“三仓”是“贮粮备荒”的基础
吕坤提出了修建“三仓”的建议。三仓指“两利仓”“乡会仓”“自救仓”。“两利仓”由官方出钱修建，谷物也由官方购买。“遇谷贱之年，尽数籴买。每年春散，分为三等。极贫平借，至秋抵斗还仓。次贫息借，至秋加二还仓。稍贫赊借，以春放之值，收秋成之谷。其三借多寡之数，悉令乡甲长保催，以防逋负。其仓分立于乡村远近之间，以便出纳。不五年而粟倍，倍则以额粟还官仓，以倍粟为社本。凶则当年缓三借之征，大凶则极贫免还，寡妇孤儿之贫者免还，流移者免还，息借、赊借者待丰而还。”[3]“两利仓”一利百姓安全度荒，二利朝廷战备贮粮。它的修建和运行可督促官员为百姓做事，为官员救助百姓提供“平台”。分发贮粮时，依据贫困的差异对百姓的救助方式不同，对极贫者救助的力度大。各地分散设立，以方便救济。依不同年景谷物收成的差异，详述了不同的救济方式，特别强调建仓的主要目的是应对“凶年”和“大凶年”的可能到来。
“乡会仓”修建的资金由民间筹集，谷物的钱由大家出资。“救命会钱，一月两会，谷量其力，多者一会钱百或五十，以次差减，极贫者钱一十，立为薄，以约中殷实者掌之，不许放借以起争端。须谷贱之年尽数籴买，露囤一处，不必敛散，以防侵冒。至大凶之年，誓神报官，照本分给，各救身家。好义之人不愿分领者，官给旌奖。”[4]“乡会仓”是民间集体备荒的一种方式。为鼓励积粮，制定了“多积多领”的方式，积粮和分粮由官府直接掌控。入粮者能够分到的粮如果愿意献给他人，官府要奖赏。该仓的修建和运行鼓励绅士为大众备荒，督促富人为穷人备荒。
吕坤建议，除特别贫困的家庭都要建“自救仓”。“中人以上之产，每岁所入，分为四项。先计粮差之用几何，次计凶荒之被几何，次计衣食之资几何，次计应酬之费几何。岁有余，则增凶荒之备。岁不足，则省应酬之费。甚者，宁减衣食之资，而凶荒之备勿减分毫。盖一日一食，犹不至死。十日无食，必不可生。此民间第一要务。乡约报其数目，邻佑稽其虚实。积多者另加优奖，浪费者罚谷入官。”[5]“自救仓”是自我备荒，减少奢侈浪费的一种办法。吕坤要求每户贮粮情况要如实报备官方，邻佑负责核实报数的虚实情况，官方对“积多者”和“浪费者”要奖罚分明。
吕坤修建“三仓”的建议，得到了朝廷的认可。万历四十年（1612），户部官员官应震曾说备荒之事，建议让整个王朝推广吕坤的“三仓”建设方案。
官府筹建“两利仓”，拨银收购丰年粮。
绅士捐粮“乡会仓”，带动大众早备荒。
家家修建“自救仓”，乐岁节粮凶年享。
吕坤主张建“三仓”，户部奏请天下仿。
建仓贮粮，仓官职责重要，丰年贮积，百姓荒年有粮。吕坤对修建仓库、保管粮食事宜所提的建议细致入微。修建仓库要选在地势较高且干燥通风的地方，地基要砖石修筑。他强调：“谷积在仓，第一怕地湿房漏，第二怕雀入鼠穿。”因为雀鼠“既耗我谷，又遗之粪”“仓中之地，务使干燥，上防雨湿，下防水浸。晾窗常要透风，又要编竹小孔，以防雀入。墙壁常要坚塞，又要铺板糯灰，以防鼠盗”[6]。“谷忌湿”，所以要找干燥的地方。在窗户上用“竹篾”遮挡，防鸟雀进入。砖与砖之间用糯米、石灰浆黏合，凝固后很结实，以防老鼠进入。“近仓不可作秽恶，近仓内不可畜鸡猪。”[7]鸡猪的粪便给粮食掺杂异味。因此，粮仓周围要维持一个好的环境，确保粮食的安全贮存。
粮食要常翻动、吹晾。没有亲身体验，吕坤是不会提出以下建议的。建粮仓时，“每一廒五间，俱以板断隔。五间自西而东，常空闲一隔。每于湿盛之月倒廒一遍，将东第四隔量入第五隔，以次递量，空第一隔，量完报数。及至明年，又自西第二隔量入西第一隔，以次渐而东，量完报数，又空东第五隔”。[8]如此整体挪动谷物的位置，如发现潮湿可及时吹晾。
仓官责任重，放谷催收难。选择仓官人选，需要特别慎重。能胜任者既需责任心，还需品德好。吕坤言：“为仓官者，收时要极干极净，量时要极早极平。”“盛暑连阴之月，禀讨官钥，将谷翻上倒下，务使熏蒸湿热之气得以宣泄。每岁如此三翻，米谷自不红腐。至出放之时，升合不欠。出纳之数，册籍要明。”[9]仓官收粮时要观察仔细，收购的粮食干净。勤于检查，随时排除隐患，一年之内保持谷物的干燥。发放谷物公平合理，发放数量如实入册。“凡本官经手仓库，务令催完，缴取实收，查盘明白，方许离任。不，则虽行取亦须留催。”[10]发放的谷物一些需要按时缴回，对此仓官要负责。每一任仓官职责需明确，对经手的谷物账目要明晰，催回该缴回的谷物后方可卸任。