三权分立原则在理论上发生的争议
近代分权学说从它开始创立起，一直到后来的实际运用，都产生过许多理论上的争议，其中主要的有如下几项：
（一）国家权力能否分割
近代国家主权概念产生后，国家主权的不可分割性已为政治理论家们所公认。有的学者还从主权的不可分割性推论到国家权力的不可分割，进而否定分权学说。卢梭即是其中的主要代表人物之一。
卢梭认为主权是公意的具体表现，而公意是不可分割的，因此，他主张主权不可分割。他从这种主权不可分割的观点出发，反对分权学说。他讥笑主张分权的政论家，认为他们像日本幻术家那样，“能当众把一个孩子肢解，把他的肢体一一抛上天空去，然后就能再掉下一个完整无缺的活生生的孩子来”[43]。他认为分权学说所主张的是肢解国家主权，这是同公意的不可分割性、主权的不可分割性相矛盾的。
西方学者很多人不同意卢梭的见解。他们认为权力分立不是分割国家主权，也不是分割国家的权力。日本宪法学家美浓布达吉在这方面的论述具有代表性。他说：“所谓三权分立，并非承认国家之内有三个互相独立的对等的权力的存在，而是对于行使单一的国家的权力，将其权能分配于三种机关，使之各于其权限范围内，以某种程度的独立以行使。”[44]在这里，美浓布达吉认为三权分立中所分立的不是国家权力，而是分配实现国家权力的权能或权限。这就从根本上否定了卢梭的权力分立与主权、国家权力的不可分割性相矛盾的论点。接着他又论述了三权在行使过程中所遵循的原则。他认为在三权分立原则的指导下，立法、行政、司法三机关对于其权限范围内的行为要“互相尊重“、“不得破坏”。依立法权制定的法律，行政、司法两机关必须遵守；司法权所下的判决，立法、行政两机关必须尊重；行政权所作的行为，立法、司法两机关必须服从。最后，得出结论：“三权各守其畛域，不相侵犯，则于国家意志的统一毫无妨碍。”[45]
上述争议似乎各有道理，是非曲直难于分辨。究其根源是由于争执双方对分权的概念及其实现的过程各有不同的理解。因而从这个争议中又引出了关于分权的含义的争论。
（二）权力分立有无确切含义
现代美国宪法学家柯尔文曾把分权总结为四个要点：（1）政府有立法、行政、司法三种固有的、独特的职能；（2）这些独特的职能应由三个分别配备人员的政府部门各自行使；（3）三个部门在宪法上应是平等的、互相独立的；（4）立法部门不能把权力委托给他人。[46]
柯尔文的这个说明为许多学者所接受，特别在美国，这个说明具有一定的权威性。但是英国宪法学家杰弗里·马歇尔却反对这个说明。他认为柯尔文的关于分权的说明作一个整体来说，既不符合传统的权威著作中的标准思想，也不一定适合以往的和现行的宪法中所规定的实际情况。(https://www.daowen.com)
在传统的权威著作中，亚里斯多德的《政治学》，波里比阿的《罗马史》，有三个部门的独特职能的描述；洛克的《政府论》显然不主张立法与行政之间平等意义的分权，他认为立法权是最高的权力；孟德斯鸠的《论法的精神》强调三权应分别由不同的人和不同的机关所掌握，在某种程度上包含着人的分立与政府部门之间的牵制与平衡两者相结合的理论。至于历史的和现行的宪法对分权的规定，形式更为复杂。美国的形式不同于英国，法国的形式和美、英两国都有差别。无论从历史的和现实的或者从理论和实践的状况考察，都难于总结出一个公认的分权概念。因此马歇尔认为“分权概念面临着难于弥补的缺陷”，并且指出了这些缺陷的要点：
第一，是否存在分立，或者在何种意义下存在分立，很不清晰。由宪法赋予特定的人或团体的立法、行政、司法权没有定限。
第二，即使存在分权，由于立法、行政、司法没有公认的精确的定义，分立的状况如何，是怎样分立的，也不明确。
第三，分立概念本身适用于各种观念，诸如人的身体的分离，机关任务之间的法的不一致性，职能的差异，机构的分离与特权，一部门对其他部门的互相牵制、监督或控制等。
第四，就政府职能的溶合而论，对立法与行政职能的分立的处理，不同于司法和其他两种职能的分立的处理，至于这种不同处理是否适当或必要，是否自动改变，政府各部门之间职能的部分授权是否合法，分权原则都没有提供指导。[47]在马歇尔看来，分权概念含混不清，难有统一的理解。
正是由于对分权概念没有统一的理解，因而对有些国家的政治体制是否属于权力分立便有争论。以英国为例，孟德斯鸠认定英国实行三权分立，但后来的学者中有人同意他的见解，也有人认为他误解了英国的政府制度，因为在英国立法权高于行政权和司法权，不属于三权分立体制。
如果说英国政制因立法权高于其他权力不属于三权分立体制，那么现在的法国政制中总统的权力高于其他机关的权力，是否可以说法国已经抛弃了人权宣言所宣布的凡分权未确立的社会就没有宪法的传统信念？这样一来，争论的问题就会变得更为复杂。
此外，三权分立原则的理论的争议中还有一个极为重要的问题，就是司法审查是否合理。这个问题待比较研究司法机关时详细探讨。
三权分立作为一项资本主义国家的宪法原则，在反对封建势力复辟的斗争中，在确立资产阶级民主制度和促进资本主义生产关系的发展中起过重要的作用。它的历史功绩不能抹煞。但是，它本身却又受着时代的和阶级的局限，不能为社会主义国家的宪法所采用。