光绪二十二年丙申（1896年）四十九岁
正月初四日 张之洞奏称：“今黄遵宪议办江苏教案，深悉外洋情状法律，操纵兼施，准驳中肯，尚为顺手。法总领事似颇多就范之处。若另委他员，断不能比妥惬。”并进而请“准将黄遵宪由臣调往湖北差委，并仍办理南洋五省教案。上海有事，仍可随时派令回江”。“如此办法，似于湖北荆、汉、宜三处通商事物及江南五省教案均有裨益。”光绪帝“着照所请”。
正月 李鸿章任致贺俄皇加冕头等专使大臣，兼聘问德法英美诸国，遵宪于上海谒之。李称“连络西洋，牵制东洋，是此行要策”。
二月十三日 刘坤一电奏，“该到既定位法领事信服，在沪与议，当易就范。且苏、浙、鄂、川四口通商，曾商总署，拟均在沪由该道与商”。请准将该道暂留两江，俟各事大致商定，鄂有安事，再令往来其间。二月二十四日，光绪帝谕军机大臣等，“电寄刘坤一，道员黄遵宪着暂留江苏，办理教案、商务各事宜”。黄遵宪留在苏州，刘坤一以全权委其与日本总领事开议苏州开埠通商之事。
三月至五月间 与日本驻沪领事交涉苏州开埠事宜，奔走江宁、苏州、上海间，一月三往来。所拟苏州商埠章程六条，其要旨：允许日商租赁用地；道路许其不纳地租；租赁期为十年；租地内杂居华人，归我管理；道路公地，归我自筑。遵宪称此为“施政之权在华官，管业之权在华民”。“收回本国辖地之权，不蹈各租界流弊，抚衷自问，差幸无负。”刘坤一认为该章程条款“委曲从权，仍操纵在我”，不蹈各处租界流弊。总理衙门以为用意微妙，深合机宜，允以照行。有官员密奏称苏州开埠所议极善，请饬川督一律照行。谕旨依议。
苏州开埠六条也引来外间诟病。前驻日本箱根副领事刘庆汾致电张之洞批评六条章程。张之洞致电江苏巡抚赵舒翘和黄遵宪，要求黄遵宪修改。遵宪认为张“不考本末，横生议论，殊为可惜”。而日方对六条“竟全行废弃”，遵宪慨叹：“国势孱弱至此，念之实为寒心。中国士夫
于时势，真不啻十重云雾。”慨叹“自来办事人多，成事人少；论事人多，解事人少”。“国势如此，空言何补。”
三月，始召梁启超，并约与汪康年、吴季清、邹凌瀚在上海商议创办时务报馆事宜。五月，与朱之榛书，商社时务报馆，“藉此大声疾呼，为发聋振聩之助”，函告盛宣怀，与一二同志创办报馆，“欲以裒集通人论说，记述各省新政，广译西报，周知时事”，以“转移风气”。遵宪自捐金一千元为开办费，并向友人进行募捐。
七月初一日 《时务报》出版。汪康年为经理，梁启超主笔政，每旬一册，每册二十余页，分论著、恭录谕旨、奏折录要、京外近事、域外报译、西电照译等栏。遵宪称赞梁启超“年甫廿二岁，博识通才，并世无两”。
“约是时，上某星使书论外交官尽能办事者，谓大抵有挪展之法，如一事期效八成，则先以九成十成出之，以期退步；有渐摩之法，如既切尔复磋，既琢而复磨，以求精到，如得寸则一寸，得尺则一尺，以期渐进是也；有抵制之法，如此时不便于我，则兼及他事不变于彼者藉以牵制，如甲事有益于彼，则别寻乙事有益于我者以索其酬报是也。又谓于固执己见，则诿以彼国未明我意，与争执己权，则托与我国愿同协办；与要求己利，则谬谓两国均有利益，不斥彼之说为无理，而指为难行；不以我之说为必行，而请其酌度；不以彼不悦不怿，而阻而不行；言语有时而互驳，而词气终不愤激；词色有时而受拒，而请谒终不惮烦；议论有时而改易，而主意终不游移。将之以诚恳，济之以坚贞，守之以含忍。”
七月二十五日 函告陈三立，五省教案已一律清结，即于二十一日回宁销差，即请咨北上办引见，到天津留住。表示“奔走半年，举呕尽心血之六条善章，彼族概行翻案，实可痛惜。此半年中差自慰者，《时务报》耳”。
八月十日 遵宪闻津海关道有职位，总署仍饬遵宪一手经理苏州商务，“遂变销差而为请假，不复须咨文”，于八月十日登“海晏”号北上，十五日到天津，等待晋京引见。
八月 李鸿章使俄回国，签订中俄密约，语遵宪：“二十年无事，总可得也。”
十月十二日 赴京师，十三日光绪帝下旨预备召见，十六日召见，十九日以四品卿衔命为驻德国公使。二十一日再次召见。召见时，光绪帝问：“泰西政治何以胜中国？”奏：“泰西之强，悉由变法。臣在伦敦，闻父老言，百年以前，尚不如中华。”光绪帝“出甚惊讶，旋笑颔之”。
十月 总理衙门以遵宪为出使英国大臣，中国海关总税务司英司人赫德，以遵宪任新加坡总领事时，坚持检查外国运军械船只，与赫德抗争，因中以蜚语，使不得行。
十月十九日 以道员四品卿衔出使德国大臣，时德国正谋占胶州，恐遵宪来折其机牙，故以官阶小为辞而拒受之。
十二月二十九日 电告张之洞谓：“此次来京，召见两次，上垂意甚殷，廿五召见张侍郎，连称‘好，好’。惟国事过弱，终虑不堪驱策，孤负圣恩耳。”
十月初 梁启超为《日本国志》撰后序。