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乾隆十三年（1748）春天，绍兴知府杜补堂邀请祖望出任绍兴蕺山书院山长（主管教学的教务主任），祖望从家里的经济状况考虑，开心赴任。
与大好心情相左，出师却不利。好在经过磨合，他的渊博知识、深刻讲解，让学生敬佩不已。名声传开，书院学子爆增至五百多人，这等好事，却遭原山长方先生的忌恨。靠堂兄浙江巡抚方观承当上山长的他才疏学浅，伺机寻找祖望的错处。某次课堂，祖望向学生讲述岳飞、文天祥等英雄事迹，也竭力赞扬了史可法、张苍水、钱肃乐等抗清爱国志士——这下，可让他抓着小辫子了。
原山长以祖望公开宣扬反清复明言论，火速密报给浙江巡抚。好友杜知府一知情，赶来提醒。但祖望义正词严予以反驳，两人针锋相对，各抒己见，互不相让。最后，杜知府以权压人，祖望气愤不过而辞职回家。
这愣头愤青，时年早已四十有四。从小身体羸弱，一生清贫困顿伴随，为著书、为立说、为衣食，忙碌奔波。时有友人相助，才不至于饥寒交迫。他为求书稿，为赎回被窃珍本，毫不吝啬散去钱财。五年前喜得麟儿昭德，赚钱养家怎么说都是第一要紧事儿。
但是，遇上这种丁卯之争，他绝不含糊。要为五斗米折腰吗？不存在的！
学子们见不到山长，得知真相后要求院长将他请回来。院长求到知府处，知府求到宁波道台，没用。后来，公推蔡绍基等十余位学生代表，直赴宁波。正值中饭辰光，只见先生一碗薄粥就着几根咸齑，家中一贫如洗。此情此景，学生们颇有雪中送炭之豪迈，急忙拿出一千两银子，请先生重返书院。
“我之所以不去，是为官者非礼，要我和他们同流合污，是万万办不到的。”蔡绍基忙说：“这些银两是五百名学生所凑，与书院、府衙无关。”祖望毫不动心。他看着远道而来手足无措的学子，心软了，留下学生作业，承诺会逐一修改。学生们想趁机留下一些银子当作酬金，他暴跳如雷：这是侮辱我！
祖望用了三个月把这些作业逐字逐句进行批改，并写了评语。这百余篇文章，后来结集刻印。许多学子感念先生高义，常来书信问候，表达敬仰之情。
祖望痴迷的，仍然是研究学问。
常年伏案，困苦操劳，营养跟不上，四十六岁的他已是百病缠身。正月初，舌头无故出血，夜间失眠益发严重，吃不下东西。曹氏求医问药，二月中旬稍有所好转，他便带着煎药罐入杭，依然在依山傍水、环境清雅的篁庵租了静室当书房，开始第五次校注《水经注》。湖州的沈炳震、沈炳巽兄弟接力三十余年完成的《水经注》稿本悉数交由他参考，这份沉甸甸的托付使祖望不敢有丝毫懈怠。带病校注的他，一只眼睛染上眼疾，到下午就视力模糊。他充分利用上午可视时间书写，下午闭目，在脑海反复推敲注本细节。初夏五月，五校本完稿。
改善生活的机会，不止一次出现。父母去世后的第三年，吏部行书到宁波知府衙门，叫祖望赴京候选，这是复出为官的大好机会。但是，经过全盘考虑毅然离京的他，早已绝意仕途。他以连失双亲尚在丁忧期予以拒绝。妻不解，祖望算了道数学题：丁忧期二十七个月，但我父母双亡，得叠加才是。其实这是曹氏求父亲春台学士暗中托人求得的良机，祖望不知，弃之如敝履。
曹氏委屈，质问他：常叫我一个妇道人家担忧家里柴米油盐，你可曾愧疚过？祖望忙致歉：以后再有机会，一定牢牢抓住。
但“打脸”的事很快到来。次年春三月，乾隆皇帝南巡。按制，皇帝所到之处，各地品级官员（含候补官员）都要接驾请安，听从派遣。各路官员视之为飞黄腾达的大好时机，不惜金银不择手段也要创造机缘接近皇上。
但有一个人注定是另类。他也接到了浙江督抚通知，前往苏州候驾。他叫苦不迭，可皇命难违，硬着头皮起程了。
随驾南巡的户部侍郎梁芗林，是祖望钱塘诗社旧友，两人交情甚笃。他提前来信，告知祖望设法疏通下皇帝身边的近侍太监，再加他从旁美言，能见皇帝一面，那么就复职有望了。但见信的祖望淡然一笑，没当回事，也没复信。
圣驾抵达苏州数日，梁侍郎见毫无动静，以为祖望家境贫寒没有活动经费，就凑了三百两银子急匆匆派人送来。祖望退了银两并告知好友：行贿拍马就算了，为官亦不再有兴趣，著述史学、教书育人才是自己人生所求。
祖望的清高气节，好友唯有钦佩。此事他自然不会告诉曹氏。接驾结束，一无所获的他沿途拜会朋友，意气风发。复职之事，压根就没放在心上，也就无所谓得与失了。
他在学问上的光芒，真是藏也藏不住。乾隆十七年（1752），广州巡抚苏昌派人送来书信，邀请他出任天章书院（又名端溪书院）山长。待遇相当优厚，工资、路费、餐补及节假日红包，年薪逾纹银七百两。正犹豫之际，杭州好友杭世骏也受聘为广州粤秀书院山长，正好结伴同行。
释奠礼上，一场精彩的开学致辞，开启了他在端溪书院学问研究与育人讲学孜孜不倦之旅。积劳成疾引发旧患，但他不敢有所懈怠，每天与时间赛跑，学生成绩、学院口碑显著提高，可他的健康却每况愈下。
书房的窗前，有一株木兰花，浇水、凝眸，他钟爱有加亲如眷属。几天前花蕾已现，这给病痛中的身心添了几分明媚。谁知好景不长，花蕾纷纷枯萎，枝叶也相继枯黄，几分明媚也随即消逝。
或许是长期病痛折磨，心力交瘁；抑或春天本来就忽明忽暗，料峭生寒。在一株枯黄的木兰树下，他卸下强韧的铠甲，两滴热泪从腮帮滚落。
病情越来越重，他太累了，为了不影响学生学业，决定辞职。当地官员，大到粤省大吏，小到县令，纷纷挽留。学生们含泪劝说，心软的他又留了下来。数月后，杭世骏带着苏巡抚的好意来看他。苏大人考虑到他的健康状况和经济处境，向吏部申请了一个轻松又高薪的职位，让他退出繁重的教学事务。但祖望想到的是，自己离开官场已整整十八年，一把年纪再涉及，岂不玷污一生清白。
清高孤傲，固守清贫一生，他是爱惜自己羽毛之人。七月，任职山长十四个月的他，身负重病，依依不舍离开了端溪书院。
回家陪在妻儿身边，听着昭德一声声稚嫩的叫唤，精神也好了不少。乾隆十九年（1754）三月，扬州马氏兄弟来信相邀过府疗养，说为他重金聘请了名医。他住在畲经堂，忙于《宋元学案》的增补，也完成了《水经注》的七校稿。长期负重的身体时好时坏，春节前夕，祖望告别挚友回家过年，可是昭德却病了。
昭德，小名韭儿，十三虚岁。年前开始的咳嗽总不见好，到立夏前两天，一个娇小的生命在清晨里悄无声息地离去。崩溃铺天盖地，他艰难起身含泪写成《埋韭儿铭》一篇、《哭子诗》十首，一个父亲的伤心和绝望，成为泣血绝笔之作。
从此暗无天日，缠绵病榻的祖望迷糊时多，清醒渐少。自知时日无多，必须要在清醒之际抓紧整理文稿。他把学生董秉纯、张炳、卢镐、蒋学镛等叫到跟前，嘱托要事，并请他们抓紧誊抄书籍，自己躺在床上解答疑问。没有精力阅读，就让董秉纯朗读，听到不妥的，用手示意纠正。为免“贻误后学”，把1741年以前的诗稿全部销毁，之后的诗稿留下十分之六，编为十卷。《天一阁藏书记》等一大箩筐来不及处理的书稿，送给了在场学生。而所抄《鲒埼亭集》五十卷，则托人送到扬州马氏兄弟的藏书楼。
他几乎拼尽毕生之力，在门下代写的书信末署上笔画游走的名字，连同自己的讣告封缄，急送扬州。最怜拓落者的心头可曾闪过什么念？七月初二寅时，终撒手人寰，被“闲却”的人生，定格在第五十个年轮处。
主理后事的董秉纯东拼西借的银两勉强够付清药费，不得已，藏书换钱安葬成为最后一根稻草。天气炎热，灵柩草草出殡。“布衣太史”短暂一生，仓促收场。
卒不能葬的情形，何等悲凉，他恐早已预见。
今月湖烟屿楼畔，矗立着一尊青铜浇筑高达2.5米的全祖望雕塑，正前方座下“史学大柱”四个字金光闪闪。历史的风雨掀起长衫衣袂飘扬在后，先生神情自若手握书卷，目视前方。一旁的香樟树粗壮挺拔，高耸入云，遗下大片大片的荫凉。
与宋代王应麟齐名的甬上大儒，“班（班固）马（司马迁）之后第一人”，继黄宗羲、万斯同之后浙东学派承上启下的代表性人物，著述不朽，泽被千秋……我在荫绿下默念仰望。向上生长的枝丫，密密麻麻覆满青苔。这微小的身躯，借香樟的经纬蔓延至清风朗月的高处，又自成磅礴。清代袁枚有言，苔花如米小，也学牡丹开。这一个瞬间，先生的铮铮风骨犹如苔花，历经沧桑岁月，倾泻而来。