二月，慈母又卒；随后，一起中进士、受牵连同被“左迁出都”的舅父蒋试之作古；翌年，忘年交万经又归道山……深感世事无常的他，专注编纂著作以宽心绪。
五桂堂里到处是至亲家人的音容笑貌，为避免触景伤情，也为了恢复“双韭山房”书屋的辉煌，决定搬家至青石桥巷（也称青石街）的“适可轩”。他把六世祖太公全元立侍郎亲写的“双韭山房”牌匾擦拭干净，端挂于门梁上方，从旧宅搬来的书籍，分门别类，作记标签，登记造册，整整齐齐摆放于各层书架上。秩序井然，书香盈溢，“双韭山房”藏书室大功告成。含手抄本在内的书卷达五万册之多，其中以翰林院的皇家经史手抄本最为独特。
好友厉鹗曾谓：诗苦与俗违，文苦攻身窭。经历双亲缠绵病榻又相继离去，祖望的生活已是困顿至极。但饔飧不继之时，好学之志却弥坚，他从未放弃心中热爱，其经学、史才、词科三者兼得，著作日富。《宋元学案》的增补，《困学纪闻》的三笺，《续甬上耆旧诗集》的编纂，以及《鲒埼亭集》内外篇中为数众多的文章，《鲒埼亭诗集》中的大量诗篇和《勾馀土音》等著述，源源不断完成。
为益考旧闻，他奔波跋涉在所不辞。早在童岙讲学时，和同样致力于浙东史学研究的陈常先生闲聊，从陈先生无意的一个感慨中得知南明义士、曾任福建巡抚、因死守翁洲（今舟山）壮烈殉难的张肯堂遗骨可能埋在普陀的茶山上，他便按捺不住激动，安排好学生作业，独自一人就奔普陀山去了。他乘船渡海，海岛上茶山处处，要找一座古坟，无疑是大海捞针。逢人便问，见茶山就找，苦寻多日，无果。一天傍晚，筋疲力竭的他投宿一寺庙，仙风道骨的方丈接待了他。
海水呜咽，夜露浓重，方丈的讲述将祖望带回顺治八年（1651）张相国保驾南明鲁王、坐镇翁洲、清兵大举攻城的悲怆年月。而这方丈，竟然就是张肯堂孙儿张茂滋，由其部下应元将军浴血奋战保留下的一丝血脉。应元化身僧人隐在这茶山，将英雄血脉抚养长大，并将衣钵传授于他。这第一手资料，终使祖望为张肯堂写出《神道碑铭》，收入《鲒埼亭集》卷十。
祖望通过作诗、撰文和写墓志铭等方式，表达对爱国志士的无限敬仰。他一直有一个遗憾，就是对明末抗清领军人物史可法了解甚少。史可法的经历疑团重重：一是史可法血战扬州英勇就义，为何只有衣冠冢？二是史可法死后，安徽、浙江为何出现数个史可法举旗反清？三是安葬在衣冠冢旁的为何是钱氏烈女？
正是烟花三月下扬州的时节，祖望收到扬州好友马氏兄弟的书信邀请，他忙中偷闲欣然前往。但醉翁之意不在酒，他一心想到史公墓前祭祀一番，看能否搜集更多忠烈公的史料。史可法的衣冠冢就在扬州天宁门外梅花岭，一行三人祭祀完毕，却被树林里突然出现的一鹤发童颜老者挡住了去路。
来者不是别人，正是为史督相守墓尽孝的义子史威德第四代孙。顺治二年（1645）四月，豫亲王多铎将扬州城围困，镇守的明朝督帅兼宰相史可法奋力抵抗，死守城池。在前无救兵后无粮草的颓势下，收副将史威德为义子，并托付后事：“城在我在，城破我亡。”二十四日晚，城门被攻破，史可法被捕，多铎以先生相称，许以高官厚禄劝其投降。史可法大骂不止，多铎恼羞成怒，将他残忍杀害，并下令屠城十日，春和景明的扬州城瞬间成人间炼狱，尸横遍地，血流成河。
第十二天，突围逃生的史威德潜回城中，想收殓安葬史可法，却不见遗体踪影。次年，取史可法长袍、朝靴等物安葬在梅花岭，建了衣冠冢，以寄哀思。当时此地还有一座烈女钱氏之墓。钱氏原籍镇江，那年正好客居扬州，清兵攻城后，她服毒、跳楼、投水、自刎不死，最后上吊而亡。
扬州城破时，有人说史督相未死。后来长江两岸抗清义军四起，有人打着史可法的旗号，号召义军反清复明。后一义军首领被捕，叫史氏家族男女前去辨认。内中有位督相的八弟媳妇容貌出众，清军将领意欲娶她为妻，八弟媳宁死不从，自尽于清兵营中。
心中的疑团一一有了答案，而沉浸在回忆中的老人早已泪洒衣襟。回家后，祖望夜不能寐，挥笔疾书，既表彰史可法忠烈，又颂扬钱氏烈女和八弟媳节烈的《梅花岭记》诞生，作为明清之际颂扬抗清义士的代表作，代代学子至今铭诵。
也是在寻访途中，祖望喜欢上鲒埼亭这个地方。《汉书》有“古鄞地，鲒埼山，设鲒埼亭”的记载。鲒埼亭（现奉化莼湖一带）曾经是抗清英雄张苍水的根据地，这里不仅有张苍水英勇战斗的许多遗迹，也有朱裕太公抗争权贵的故事。听老人介绍，才知“鲒”是海洋中的一种小动物，长约一寸，宽约两分，形如河蚌，是稀有的海鲜精品。而“埼”则形容海岸的曲折。祖望鲒埼亭一行，不仅听了故事，吃了鲜香美味，还感受了民风气节，回来一锤定音，将呕心沥血之作命名为《鲒埼亭集》，还自署鲒埼亭长。足见，这海洋中稀有而顽强的小精灵深深触动了他的心。
男儿膝下有黄金，但跪求书稿又何妨。他听闻明末有一学者顾道复，随朝廷南迁，曾搜集许多宝贵文献，特别是史可法、张苍水、钱肃乐等抗清志士的英雄事迹多有记录，原拟出版一册文集，因猝然离世，只遗下残稿于后人。
得如此线索，他又激动了。几经周折找到顾家，彼时顾家已凋零，尚有一后人顾正清和年迈老母相依为命，但顾正清吃喝嫖赌游手好闲。祖望说明来意，顾母十分淡漠。忧心残稿落入遗失境地，心急如焚的他竟猛地跪在顾母面前苦苦恳求。老人松口了：“书稿在儿子房中，等他回来，送去你家。”
回家没几日已是除夕，顾正清背着书稿来了，开门见山要以四两银子换先父遗物。祖望一家连中饭都尚无着落，又哪来银子购买书稿？他作揖赔礼，信誓旦旦表示：“一月之后定当悉数奉上。”顾家痞子怎肯：“你这人倒聪明，书放在你处抄好还我，世上哪有这样便宜之事？”背起书稿要走，这时，杭州一位好友正担心祖望年关窘迫，送来一封书信、四两银子。祖望大喜过望，转身将银子交给顾正清，手捧书稿乐得大喊：“天助我也！”他不顾饥肠辘辘细细翻阅起来，书中自有千钟粟也。
这个在康乾盛世被闲却的拓落进士，在尔虞我诈的朝堂之外，以其在学术史的梳理和古籍校注上的卓越成就，和对乡邦文献、抗清史事的搜集研究方面的开山之功，以其卓然史识和斐然文采兀立于清代史学大家之列；以其融思想家的睿智、史学家的深刻和文学家的才情于一体的治学特色享誉儒林文坛。梁启超说：“若问我对古今人文集最喜读某家，我必举《鲒埼亭集》为第一部。”