1990年以来的相互调整与改善关系时期
1990年以来尼泊尔国内政局的变化，以及国际大格局的调整，使尼印关系重新走上了相互调整与改善的时期。印度感到，尼泊尔虽然对自己的国家安全体系有一定的影响，但随着中印关系的缓和，这种针对性也随之减弱，况且尼泊尔由于民族主义心理的作用，在某些方面总是与自己不协调，难以驾驭，因此觉得没有必要以过去那样强硬的态度对待尼泊尔；而在尼泊尔方面，他们也感觉到自己在很多方面有求于印度，与印度拼狠斗硬的结果只能是自己吃亏，而且执政的许多政党领导人与印度有着比较亲密的关系，他们不可能像马亨德拉父子那样采取强硬的对印政策。因此，双方都愿意本着互利双赢的原则改善和发展两国的关系。
1990年6月，在新体制下成立的临时政府首相克里希纳·普拉萨德·巴特拉伊就职后迅速访印。他向印方表示，尼泊尔愿意遵守1950年条约，维持与印度的“特殊关系”。此后，尼印关系才开始趋于正常。1991年双方政府首脑实现互访。1992年10月，拉奥总理访尼。拉奥表示，印度在经济上一直“尽其所能”与尼合作，今后仍将这么做。
尽管尼印双方都在努力改善和发展两国关系，但是，尼泊尔国内要求重新“审议”和修改1950年条约的呼声并未减弱。1994年尼共（联合马列）执政。翌年4月首相阿迪卡里访印时，正式向印度提出，希望取消对尼泊尔的安全保护和修改1950年条约。印度表示愿意重新审议，但双方未达成任何具体协议。1996年2月，以大会党为主的联合政府首相德乌帕访印时，再次提出重新审议1950年条约，以适应变化了的国际形势和地区形势。双方虽未就如何修改条约问题取得具体结果，但却签订了《综合利用马哈卡利河流域的条约》。这应当说是一个突破，因为尼印关于共同开发马哈卡利河的问题早在1982年就提出了，但是由于政治上的原因，议而未决。这次总算在双方的妥协下达成了协议。
1997年6月5日，印度总理古杰拉尔访尼。在“古杰拉尔主义”的影响下，印度对尼采取“多予少取”的方针。在访问结束时发表的联合公报中，印度破天荒地同意讨论包括1950年条约在内的所有双边问题。印度还同意取消对尼泊尔产品进入印度市场必须含有50%的当地原料或劳务的限制，并同意向尼泊尔提供陆上通道，使其商品可直达孟加拉国港口蒙戈拉，等等。1997年8月，两国外秘在新德里就1950年条约举行了会谈，双方回顾了1950年条约作为发展和加强尼印关系的基础所起的历史性作用，并一致同意将讨论就此提出的具体修改建议。此后，尽管尼方提出了有关新条约的建议，但并没有结果。
1997年9月和1998年2月，尼泊尔国王两次访印。1998年5月印度核试验后，印度总统纳拉亚南访尼，再加上印军高级将领频繁访尼，使两国的交往在这一时期大大超过了以往任何时期。
2000年8月，印度外长贾斯旺特·辛格访尼，与尼讨论贸易以及在边境水坝问题上的争端。2001年6月1日，尼泊尔发生举世震惊的“王室血案”，印度加强了与尼泊尔的联系，并积极帮助尼打击毛派武装。2002年3月，尼泊尔首相德乌帕访印，与印度总理瓦杰帕伊会谈，会谈的重点是反恐、双边贸易和经济合作。2002年5月，印陆军参谋长帕德马纳班对尼进行访问，与尼陆军参谋长拉纳就加强两国军事合作举行磋商。2002年6月，尼泊尔国王访印，在与印度总理瓦杰帕伊的会谈中，要求印度提供军事援助，以消灭毛主义武装。2002年11月，尼泊尔政府决定，允许400万旅居尼泊尔特莱平原的印度人加入尼泊尔国籍。2005年2月1日，尼泊尔国王贾南德拉亲政后，印度首先做出回应，指责国王的做法，随即停止了对尼泊尔的军事援助。不久，印度又恢复了对尼泊尔的军事援助。
2005年11月，在印度的默许下，尼泊尔国内七党联盟与尼共（毛主义）达成了著名的“十二点共识”。次年4月，七党联盟与尼共（毛主义）联手发动政治运动，迫使贾南德拉国王交权。2006年6月，临时政府首相柯伊拉腊访印，印度总理辛格亲自到机场迎接，并称其是“南亚最杰出的政治家之一”。印度还宣布了10亿卢比的对尼援助计划，这在当时被称为“印度的马歇尔计划”，援助方式包括以现金支付的紧急预算支持、低息贷款以及基础设施投资等。
2008年5月，尼泊尔君主制被推翻，共和制建立。新上任的总理、尼共（毛主义）主席普拉昌达于2008年8月借参加奥运会闭幕式之机访问了中国。此举打破了历任政府首脑上任后首访印度的传统，引起印度不快。2009年5月尼共（毛主义）下台后尼共（联合马列）领导的联合政府做了一些修正。2011年10月，尼共（毛主义）再度执政，总理巴特拉伊上任后首先访问了印度，并与之签署了《双边投资促进和保护协定》（BIPPA）。该协定规定两国任意一方的投资都将被对方给予“国民待遇”和“最惠国待遇”，当双方企业遭遇战争、武装冲突等突发状况时，双方政府应给予一定补偿。该协定被尼国内一些政党和人士解读为对印度投资的过度保护，认为其损害了尼的主权。
2012年4月，尼共（毛主义）人民解放军整编工作结束，和平进程基本完成。2013年11月19日，尼泊尔举行新一届制宪会议选举，大会党成为第一大党，尼共（联合马列）紧随其后，尼共（毛主义）屈居第三。大选后组成的大会党柯伊拉腊政府对印度一直保持正常关系。2014年8月，印度总理莫迪访问尼泊尔，这是在时隔17年之后印度总理到访尼泊尔。而在此期间，尼泊尔共有6位国家元首与9位总理访印。莫迪在尼泊尔国会发表演讲时说，“印度和尼泊尔的关系就像喜马拉雅山和恒河一样久远”。对于印尼边界争端，他表示，“边界应该是桥梁，而非障碍”。他同时宣布，印度将给予尼泊尔10亿美元的优惠贷款。莫迪出访尼泊尔是实施其区域外交战略的一个重要步骤。尼泊尔被印度视为与中国之间的“缓冲国”，莫迪此访希望通过能源交易提升与尼泊尔的双边关系，从而达到制衡中国在南亚影响力的目的。
2015年9月尼泊尔新宪法颁布，导致了新一轮的尼印关系紧张。由于印度支持尼南部印度裔的马德西人“单独建邦”的诉求，而该诉求最终未得到尼泊尔新宪法的支持，因此印度对此表示不满。印度本来建议尼暂缓表决新宪法，但尼主要政党执意表决，并通过了新宪法。新宪法草案通过后，印度又在新宪法正式颁布之前数次急派特使赴尼表达不满，但尼方仍坚持于9月20日颁布了新宪法。新宪法颁布后，世界上许多国家纷纷表示祝贺，但印方24小时内却连发两个官方声明表示不满。眼见尼方态度未有软化，印度于是在9月23日借口尼印边境因马德西人抗议新宪法引起的“安全问题和社会动荡”，开始对尼实施非正式的“禁运”。“禁运”开始后，从印度运输燃油、油气的车辆因要接受“严格的安全检查”而滞留在尼印边境的印度一侧，导致尼国内燃油短缺，甚至造成“油荒”。尼泊尔不得已向中国求援，但中国的油气因为道路交通问题，很难运输到尼境内。10月16日，尼总理、尼共（联合马列）主席奥利在议会发表演讲，把印度给尼泊尔制造的麻烦称为“没有宣布的封锁”。这是尼泊尔政府首次用“封锁”一词。燃油危机激起尼泊尔人民反印情绪，多地爆发反印示威，有示威者甚至毁烧莫迪假人。印度方面，一直否认有干涉尼泊尔内政的企图，而且也没有实行“经济封锁”，并把运输中断归咎于尼泊尔马德西人的抗议示威和封锁口岸。但这似乎并站不住脚，因为尼泊尔马德西人的抗议活动主要集中在以比尔根杰为中心的中部、东部特莱平原，而在西部特莱平原并没有抗议活动，但是印度却在尼印边境全线“禁运”，说明印度的做法并不完全是出于“安全考虑”，而是要向尼施压，或者说是一种“惩罚”。
印度的非正式“禁运”持续了四个多月，造成尼燃料断供，药品短缺，经济陷入停顿，人民生活受到严重影响。2015年12月中旬，尼政府决定修宪，部分回应了马德西人的诉求，形势开始趋缓。2016年2月5日，马德西人宣布撤销对口岸的封锁，持续135天的“禁运”终于结束。2016年2月19日至24日，奥利总理对印进行了为期6天的国事访问，这也被认为是“尼印关系最近数月来跌至历史低谷之后的转圜之举”。但是，2016年4月，尼泊尔驻印度大使通过牵线搭桥，使大会党新任主席德乌帕和尼共（毛主义）总书记在印度会见了印度高层政要，而且暗中达成了共同推翻尼共（联合马列）奥利政府的共识。奥利政府对印颠覆尼政权的做法极为不满，遂取消了班达里总统访印的安排，并召回尼驻印大使迪帕克·乌帕德雅亚。作为回应，印度总理莫迪也取消了在尼泊尔佛教圣地蓝毗尼出席会议的计划。尼泊尔与印度关系再度降温。
2016年8月3日，尼共（毛主义中心）主席普拉昌达在议会第一大党——尼泊尔大会党的支持下，时隔七年之后再次当选为尼泊尔总理。普拉昌达希望他的访问能化解两国一度冷淡的关系。普拉昌达也认识到，采取强硬反印路线的奥利政府表现了脆弱性的一面，因此他选择了上任后首访印度的策略。其目的是要在中印之间“寻求再平衡”。访问期间，尼印双方探讨了横贯尼东西全长1030千米的铁路修建事宜。
2017年底尼泊尔大选结束后，尼共两大党结成的左翼联盟获胜，印度对中国在尼的影响力不断扩大和尼泊尔可能日益亲华的政策表示忧虑，遂展开与尼高层密切接触。2018年2月1日，印外长斯瓦拉吉访尼，希望缓和大选后一直紧张的两国关系。4月6日，尼奥利总理对印展开为期三天的国事访问，双方讨论了农业发展、贸易投资、基础设施建设、震后重建、跨境交通道路建设、跨境犯罪、恐怖主义等问题。5月11日，印度总理莫迪开启他就任以来第三次访尼之旅。莫迪首站到达贾纳克普尔，奥利在当地一座著名印度教寺庙接待莫迪。莫迪发表演说称：“印度和尼泊尔人民的情感因彼此的尊重和敬仰相互维系，尼泊尔几十年来都是追求精神之旅的圣地，没有尼泊尔，印度的信仰是不完整的。”莫迪还为印度主导建设的尼泊尔“阿伦河三期水电项目”奠基。这一设计容量为900万千瓦的项目耗资15亿美元，是尼泊尔吸引的最大单笔海外投资。在此前的2017年11月，大会党领导的政府取消了此前与中国葛洲坝集团签署的布达甘达基水电站建设协议，这是该国最大的水电站项目。尼政府的这些动作，一定程度上减弱了印度对中国在尼投资超过印度和影响力日升的焦虑。
2019年1月11日，尼外长贾瓦利访印，称尼泊尔与中国和印度都有着良好关系，但“尼印关系”不能拿来与“尼中关系”做比较，因为各自的关系有着不同的特点和背景。近年来，尼泊尔借参与中国“一带一路”与中国发展更为紧密关系的同时，也十分注意与印度的传统关系。尼泊尔仅有的两个邻国印度和中国，都是当今世界上两大新兴经济体。尼希望同时与两大邻国发展友好关系，保持平衡外交，是一种很自然的现实的选择。
当前，尼印关系存在的问题还很多，除1950年条约外，还有卡拉帕尼边界问题、尼印边界管制问题等。尼印边境有多处领土争端，且这些领土目前均被印方占领。所有这些都不是在短时间内能轻易解决的。