光绪二十四年戊戌（1898年）五十一岁
正月二十三日 翁同龢日记记，光绪帝向他“索黄遵宪《日本国志》臣对未洽，颇致诘难”。遵宪记：二月，光绪帝“命枢臣进《日本国志》。继再索一部”。
二月 致王秉恩函告以“弟仍署臬篆，兼及保卫局、迁善所、课吏馆及学会、学堂各事，殊觉日不暇给”。
二月 仿泰西警察局之法，参《周官》、《管子》之法，筹设保卫局，拟订《湖南保卫局章程》四十余条，先行公布。其“意在官民合办，使诸绅议事而官为行事”。二月九日，奉湘抚陈宝箴之札，将保甲团防局裁撤，改办保卫局，并被委任为总办。三月，又公布《保卫局增改章程》。保卫局拟分三十局，统城内外以三万户计，每局约辖一千户，每二百户即举一户长，每千户共举五户长，以该处居民，商店充其选。遇事即邀集合户长议事，绅士到局公议，照章程而行。
依附保卫局而行者，还有迁善所五所，拟订《湖南迁善所章程》三十四条，二月下旬刊发。迁善所归保卫局管辖，迁善所一切事务，均归保卫局总办稽查管理，迁善所所容留失业人和犯人，皆延聘工匠，教令工作，俾有以养生，不再犯法 。
设立课吏馆，欲使候补各员讲求居官事理，研习吏治刑名诸书。二月，呈复《会筹课吏馆详文》奉湘抚陈宝箴札，总理课吏馆一切事务。三月，拟订并公布《改定湖南课吏馆章程》三十六条。
二月 发表在南学会第一、第二次讲义，题为《论政体公私人必自任其事》。“讲义”意在“启民智、倡民治”，“去郡县专政之弊”。“由一府一县推之一省，由一省推之天下，可以追共和之郅治，臻大同之盛轨”。
三月 回长宝盐法道本任。
闰三月 刊发《禁止缠足告示》，胪举女性缠足危害曰：“废天理、伤人伦、削人权、害家事、损生命、败风俗、戕种族。期望不缠足一事家喻户晓，早除一日，即早脱一日之厄，以存天理，以敦人伦，以保人权，以修家事，以全生命，以厚风俗，以葆种族。”任盐法长宝道、署理湖南按察使期间，重视清理积案、治理刑监，甄别一批错案，惩处一些办案错误的官员。四月公布《通饬各州县札》，规定管狱十五条，以资同僚遵照执行，“勿再玩忽因循，狃于积习，致干严谴”。
闰三月三日，湖广总督张之洞内召。四月，遵宪电贺，并称“此事关系中国安危”。十二日，张电问遵宪，“尊有何救时良策”？十六日，黄遵宪电复：“至今日已明明成瓜分之局。俄、法、德皆利在分我土地，惟英以商务广博，倭以地势毗连，均利我之存，不利我之亡。故中国是必以联络英、倭为第一要义。”“欲破瓜分之局，必须令中国境内断不再许某国以某事独专其利、独擅其权而后分可。”“故必须设法预图，守我政权，将一切利益公分于众人而后可”，许各国入我内地筑路、开矿、通商、传教。“国势既定，乃能变法，以图自强。变法以开民智者为先”，广设报馆，博译日本新书，各省设学堂，开学会。“先务之急，尤在罢科举，废时文。”
闰三月二十日 梁鼎芬致电遵宪，谓“兄欲挟湘人以行康学”，“国危若此，祈兄上念国恩，下恤人言，勿从邪教，勿昌邪说，如不改，弟不复言”。
闰三月二十一日 张之洞电陈宝箴，以《湘学报》及《湘报》时有偏谬，亟宜谕导阻止，尤切嘱黄遵宪随时留心救正。
四月二十三日 诏定国是，光绪帝决意变法。
四月二十五日 徐致靖奏保通达时务人才有黄遵宪及康有为、谭嗣同、张元济、梁启超。
四月二十六日 光绪帝谕：湖南长宝盐法道黄遵宪着该督抚送部引见。
四月 《日本杂事诗》长沙富文堂重刊本，自跋云为第九次刊印，“此乃定稿，有续刻者，当依此为据”。
五月 湖南岳麓书院山长王先谦据书院学生宾客凤阳等上书，指斥黄遵宪有“主张民权之说”；徐仁铸来后，“多推崇康学”；康有为弟子梁启超“大畅师说”，湘省民心“顿为一变”，于二十二日，向巡抚砸门递交“湘绅公呈”，攻击黄遵宪等，并联名函告京中湖南同乡官，谓陈宝箴紊乱旧章，不守祖宗成法。湘籍京官徐树铭揭参，为光绪帝申斥。
六月二十三日 奉命以三品京堂充出使日本大臣。三诏敦促。二十四日电催黄遵宪来京，“现在计已启程，无论行抵何处，着张之洞、陈宝箴催令趱程速来见”。二十七日，黄遵宪致电张之洞，告以“职道以感冒故未启程，月初稍愈即行”。七月八日，电张之洞，“宪初七交印，即日启程”。十日，总署电催“希速即来京请训，赶八月杪到未，勿迟为要”。十一日，总署又催黄遵宪迅速来京，限于八月内驰赴日本接任，毋得稽延。
七月六日 与吴德潇联名发表《创办时务报总董告白》。
七月二十八日 电张之洞，告以二十三日到沪。“宪病到沪小变，医院言因积疾成肺炎，必须调养。现在赶紧调理，焦急万状。”
七月 奉旨将上海《时务报》改为官报，派康有为督办。汪康年将《时务报》停办，改办《昌言报》。康有为电刘坤一，称汪抗旨不交，“着黄遵宪道经上海时，查明原委，秉公核议电奏。毋任彼此各执意见，致旷报务”。二十八日，黄遵宪致电张之洞，申述《时务报》创办原委，“总之，此事系将公报改做官报，非将汪报改做康报也”。
八月 六日，北京发生政变，慈禧太后下令训政。十三日，杀谭嗣同等六君子。二十一日，黄遵宪因病，请刘坤一“奏请开差”。当日上谕“出使日本国大臣黄遵宪因病开普差使”，改派李盛铎充任。二十二日致张之洞电告以“宪日内即回籍调理”。时，有奏称康有为、梁启超尚藏匿遵宪处，实属藏匿日本使而误传，慈禧太后密电两江总督查看。二十四日，上海道蔡钧派兵二百围守。围守之兵。捧枪鹄立，若临大敌。英日表示若处理不公，将约同干涉。二十五夜，得总署报，康有为未匿黄处。二十六日夜，乃得旨放归原籍梅州。
九月一日 自上海启程，有《九月朔日启程由上海归舟中作》及《到家》诗。
是年 浙江官书局翻印《日本国志》，为第二版；上海图书集成印书局出版铅印本，是为第三版。