一、源头环节
（一）转基因食品
1.转基因的概念
日本是转基因食品安全立法发展较早、较全面的国家之一，并制定了一套适合自身国情的立法体制。
转基因食品的安全评价是比较转基因食品及其传统食品，遵循一个逐步的过程，并借助于一系列的结构性问题。安全评估中考虑的因素包括：来源、成分、影响的处理、烹饪、转换过程、重组DNA（如插入基因后的稳定性、基因转移的可能性），以及蛋白表达产品中的新颖DNA成分、功能的影响、潜在的毒性、潜在的过敏性、可能的副作用。从基因表达宿主中DNA的破坏或代谢途径，包括关键宏观成分、维生素、抗营养因子、内源性毒物、过敏源和生理活性物质、潜在的摄入量和膳食相关的转基因食品的影响。
上述因素，尤其是评估食品是否来源于转基因植物或者转基因动物和微生物，若当评估安全的食物来源于上述物种的时候，其他因素可能需要考虑在该因素的条件下再进行全面评估。
2.日本转基因食品的标签
2001年实施的《转基因食品标签标准》是日本目前转基因食品标签问题的最主要法律依据，其规定了两种标签规则。第一种是通过区分生产流通管理制度确定转基因食品是否强制标签，适用于马铃薯、玉米、大豆、棉籽和油菜籽。必须进行强制标签的情形包括：实行区分生产流通管理的以转基因原料生产的食品；在某一环节不能确定是否实行了区分生产流通管理的任何以转基因或非转基因为原料的食品；实行区分生产流通管理的以非转基因原料生产的食品，不小心混入了转基因原料超过5%的或是故意混入的。自愿标签的情况主要针对实行了区分生产流通管理的以非转基因原料生产的食品。第二种的确定标准为是否与同类传统食品实质等同。该标准具体规定了何种转基因食品适用何种标签制度。首先，与同类传统食品不能实质等同的转基因食品（包括高油酸大豆、高油酸大豆油及其制品）必须强制标签；其次，尽管与同类传统食品实质等同，以豆腐、玉米、马铃薯及其制品等30多种转基因食品仍需进行强制标签；最后，针对酱油、玉米糖浆等13种虽以转基因为原料生产，但在加工过程中已无转基因成分的食品实行自愿标签原则。
从2001年4月起，日本就通过法规要求标识转基因食品。必须标识的包括大豆、玉米、马铃薯、油菜籽、棉籽、甜菜、木瓜8种农产品的转基因品种，以及用这些农产品为原料、能检测出转基因成分的加工食品，高油酸转基因大豆和转基因玉米为原料加工的食用油等。相关的食品标识有三种：“转基因”“非转基因”和“转基因不分”。
根据日本的法规，和原有品种成分、营养价值等同的转基因农产品及其加工食品，如果能够检测出转基因成分，就必须标识为“转基因”或“转基因不分”；和原有品种成分、营养价值显著不同的转基因农产品及其加工食品，即使检测不出转基因成分，也必须标识。
3.日本转基因食品审查制度
日本自1996年开始进口转基因食品，国内消费者不仅对食物的过敏性等问题产生不安，同时对有关食品的具体标注及信息公开问题也表现出极大关注。由此，日本对转基因食品实行审批制度。截至2013年5月，经过日本厚生劳动省安全性审查，共批准8类转基因作物共250多个品种，7类转基因食品添加剂近20个品种在市场上流通销售。转基因作物一般用于加工饲料、淀粉、炼油或提取特定物质用，某些转基因大豆和木瓜也被用于加工成食品。厚生劳动省发布的转基因食品和添加剂名单中根据品种分类，提供了获批准的转基因食品和添加剂的详细名称、转基因功能、申请者和研发者以及公告发布时间，便于执法和查询。
对于国外进口的转基因食品，从2001年4月开始，对米、木瓜、菜籽和亚麻进行进口检查，货物抵达海关口岸时，进口商需要向检疫所提交进口通知书，检疫所督促进口食品检疫中心和到岸检查机关对进口转基因食品进行抽样检查。如果通过检查，则允许进口入岸；如果有安全性不明的物质被检出，则采取废弃或回收处理。
4.日本制定转基因食品的审查标准
日本的转基因食品安全立法倾向介于宽松与严格之间的折中主义。日本的规制遵循“预防”原则，主要法律法规包括《食品农业农村基本法》《食品卫生法》《农林产品标准化与正确标示法》和四主管部门出台的相应的行政法规和规章指南等，在研发、生产和上市等各个阶段实现对转基因食品的层层把关。
（1）安全评估制度
日本针对转基因食品的安全评估主要包括环境安全评估和食用安全评估。环境安全评估主要分为隔离条件下的试验和环境释放试验两个阶段，需要研发机构委托有资质的环境安全检测机构进行。食用安全评估又分为转基因饲料或者饲料添加剂的安全评估和转基因食品或者食品添加剂的安全评估。在对转基因产品或其添加剂的风险评估中，主要针对的是外源基因新表达的蛋白是否有毒，以及是否存在由动物体内转化为有害物质的可能性两方面。安全评估关系到新研发的转基因食品是否达到足够的安全程度而对身体无害，与广大消费者的利益息息相关，十分重视公众参与。因此，所有的申请和评估报告都会向公众公开，同时鼓励公众提出宝贵的意见和建议。
（2）区分生产流通管理制度
日本有一项不同于其他国家的转基因食品制度，名为区分生产流通管理制度，是指在转基因作物和非转基因作物的生产、流通及加工的各个阶段，每个当事人都应尽到善良管理人的注意义务，对两者进行分别管理，严格区分，在每一个阶段，都将管理记录和非转基因证明进行传递，以此建立能证明自己已经尽到注意义务的管理方法。日本的标签制度与此区分生产流通管理制度密切相关。
（3）监督制度
日本转基因食品安全的监督制度也是其立法体系中不可或缺的一部分。在转基因技术研发试验过程中，根据《在大学研究设施中进行的转基因技术实验指南》和《适用于所有非大学研究机构产业应用转基因技术实验指南》的规定，由文部科学省和科学技术部对实验条件、程序、制度建设等问题分别负责定期检查指导。同时，主管部门大力研制转基因食品的检测方法，为转基因食品的监督提供技术支持。下设多个检测中心，在转基因食品流通的各个环节，对含有转基因成分的食品和未标签的食品进行检测，以便实现对转基因食品安全实践情况的监督。
日本政府的监督不仅停留在依法监管层面，还要求主管部门在科技领域提高其技术检测水平，在监管时能够依据技术支撑，得出准确可信的结论，对于保护公众健康起到了积极作用。
（二）辐照食品
1.辐照食品的概念
食品辐照是利用放射性同位素60 Co或137 Cs发出的γ射线，或利用电子加速器产生的电子束或X射线在一定的剂量范围内辐射食品。对食物辐照的评估和测试的科学研究已经超过了50年，食品辐照技术已经被确认为是一种安全的食品加工方法。研究表明，辐照可以杀灭谷类食品、脱水豆类、脱水蔬菜中的害虫以及肉类和水产品中的寄生虫；抑制马铃薯和洋葱等食物的发芽；延迟新鲜水果和蔬菜的成熟；消除食品中病原微生物及其他腐败细菌，从而减少食源性疾病的发生，并延长食品的货架期。
食品辐照技术在全球范围有近40个国家已经批准使用，而且已经被更多的国家和国际食物和健康组织以及专业团体所支持或赞同。食物辐照对日益增加的对食品安全的关注是一个很好的解决方法。
日本人对射线辐照抱有很强的抵触心理。正因如此，食品辐照这项在国际上被广泛认可的技术在日本难以推广，日本对食品辐照技术的限制也极其严格。日本食品综合研究所所长林彻介绍说，日本从1967年开始，针对马铃薯、洋葱、大米、小麦等7种食品开展食品辐照技术的效果、安全性和可靠性研究。研究结论是：辐照可延长食品储藏时间，维持食品品质，因而辐照食品是安全的。日本于1972年批准使用γ射线照射马铃薯，以防马铃薯发芽。1974年，位于北海道的士幌町农业协会正式开始对马铃薯进行辐照，但不久之后就掀起了反对食品辐照技术的运动。由于反对团体不断给政府施加压力，日本国内仅有士幌町农业协会在对食品进行辐照处理，每年辐照处理马铃薯约5 000吨，而日本每年上市的马铃薯约有300万吨。日本辐照食品数量相对于食品总量来说微乎其微。(https://www.daowen.com)
2.辐照食品的技术管理
（1）标签制度
日本对食品辐照技术的管理十分严格。日本《食品卫生法》规定，除马铃薯外，食品辐照技术原则上是被禁止的。申请对一种食品进行辐照处理，有关部门要依法对这种食品接受辐照的安全性进行研讨和评估，并向厚生劳动大臣报告。在辐照食品流通过程中，为便于消费者识别，日本《食品卫生法》等法规指出，辐照食品必须在不打开容器或包装就显而易见的地方标明该食品经过辐照处理。辐照食品还必须附有说明书，指明辐照处理设施、辐照日期、批次、放射剂量等信息。日本的辐照马铃薯过去只在外包装纸箱上标明受过γ射线照射以及辐照日期，现在辐照食品的小包装袋上也贴有类似标签。
（2）辐照设施安全制度
除食品安全外，食品辐照技术的另一个重要问题就是辐照设施的安全。在日本，放射线的使用受到《劳动安全卫生法》《医疗法》和《药事法》等诸多法律的限制。辐照设施建设前必须获得政府许可，建设中和启用后还必须定期接受各种检查。尽管日本政府基于消费者的疑虑，至今不允许将辐照技术推广到马铃薯以外的食品，但在专业人士中，食品辐照技术的效果已经得到相当普遍的认同。林彻认为，在香料处理方面，辐照技术的优势比较突出。热敏感、蒸气杀菌等方法会导致一些香料丧失原有的色调和香味，而在辐照过程中，温度只出现微弱升高，香料的色调和香味得以保留。
日本原子能委员会的一份报告指出，一方面，日本近年来由弯曲杆菌、诺瓦克病毒、沙门氏菌引发的食物中毒事件时有发生，每年有数万人食物中毒。另一方面，日本人就餐趋向简便化，在外就餐和食用加工食品的机会增多。在饮食多样化的背景下，需要有应对新情况的食品卫生和储藏技术，而食品辐照技术就是一种选择。
3.辐照食品的检查制度
自2007年7月6日以来，日本厚生劳动省发布《食安输发0706003号》文件，宣布对辐照香辛料进行监视检查的信息，2008年6月1日《食安输发第0605001号》陆续增加蔬菜、茶等为对象的监视检查。2008年6月5日，日本厚生劳动省发出《食安输发第0605002号》通知：检疫所监控检查后发现中国某生产商的一批干香菇实行了放射线照射处理。2008年10月20日，日本公布了14批中国出口到日本违反日本《食品卫生法》的农产品食品，处理方式均为废弃或退货，其中对一批干辣椒实行监控检查，检出该产品经过辐照处理后，此次根据进口时的自主检查，再次检出该生产商生产的辣椒经过放射线辐射，因此厚生劳动省计划在注册检查机关对放射线辐射检查的受托体制完备后，将其转为命令查。
2008年日本新颁布了辐照品TL监测鉴定方法（《食安法第0529004号》），日本政府立即强化进口农产品辐照与否的监视检查。
2011年发生的日本福岛核泄漏事件推动日本加强了对食品中放射性物质的管理，2012年4月开始，根据《食品卫生法》的规格标准，日本制定了食品中放射性物质限量，确保长期摄入符合放射性物质限量的食物不会对健康造成危害。在导则的指引下，各地开展对当地食物中放射性物质情况的检测，厚生劳动省随后定期发布汇总的检测结果和应对措施。
现行规定一般食品中放射性铯的限量是100 Bq/kg，婴幼儿食品和牛奶中的放射性铯限量是50 Bq/kg，饮用水中的放射性铯限量是10 Bq/kg，禁止检测结果超标地区的食品产品的流通销售。
（三）农兽药残留
《食品卫生法》第十一条第（3）款规定：“食品中含有的农药成分，如果其残留量超过了厚生劳动大臣在听取药事及食品卫生委员会的意见后所制定的不对人体健康构成风险的限量，则不应该以营销为目的，进行生产、进口、加工、使用、烹饪、保存、销售；但是，如果在第（1）款规定的食品成分中，已经制定了该物质的残留限量规格，则不适用于此项规定”。
《食品卫生法》第十二条规定：“如果厚生劳动大臣，拟制定食品、添加剂中残留农业化学品，即《饲料安全保障与质量提高法》第二条第（3）款规定的物质，以及《药事法》第二条第（1）款规定的仅用于动物饲养的兽药成分的限量标准，作为前条第（1）款规定食品成分中的农业化学品等成分的相关数据，以及提供其他方面的必要合作”。
1.农兽药残留概念
在2003年《食品卫生法》修订的基础上，2006年5月29日，日本对食品中农兽药残留的管理采取肯定列表制度，用于管理未设定残留限量标准或未经登记的农兽药。肯定列表制度要求这些农兽药化学物质在食品中的限量不得超过0.01×10－6的默认标准，否则禁止在日本销售，经厚生劳动省公告指定豁免的农兽药不在肯定列表限制范围。对于肯定列表制度实施之前，《食品卫生法》第十一条第（1）款和《农药取缔法》基础上制定限量并登记的农药，以及在国际标准和欧美等日本认可的国家标准基础上新制定的约60 000个暂定限量的农兽药等，依然按照设定的限量管理，禁止超过规定残留限量的食品流通和销售。
2.农兽药残留相关的制度
（1）肯定列表制度
在日本的食品安全标准体系中，集中体现其技术法规的便是厚生劳动省依据《食品卫生法》制定的肯定列表制度。肯定列表制度在进行风险分析的科学基础上建立了一整套农兽药残留的限量标准及完整的执行机制，为其国内流通食品的安全性提供了有力的保障。日本的肯定列表制度指在原则上禁止，不禁止的物质作为例外在一览表中列出的制度，主要对食品中残留的化学物质和饲料添加剂的残留限量标准作出规定，是一系列农兽药、饲料添加剂等残留限量标准的集合体。
（2）豁免物质
厚生劳动省指定的肯定列表豁免物质有60余种，主要是维生素、氨基酸、矿物质等营养性物质和一些天然杀虫剂。日本每5年对豁免物质名单进行审议和修订。日本农残限量暂定标准制定原则是：在有国际食品法典标准而日本国内无标准的情况下，采用国际食品法典标准；同时有国际食品法典标准和日本标准的情况下，如果是高自给率的产品，采用日本国内标准，否则参考法典标准；日本国内有标准且法典无标准的情况下，优先使用日本国内标准，但进口率高的时候，优先参考法典标准；法典和日本国内均无标准时，如有认可的其他国家的标准，则采用参考国标准，多个不同的参考国标准则取平均值；法典标准、日本国内标准和参考国标准均无的情况下，采用0.01×10－6的默认标准作为限量。配套颁布的多个检测方法适用于食品中农兽药残留的检测。
（3）最大残留量
最大残留限量标准是2003年5月《食品卫生法》修改之前因所未定的标准覆盖不全面而制定的，它包括食品法典委员会制定的标准及经注册允许在日本使用的限量物质。在制定最大残留限量标准的过程中，日本考虑到了食品法典委员会制定的标准，基于《农业化学品管理法》经注册许可使用的限量物质，《药事法》（第145号法律，1960）许可使用的兽药，《食品安全基本法》和《动物饲料改进法》（第35号法律，1960）许可使用的饲料添加剂，以及在FAO/WHO（联合国粮农组织/世界卫生组织）农药残留专家委员会或联合国食品添加剂专家委员会基于毒性数据分析进行的科学评估。
3.农兽药残留的一律标准
厚生劳动省对没有规定最大残留限量（MRLs）标准的农业化学品，根据人体1.5μg/d毒理学阈值的摄入量而制定一律的标准。一律标准设置为0.01μg/kg，因为根据日本人的饮食习惯计算，每天摄入的食品中农业化学品不会超过1.5μg。2005年1月，欧盟引入肯定列表制度，将一律标准规定为0.01μg/kg。考虑到这种情况，厚生劳动省认为该标准的规定是合理的。