1978年设总务科，1984年5月年撤销合并入办公室，1991年12月重新分设总务科。先后由胡占川、王锁怀、白富治、高广明任科长。
2015年6月，平凉市编委批复平凉市农科院总务科为科级管理科室，其职责为：负责单位的财务、资产管理、科研仪器和办公设备购置与管理，机关后勤管理等工作。
表1-11 总务科人员一览表
