灵活的传法方式
禅宗，特别是南宗，在传播过程中形成一套独特的传法方式。从道信、弘忍至慧能，面向僧众或僧俗大众公开说法，如《六祖坛经》、《坛语》、《历代法宝记》等所反映的那样，禅师登台（坛、高座）带领众人发心，忏悔，传授佛法等等，是一种最常见的传法方式。这种传法方式，后来被称为“开法”、“普说”。除此之外，禅师对弟子分别进行教导，根据每人的不同情况予以启发开导，如同《六祖坛经》后面所载慧能对志诚、法达、智常、神会等人分别教诲那样，此即禅宗史书上的所谓“机缘问答”。从整体上看，南宗从慧能到他的弟子神会、怀让、行思、慧忠等二代，主要是用正面的说法和引导来传授禅法，然而到马祖、石头等第三代之后，采取暗示、反诘语句、动作乃至棒喝的方式传授禅法和接引弟子的现象逐渐增多。
马祖除有上堂示众的普说之外，对众多弟子采取灵活多样的教诲引导方法。这里仅介绍几种：
暗示。庞蕴居士“参问马祖：不与万法为侣者是什么人？祖云：待汝一口吸尽西江水，即向汝道。居士言下顿领玄要。”（《景德传灯录》卷八〈庞居士传〉）暗示“佛”是不能用语言正面表述的。
隐喻。“百丈问：如何是佛法旨趣？师云：正是汝放身命处。”（同上卷六〈马祖传〉）借用安身立命之处比喻佛法深旨，启示怀海自己体会。
反诘语。“僧问：如何是西来意？师云：即今是什么意？”（《景德传灯录》卷六〈马祖传〉）“西来意”即达摩祖师来华的用意（目的）。这是禅僧参问常用的话题。马祖用反诘语表示对此无法用语言确切回答，让他自己省悟。
动作。庞居士“问祖曰：不昧本来人，请师高着眼。祖直下觑。士曰：一等没弦琴，惟师弹得妙。祖直上觑。士礼拜，祖归方丈。士随后曰：适来弄巧成拙。”（唐于颇《庞居士语录》卷一）大概马祖对庞居士自认为已悟本来面目没表认可，未“高着眼”；而对于说自己善弹无弦之琴表示默许，故将眼上视。水老和尚初参问马祖：“如何是西来的的意？”被马祖一脚“当胸踏倒”。当下“大悟，起来抚掌，呵呵大笑。云：大奇，百千三昧，无量妙义，只向一毛头上，便识得根原去”。（《景德传灯录》卷八〈水老和尚传〉）此外，打手势，走动，礼拜，竖起或放下拂子，画图形，摆弄物件等，都可以用来传递信息，表示禅旨、悟境。
喝，即大声喊叫。百丈怀海“谓众曰：佛法不是小事，老僧昔再蒙马大师一喝，直得三日耳聋眼黑。”（《景德传灯录》卷六〈怀海传〉）
打。“僧问：如何是西来意？师便打，乃云：我若不打汝，诸方笑我也。”（《景德传灯录·马祖传》）打人有时用木棒。赵州从谂是普愿弟子，一日问：“道非物外，物外非道，如何是物外道？”普愿拿棒便打，“赵州捉住棒云：已后莫错打人去。”（《景德传灯录》卷八〈普愿传〉）棒打与喝合称为“棒喝”。[14]
上述方法本来是取自现实的日常生活，禅宗将这些做法用到师徒之间传授禅法，传递某种信息，彼此交流参禅心得和悟境，充实了以正面言教为主的传统佛教的传授模式和交流方式，从而使禅宗丛林生活带有一种吸引世人注意的粗犷气息和朝气。然而，后来由于一些禅僧离开禅宗的本来宗旨，片面强调不用语言文字，盛行模仿乃至效颦的形式主义，动辄棒喝交驰，拳脚相加，致使禅风日渐庸俗和败落。
马祖在贞元四年（788）二月去世，年80岁。生前选择建昌西南的石门山（后称宝峰山，在今江西靖安县）作为自己的葬地。在洪州刺史李兼的支援下，由弟子和信徒将马祖遗体送到此地火化，建塔。此地后建泐潭寺。国子祭酒包佶撰写碑文，太常博士权德舆（759—818）撰塔铭。权德舆在“安史之乱”期间随父权皋徙居洪州避难，贞元初年（780）曾在李兼门下担任判官。（《旧唐书》卷一四八〈权德舆传〉）唐宪宗元和（806—820）年间追谥马祖以“大寂禅师”之号，赐塔额曰“大庄严”。
马祖的禅系称洪州宗。《祖堂集》卷十四〈马祖传〉说马祖“亲承弟子总八十八人出现于世，及隐道者莫知其数”；“说法住世四十余年，玄徒千有余众”。按照这种说法，马祖正式聚徒传法的时间应在进入天宝（742—755）年间以后。《景德传灯录·马祖传》说马祖的“入室弟子一百三十九人，各为一方宗主，转化无穷”。著名弟子有怀海、智藏、普愿、慧海、镐英、志贤、怀恽、大义、惟宽、道通、隐峰、齐峰等。在《道一禅师塔铭》中也将后来被作为石头希迁嗣法弟子之一的道悟列为马祖的弟子。在居士中以庞蕴（庞居士）最有名。
马祖法系传承世系