控制与反控制的摩擦时期（1956—1990年）
印度通过向尼泊尔派遣“军事代表团”，以及在其北部边境设立军事哨所，控制尼泊尔军队武器装备的供应，并招募大批廓尔喀兵到印军服役，使尼泊尔实际上成为印军的前哨阵地和情报据点，严重损害了尼泊尔的独立和主权。1955年3月，具有民族主义思想的马亨德拉国王继位后，为摆脱印度的控制，开始奉行中立和独立自主的、多元化的对外政策。从这时起，直到1990年议会民主制恢复期间，尼泊尔与印度的关系时好时坏，控制与反控制不断，摩擦时有发生。
为摆脱印度对尼泊尔的控制，尼泊尔首先加强与外部世界的联系，并迅速与一大批国家建立了外交关系，以图在国际舞台上提高自己的声誉。1954年4月，尼泊尔首次派代表团出席亚非万隆会议。1955年8月1日，尼泊尔同中国建交。同年12月，尼泊尔加入联合国。1956年4月，尼泊尔邀请各国代表参加马亨德拉国王的加冕典礼。11月，有32个国家参加的第四次“世界佛教大会”在加德满都举行。1958年6月，马亨德拉出访苏联。
马亨德拉国王还于1956年1月任命阿查里雅组阁政府。阿查里雅首相试图改变与印度的“特殊关系”，主张奉行“同各国同等友好的政策”，并要求修改1950年的《贸易和商务条约》以及《廓尔喀兵协定》。马亨德拉还要求印度“军事代表团”撤离尼泊尔。印度对尼泊尔的离心感到不安，一方面做出让步，同意修改贸易和商务条约，并将军事团更名为“军事训练顾问组”；另一方面，迫使马亨德拉改组政府，任命辛格为首相。1959年初，印度又扶植尼泊尔大会党亲印势力，资助其参加竞选，推行议会民主，削弱王权。
1959年尼泊尔大选后亲印的柯伊拉腊执政。次年1月，柯伊拉腊访印时强调，“特殊关系”是尼印“历史和文化的现实”，并提出尼印应缔结“联合防务”条约。柯伊拉腊执政期间，尼泊尔同印度分别于1959年12月和1960年9月签订了被认为是有损主权的《甘达基河工程协定》和《贸易和过境条约》。
柯伊拉腊奉行的亲印政策，加剧了大会党与马亨德拉国王之间的矛盾。面临王权和主权受到的威胁，马亨德拉毅然做出决定，于1960年12月15日逮捕首相柯伊拉腊，并解散内阁，实行亲政。
国王的行动，对印度是一个打击。在国王接管权力的第二天，印度总理尼赫鲁发表讲话称，“尼泊尔的民主遭受了挫折”。不久，他指责说，“尼泊尔国王的行动违反了民主的基本原则”。一些印度报纸还发表评论称，尼泊尔国王的行动，“背后有外国人插手”，“危及印度和尼泊尔两国的安全”。
马亨德拉对印度的干涉进行了有力的回击。他动员国内舆论，抗议印度对尼泊尔内政的干涉，号召人民保卫国家领土和主权。前首相阿查里雅公开支持国王的行动，谴责大会党政府“要把尼泊尔的防务出卖给印度”。与此同时，尼泊尔政府还查封了在尼发行的印度报纸。为寻求国际支持，1961年马亨德拉国王亲自率团出席在贝尔格莱德举行的不结盟国家首脑会议，并在会上发言指出，一国不能干涉他国内政。在回国途中还访问了巴基斯坦，巴基斯坦领导人表示支持尼泊尔国王为维护民族独立和捍卫国家主权所做的努力。
印度还支持逃亡到印度境内的尼泊尔大会党成员对尼泊尔进行武装袭扰活动。1961年1月，尼泊尔大会党在尼印边境的拉克索尔市举行“全国代表大会”，决定进行“武装抵抗运动”。同年11月，一些在印度的大会党人潜入尼南部特莱平原和东部山区，进行骚扰和破坏活动。1962年1月，马亨德拉国王巡视南部贾纳克普尔地区时，大会党分子向国王的汽车投掷炸弹，企图行刺。马亨德拉国王采取果断行动，逮捕了一些大会党武装分子，缴获大量印度武器，同时进行外交交涉，公开揭露印度的阴谋。尼泊尔政府还驱逐了《印度斯坦时报》驻尼泊尔的记者。
由于尼印关系紧张，马亨德拉国王取消了原定于1962年3月对印度的访问。这时，中印边界局势日益吃紧，印度感到尼印关系恶化对自己不利，于是改变策略，制止尼泊尔大会党反对国王的武装活动，撤销对尼泊尔的经济封锁，并积极促使马亨德拉访印。1962年4月，访问成行。
1962年中印边界战争期间，尼泊尔保持中立。也许是对尼泊尔在这场冲突中的表现较为满意，印度决定修补与尼泊尔的关系。印度意识到，仅仅通过对尼泊尔施加政治、经济和军事压力，并不能使尼泊尔听命于自己。而且自尼赫鲁去世后，印度国内政局不稳，需要改善与邻国的关系。在尼泊尔方面，政府也想改善与印度的关系，以减轻印度对尼泊尔的压力，争取更多的经济援助。
印度对尼泊尔做出了一系列友好姿态，如承认尼泊尔国王的领导地位，同意尼泊尔实行的评议会制度，并减少对尼泊尔大会党的支持。1963年以后，印度连续派出高级代表团访尼。1963年印总统拉达·克里希纳访尼时，改变过去抨击评议会制度的态度，说它是“民主的试验”。1964年印度外长斯瓦兰·辛格访尼。1965年夏斯特里总理访尼，继续强调改善尼印关系。英·甘地担任总理后不久即于1966年10月对尼泊尔进行访问，表示印度正“非常有兴趣地注视着尼泊尔评议会制度的发展”，“每个国家都有权根据自己的情况和需要以及人民的意愿，选择自己的生活方式和掌握自己的命运”。她赞扬尼泊尔在国王的领导下取得的成就，并称印尼关系是“牢不可破的”。
在经济上，印度增加了对尼泊尔的援助。英·甘地访尼时，答应在尼泊尔第三个五年计划（1965—1970年）期间，向尼提供4亿卢比的援助。次年德赛副总理访尼时，又再增加了4000万卢比。而在此前的1951—1963年的13年中，印度向尼泊尔提供的经援仅有1.4亿卢比。
在贸易和过境方面，印度也有所松动。1962年10月，尼泊尔与巴基斯坦签订贸易协定，但是要利用东巴（现孟加拉国）的贸易通道，仍需经过印度领土，需要得到印度的合作。在举行了两轮会谈后，印度同意开放东部的拉迪卡普尔作为贸易通道。1963年12月起，印度取消了尼泊尔过境商品的“押金制度”，但继续限制尼泊尔同第三国发展贸易。
在印度采取措施改善两国关系时，尼泊尔出于本身利益的考虑，也对印度做了一些妥协。
1962年后，尼泊尔改变了定期与印度交换安全报告的做法。1963年6月，尼泊尔邀请印度陆军参谋长乔杜里访尼，尼方给予很高的礼遇，封他为皇家陆军荣誉上将。同年8月，尼泊尔派外交大臣图尔西·吉里访印，商讨有关“共同安全与防务”问题。印度同意尼泊尔从印度的军援计划获得武器外，也可从英国和美国两国购买部分武器和军事装备。1965年下半年，印度又与尼泊尔签订《军援协定》，向尼提供16000名军人所需的全套装备，从鞋到大炮，应有尽有。同时规定，只有在印方不能满足尼方装备需要时，尼方才可以从除中国以外的其他国家购买装备。
1965年11月，马亨德拉对印度进行国事访问，当时正值印巴战争，印度要求尼泊尔支持其在克什米尔问题上的立场。尼泊尔在权衡之后，表示支持印度的观点。
1967年11月，尼泊尔大会党在比哈尔邦召开会议，要求释放被长期关押的柯伊拉腊和其他大会党领导人。此后，印度驻尼大使拉吉·巴哈杜尔不断为其说情，最后国王于1968年10月释放了柯伊拉腊等人。柯伊拉腊被释放后，以“治病”为名到印度政治避难，并称要在尼泊尔恢复“议会民主”。马亨德拉对此十分不满，解除了原来主张释放他的苏尔雅·巴哈杜尔·塔帕的首相职务，于1969年3月任命基尔提·尼迪·比斯塔为首相。
比斯塔是一位具有民族主义思想的首相，坚决执行国王与两大邻国友好、反对印度干涉的政策。1969年6月，印度外长访尼，大谈“印尼受防务关系的约束”和“印尼要保持特殊关系”的论调。尼泊尔对此进行了回击。尼方要求印度撤出驻尼的军事人员。6月24日，尼泊尔首相向官方《新兴尼泊尔报》发表谈话，公开要求印度撤走驻尼北部边境哨所（中尼边界监听站）的军事人员和驻加德满都的“军事联络组”，并驳斥印方所谓的“防务关系”和“特殊关系”。他说，“自1950年《印度—尼泊尔和平友好条约》签订以来，印度与中、巴等国发生过军事冲突，印度均未事先通报尼方。因此，尼方认为两国交换安全情报根本没有必要”；“尼泊尔不可能在其主权问题上作出妥协，也不会为了印度的安全而接受所谓的‘有限主权论’和‘特殊关系论’，这同两国关系的现状是不相容的”。全国评议会在首相发表讲话第二天即通过决议，支持首相的讲话，要求印度撤走所有驻尼泊尔的军事人员。1969年7月和8月，尼泊尔派外交秘书卡纳尔两次赴新德里与印方谈判，印方最后不得不同意撤走所有军事人员。
这是尼泊尔在力求摆脱印度安全体系方面迈出的有意义的一步。这当然引起印度的不满。在1970年贸易和过境条约到期时，英·甘地取消了1960年做出的让步，拒绝尼方提出的分别签订贸易和过境协定的要求。这样，从1971年1月起，尼印双边贸易和尼与第三国的过境贸易中断，尼泊尔的经济受到严重损失。在此情况下，马亨德拉国王又不得不于1971年6月亲自访印，与英·甘地交涉，对印度做出妥协。8月，新的为期5年的贸易与过境条约续订。
1972年比兰德拉国王继位后，继续推行其父奉行的外交中立和经济多元化战略。但刚刚继位的比兰德拉，却要面临着国内因恢复议会民主而引发的政局动荡，以及印度对外扩张对尼泊尔安全造成的威胁与不安。
在国内，由于新国王刚刚继位，大会党要求恢复议会民主的呼声高涨，政局出现动荡。比兰德拉及时阻止了这场运动，强调评议会制度“特有的原则是不容破坏的”，继续奉行评议会制度。1973年4月28日，近百名大会党武装分子袭击了尼泊尔的萨普塔里县的哈里普尔警察哨所，打死打伤警察4人。6月，大会党在印度法尔比斯甘季劫持一架尼泊尔民航客机。1974年3月，比兰德拉在巡视比拉特纳加尔时，大会党分子向国王投掷手榴弹，行刺未果，但造成39人丧生。据悉，这些袭击事件都与印度的支持有关。尼泊尔遂向印度提出强烈抗议，要求停止支持大会党的破坏活动。为缓和紧张关系，英·甘地政府表示，“印度无意干涉尼泊尔的内政”，并保证印度将禁止大会党在印境内一侧50英里（1英里约1.61千米）内从事活动。
在国家安全方面，由于印度1971年对巴基斯坦的肢解，使南亚诸小邻国感到震惊和担忧，尼泊尔自然也不例外。1973年7月，比兰德拉发表讲话，强烈表达捍卫独立和安全的决心，强调尼泊尔对外政策是“由其安全和生存的需要决定的”。他说，尼泊尔不仅是一个南亚国家，而且也是一个亚洲国家，以此巧妙地冲淡与印度在地理上紧密毗邻的意义，并表明尼泊尔与外部世界发展关系的愿望。翌年，在阿尔及利亚召开的不结盟国家首脑会议上，比兰德拉国王采取更为大胆的步骤，提出建立尼泊尔和平区的建议。
1974年印度议会通过吞并锡金的提案，进一步增加了尼泊尔的不安。尼泊尔国内反响强烈，发生了反对印度占领锡金的示威游行。在这种背景下，比兰德拉国王于1975年2月25日在其加冕典礼上，向各国贵宾郑重提出了“宣布尼泊尔为和平区”的建议。其主要内容是：坚持奉行和平、不结盟和和平共处的外交政策，在平等和相互尊重独立与主权的基础上，发展同各国的友好关系；不以任何方式诉诸武力或以武力相威胁，谋求和平解决国际争端；不干涉他国内政，不参加军事同盟，不允许在尼泊尔领土上建立针对第三国的外国军事基地，反之，别国也不应在其领土上建立任何基地反对尼泊尔。
这一建议迅速得到巴基斯坦、孟加拉国和中国等许多国家的欢迎和支持。从此以后，要求将尼泊尔作为和平区就成为尼泊尔外交政策的核心内容，并于1980年12月写进宪法。据统计，至1990年，世界上已有116个国家表示支持尼泊尔和平区的建议，唯独印度不予支持。在印度看来，如果认可这个建议，将会淡化两国间1950年和平友好条约的意义和作用，尼印之间的“特殊关系”也就将不复存在。
1977年印度人民党执政后，对尼泊尔采取了一些安抚政策，尼印关系有所缓和。这主要表现在德赛总理1978年访尼时，同意尼泊尔多年来坚持提出的分别签订过境和贸易协定的要求。另外，双方还签订了在工业领域进行合作的协定。
进入20世纪80年代以后，尼印关系再次时起时伏。在印度方面，英·甘地政府一面继续发展与尼泊尔的经济交往，另一方面对尼泊尔奉行独立自主的外交政策大为不满，千方百计向尼泊尔施压，企图将尼泊尔纳入印度的安全体系。而在尼泊尔方面，其奉行的外交中立政策和经济多元化政策，均取得显著成效，自然不会轻易屈从于印方的压力。这时，尼泊尔在国际事务中的影响显著扩大，除再次当选为安理会成员外，还参加联合国的维和部队，并有不少国际组织在加德满都设立了机构。尼泊尔还开通飞往欧洲和其他地区的航线，加强了与世界各国的交往。尼印贸易额在尼对外贸易总额中所占比率已从70年代的90%下降至60%左右。
20世纪80年代末，尼印关系又趋恶化。印度阿萨姆邦的冲突加剧，导致当地大批尼泊尔移民返尼，给尼泊尔带来不少社会问题。尼泊尔从其他国家进口纺织品也引起印度不满。1987年，尼泊尔为加强对外来就业人员的管理，规定实行外国人工作许可证制度，遭到印度的指责。1988年，尼泊尔为实现武器来源多样化，从中国购买了少量防御性武器，遭到印度的强烈指责。印度搬出1950年和平友好条约和1965年的《军援协定》向尼泊尔问罪。印度感到尼泊尔日益难以控制，便决心拿出“杀手锏”，向尼泊尔施加压力，迫使其屈服。
1989年3月，印度借口与尼泊尔的贸易和过境协定期满，单方面废除了长期以来续签的习惯做法，拒绝与尼泊尔签订这两个协定，并关闭了通向尼泊尔15个过境点中的13个，阻止第三国的货物从印度进入尼泊尔，对石油产品、煤炭和食盐等重要物资实行禁运，使尼泊尔经济蒙受巨大损失，严重影响了尼泊尔的社会安定和人民的正常生活。而且在很大程度上还刺激了尼泊尔国内反对评议会制度的群众运动，这场运动最终迫使国王恢复了多党议会民主制。尼印关系从此走上了一个新的时期。