二、生产环节
（一）生产经营规范
为保障食品生产加工等过程中的规范操作，日本采用HACCP对国内的生产企业进行过程控制，1996年10月厚生劳动省发布的第262号公告确定了HACCP体系在食品生产过程中的重要地位。从原材料送入的检查和记录，到制备、充填、密封、热处理、冷却、包装、运输，所有环节中的关键控制点均需要按要求进行监测、确认和记录。
厚生劳动省在2000年11月发布的第1634号公告规定，乳与乳制品、汽水、肉制品、鱼肉制品、鲸肉制品、瓶装罐装食品、高温高压灭菌食品可以申请综合卫生管理生产过程认证，公告同时说明了申请认证的流程和各项要求，目前共有770多家生产企业获得了综合卫生管理生产过程认证。
一般食品的生产、加工、储存、烹饪的要求，按照食品类别收录在昭和34年（1959年）厚生劳动省第370号公告，即食品和食品添加剂规格标准，以及此后厚生劳动省发布的相关公告中，包括饮料、固体饮料、冰激凌、冰甜点、鲸肉、生肉、蛋类、血液产品、肉制品、鲸肉制品、鱼肉制品、鱼子、水煮章鱼、水煮蟹类、生食鱼类、生蚝、洋菜、谷类、豆类、野菜、生面、豆腐、速食面、冷冻食品和高温高压灭菌包装食品。
（二）食品添加剂
根据日本《食品卫生法》第四条的规定，食品添加剂指食品制备过程中，用于加工或储存目的，用添加、混合、浸润或其他方法加入食品中使用的物质。食品添加剂可能用于调味、延长保存期或者改善食品的色、味等感官特性。在日本《食品卫生法》中，针对食品添加剂使用的管理内容主要包括：食品添加剂的质量规格和使用标准，添加剂的成分规格、纯度、最大使用量等；既存食品添加剂的安全性保障，确保已经批准的食品添加剂的安全性，禁止不合格食品添加剂的制造、销售和进口；食品添加剂摄入量调查，调查市售食品中添加剂的种类和用量，是否有摄入后超过ADI的风险；推进国际通用添加剂的指定，收集国际上确认安全的45种添加剂和54种香料的相关资料，分析追加试验的必要性。
原则上，根据《食品卫生法》第十条的规定，仅允许使用厚生劳动省大臣收到并指定的添加剂，除指定添加剂之外，允许使用的添加剂只有既存添加剂、天然香料和一般食品饮品添加剂。截至2013年5月，日本共批准指定食品添加剂430多种，属于安全性和使用功能已经获得确认的添加剂，可以在全国范围内使用；既存食品添加剂近370种，属于在日本有长期使用历史和经验，被广泛认可的添加剂；天然香料约600种，包括植物源、动物源的香料；以及一般食品饮品添加剂约100种，通常将其视为食品，但也可添加到其他食品中。日本的食品添加剂主要分为甜味剂、着色剂、防腐剂、稳定剂、防酸剂、发色剂、漂白剂、杀菌剂、香料、酸味料、调味料、乳化剂、酸度调节剂和膨松剂。(https://www.daowen.com)
在天然香料和一般食品饮品添加剂方面，天然香料基础物质名单列出了天然香料的基础物质名称、别名和英文名。一般食品饮品添加剂主要是色素，标准中包括了添加剂的名称、别名、缩略名、实质物质、制备方法、用途和英文名。天然香料和一般食品饮品添加剂采用名单管理，没有具体的使用范围和要求。
第8版食品添加剂公定书规定了食品添加剂的一般检测方法、仲裁检测方法、检测使用的试剂和溶液、检测使用的仪器装置、检测结果的判定、添加剂的质量规格和保存方法以及添加剂的生产规范。
2013年2月1日，日本厚生劳动省医药食品局食品安全部发布“食安输发0201第3号”，对食品卫生法施行规则（省令）和食品、添加剂等规格标准（告示）进行补充修订。
省令：根据《食品卫生法》第十条的规定，省令附表1中增加次氯酸水。自发布之日起实施。
告示：设定了农药溴虫腈（Chlorfenapyr）、排草净（Dimethametryn）、戊唑醇（Tebuconazole）、福拉比（Furametpyr）、乙腈（Acetonitrile）、NC-620（Metazosulfuron）和兽药卡洛芬（Carprofen）、甲砜霉素（Thiamphenicol）的残留限量标准值。删除了XMC等22种农药和萘啶酸、丁苯咪唑2种兽药的残留限量标准值；设定了1种次氯酸水的成分规格及使用标准、生产标准和成分规格。自2013年8月1日起实施。
（三）食品产品标准
日本的食品产品质量规格、成分、生产、加工、存储、检测等各项标准条款，主要分布在食品和食品添加剂规格标准、厚生劳动省法令和一些新颁布的法令和公告中，主要涉及饮料、固体饮料、冷饮、水果、生食肉类及鲸肉、生食牛肉、蛋类、血液类、肉制品、鲸肉制品、鱼肉制品、鱼子、水煮章鱼、水煮螃蟹、生食鱼类、生蚝、洋菜、谷类、豆类、生面、豆腐、速食面、冷冻食品和预包装高温高压灭菌食品。乳制品的成分规格标准单独列在昭和26年厚生劳动省第52号公告中。为了方便使用者搜索标准和相关规定，食品和食品添加剂标准中按照食品分类，列出食品一般规格和成分规格、一般生产加工和烹饪标准以及一般储存标准，包括相应的理化、微生物指标，对应检测方法以及生产、加工、存储和烹饪过程中需要遵守的规范。