一、联邦行政机构
2015年宪法规定，尼泊尔联邦民主共和国的国家机构由联邦、省和地方三个层级组成。总统是国家元首，联邦行政权力属于部长会议；全国划分为7个省；地方一级的行政机构包括乡村管理委员会（乡政府）和市政管理委员会（市政府）。
（一）总统
总统是国家元首，其职责是维护国家统一和宪法。总统的选举由联邦议会的议员和各省议会的议员组成的选举团选出，得票过半即当选；若无人过半数，前两名得票最多的候选人进入下一轮选举，得票过半者当选；若还无人过半，则再进行一轮投票，得票最多者当选为总统。当选总统后要辞去以前的公职，有政党职务的，要辞去政党职务。
总统任期5年，只能任两届。总统候选人须是联邦议会议员，年满35岁，无犯罪记录。按照宪法和联邦法律，总统只能在内阁的建议和同意下行使职权，内阁的建议由总理提交。其权力主要包括：根据联邦议会的选举结果任命政府总理，并主持总理就职仪式；根据政府建议，任命最高法院大法官、滥用权力调查委员会主任专员及其他专员、审计长、首席检察官、公共服务委员会主任及其他成员、选举委员会主任及其他成员等；批准议会的议案、政府财政预算及其他重要议案；在总理的推荐下，任命尼泊尔军队参谋长；根据政府的推荐，任命驻外大使，授予公民各种头衔、荣誉和勋章，等等。
除总统外，还设副总统一名，在总统缺席时由副总统代行职权。副总统也是专职，不得兼任其他公职和政党职务。总统和副总统在就职之前，总统要向首席大法官宣誓，副总统要向总统宣誓。联邦议会可以通过2/3的多数罢免总统和副总统。
（二）部长会议
尼泊尔的政府形态是建立在多样化基础之上的多党议会民主制。国家的行政权归部长会议（内阁）所有。内阁对尼泊尔的行政制度负有一般性指导、管理和控制的责任。尼泊尔联邦行政权以尼泊尔政府的名义执行。
部长会议是大选后在众议院中获得半数以上席位的某一政党或多个政党联盟组成的国家行政机构。部长会议由总理、副总理和全体部长组成，其人数无明确规定，可由总理根据工作需要随时决定。部长分三类：部长、国务部长和助理部长。部长负责国家的某一部门，如内政部、财政部、外交部等；国务部长一般不独立负责一个部门，通常在部长的领导下工作，一些大的重要部门才设国务部长；助理部长协助部长工作。
总统任命在大选中获得众议院多数席位的政党的议会党团领袖为总理，在总理的领导下组建部长会议。如果在大选中没有任何政党在众议院获得多数席位，则总统任命在众议院两个或两个以上政党支持下能够取得多数席位的议员为总理，组成联合政府。若联合组阁不成功，则总统任命在大选中获得席位最多的政党的议会党团领袖为总理，组成少数派政府。不管是联合政府还是少数派政府，被任命的总理都要在被任命后30日之内通过议会的信任投票。如果信任投票未获通过，则总统须任命在议会中能够取得多数支持的某一议员为总理，并且进行信任投票。若这样被任命的总理仍不能通过信任投票，或者没有人能够被任命为总理，则总统有权宣布解散议会，并在6个月之内重新举行大选。
副总理和各部部长、国务部长、助理部长均由总理提名，再由总统任命。当然，总理在组织政府时也不能随心所欲，一般说来，部长会议的成员应包括执政党的重要领导人、执政党内各派别和利益集团的代表。如果是联合组阁，这种权力分配则更要多方照顾。
总理、副总理和部长向总统宣誓就职，国务部长、助理部长向总理宣誓就职。
总统可以在总理的建议下任命非议员为部长。但这样被任命的部长在宣誓后6个月之内须获得联邦议会议员资格。若不能取得议员资格，则在现议会存续期间不得再被任命为部长。所有在议会大选中的失败者，均不能被任命为部长。
部长会议集体向联邦议会负责，部长按照分工分别向总理和联邦议会负责。所谓集体负责，就是指包括总理在内的部长会议集体对众议院负责，全体部长共进退。如果众议院通过了对总理或者某一位部长的不信任案，则整个部长会议就要集体辞职。如果众议院拒绝通过政府的财政预算，或通过了对政府的不信任案，则部长会议也要集体辞职，否则就要由总理建议总统解散众议院，重新举行大选。
一般情况下，只要政府在议会中拥有多数席位，则不太可能会通过针对政府的不信任案，除非自己政党的议员不支持自己的政党。例如1994年，在大会党的一项要求议会的信任投票中，由于大会党两名议员没有投该党的票，信任投票没有通过，大会党政府不得不自动下台，首相柯伊拉腊于是建议国王解散议会，重新举行大选。
（三）中央政府部门的设置
尼泊尔的中央政府部门的设置根据各届政府的需要时有变动，但基本维持在20个部左右。总理根据需要对内阁进行改组时，政府部门的设置也有可能随之变动。
尼泊尔的中央政府部门通常包括：内政部、财政部、国防部、外交部、工业部、农业部、商业部、教育部、卫生部、水利资源部、土地改革与管理部、法律与司法部、妇女与社会福利部、劳工部、旅游与民航部、地方发展部、供给部、青年和体育部、文化部、森林与土壤保持部、灌溉部、环境与人口部、住房与物质规划部、工程建筑与交通运输部、科学技术部、新闻与通讯部等。
在政府部门中，与各部平行的部门还有内阁秘书处、总理办公室、议会事务部和国家计划委员会等。
（四）其他国家机构
2015年宪法还设立了下列一些国家机构：
1.滥用权力调查委员会（CIAA）
宪法第238条规定，尼泊尔设立一滥用权力调查委员会，其职责是对所有公职人员的贪腐行为进行调查。该委员会包括1名主任专员和其他4名专员。主任专员行使委员会主席的职权。总统在宪法委员会[2]的建议下任命主任专员和其他专员。
该委员会的任期为6年。委员会的委员不得属于任何党派，并且是在统计、财务、工程、法律、调查等领域工作至少20年的有经验的卓越人士，年满35岁，道德高尚。
该委员会通过调查确认公职人员有贪腐行为的，将对其及相关涉嫌人员按照联邦法律向法院起诉。当发现公职人员的贪腐行为与某一部门或机构有关时，委员会可以事先致函相关部门和机构。被调查的政府公职人员先解职，然后按照联邦法律予以起诉。
2.审计长
宪法第240条规定，尼泊尔设一名审计长，总统在宪法委员会的建议下任命审计长。审计长任期为6年。审计长的职责是对总统以及总统办公室、最高法院、联邦议会、联邦政府、邦议会、邦政府、地方政府机构、地方法院、总检察长办公室以及尼泊尔军队、警察和武装警察力量等所有政府办公机构及法院的账目进行审计，尤其对其法规性、节约性、恒性、效能以及合理性进行审计。对尼泊尔中央政府和邦政府占股50%以上的企业也要派遣审计官员。审计长在任何时候都有权索要有关统计资料和数据，相关办公室负责人有义务提供给审计长或有关工作人员。
审计长的任职资格为：正规大学管理、贸易或会计专业毕业或通过财会考试在审计领域工作满20年的经验丰富的审计人员，年满35周岁，道德高尚，无党派人士。
3.公共服务委员会
宪法第242条规定，尼泊尔设立一个公共服务委员会，由主席和其他4名成员组成。总统在宪法委员会的推荐下任命公共服务委员会的主席和其他成员。公共服务委员会成员中至少50%要有20年以上的非政府服务领域的任职经历，其余成员从科学、技术、艺术、文学、法律、人力管理、社会学等领域做出过重大贡献并享有较高声誉的人士中推选。委员会的任期为6年。
公共服务委员会的职责是负责举行考试，遴选文职人员。所谓“文职人员”，是指除军队、警察和武装警察力量之外的尼泊尔政府部门的工作人员。
除文职人员遴选考试之外，公共服务委员会还为尼泊尔军队、警察、武装警察以及联邦政府的其他机构或组织提供考试服务。其他组织机构是指尼泊尔中央政府控股50%以上的公司、银行以及政府组建的委员会、管理局、公司、研究机构等。总之，从尼泊尔政府领取退休金的职位任命，都需要通过公共服务委员会的各种考试。
每省设一邦级公共服务委员会。
4.选举委员会
宪法第245条规定，尼泊尔设一选举委员会，由主任委员和其他4名委员组成。主任委员行使委员会主席的职权。总统在宪法委员会的建议下任命主任委员和其他委员。委员会的任期为6年。
选举委员会的职责是组织、监管、指导总统和副总统、联邦议会、省议会、地方层级的选举工作，对选民实行登记造册。选举委员会还可以就一国之重大事件举行民意投票，对各级选举中候选人的资格问题进行裁决等。
5.国家安全委员会
宪法第266条规定，为了尼泊尔整个国家的利益、安全和国防政策的制定，以及为了给尼泊尔政府和部长会议提供建议，成立一个国家安全委员会，其主席由总理提任。尼泊尔政府的国防部长、内政部长、外交部长、财政部长、政府首席秘书、尼泊尔军队参谋长等为国家安全委员会的成员。
政府国防部的秘书兼任国家安全委员会的秘书。国家安全委员会每年向总统提交年度报告，总统经由总理将报告提交给联邦议会。
6.全国人权委员会
宪法第248条规定，尼泊尔设一全国人权委员会，由主席和其他4名成员组成，任期为6年。总统根据宪法委员会的推荐任命全国人权委员会的主席和成员。全国人权委员会的主要职责是尊重、保护和提高人权，使人权得以有效保障。若个人或集体的人权被侵犯，经由本人或本人的代表到委员会进行申诉。委员会可以就人权问题展开调查，并建议对过错方采取措施。
7.全国自然资源及财产委员会
宪法第250条规定，尼泊尔设一全国自然资源及财产委员会，由主席和最多5名成员组成。总统在宪法委员会的推荐下任命主席和其他成员。委员会的任期为6年。
该委员会的职责是按照宪法和联邦法律，通过联邦储备基金，对联邦政府、邦政府以及地方政府的资产分配、贷款政策、财政支出等进行指导和管理。
此外，2015年宪法还规定设立全国妇女委员会、全国达利特委员会、全国民族包容委员会、原住民委员会、穆斯林委员会等。