用于结核分枝杆菌复合群鉴定的DNA序列

1.rrs （16S rRNA） 16S rRNA基因是所有细菌基因组中都包含的一个功能基因，被誉为细菌菌种鉴定的金标准。研究报道显示，16S rRNA基因可在少于1 000个细菌的标本中快速鉴定分枝杆菌。应用特异性引物，以16S rRNA为目的基因的PCR，real-time PCR和反向杂交PCR技术可鉴别结核分枝杆菌复合群与非结核分枝杆菌。

2.ITS（16S—23S rRNA）　ITS是转录间区序列，分隔开16S rRNA和23S rRNA，存在于所有类型的细菌基因组中。文献报道ITS序列在不同细菌间长度差异很大，ITS的种间变异度大于16S rRNA，ITS的长度为270 ～360 bp。因此，ITS用于菌种鉴定的价值更大。在结核分枝杆菌复合群中ITS序列高度保守，Mtb，M.bovis，M.bovis BCG，M.africanum 和M.microti的ITS序列完全一致。

3.IS6110　IS6110是结核分枝杆菌复合群中最丰富的、研究最清楚的插入序列，它只存在于结核分枝杆菌复合群中，所以IS6110是区别结核分枝杆菌复合群与其他分枝杆菌的一个重要标志。在结核分枝杆菌复合群的基因组中IS6110是多拷贝的，在结核分枝杆菌基因组中具有10 ～20个拷贝，分布于基因组的不同位置，是设计结核分枝杆菌PCR检测方法的首选基因。以培养和抗酸染色为金标准，在以IS6110为目的基因的PCR和real-time PCR在诊断肺结核中具有较高的灵敏度（71%～87.9%）和特异度（95%～98%）。随着数字PCR（dPCR）的发展，可以IS6110为目的基因应用dPCR可检测血浆标本中的游离DNA。但是，由于在一些结核分枝杆菌中存在IS6110缺失，所以单纯使用IS6110可能会出现假阴性结果。

4.groEL2 （hsp65）　hsp65基因编码一种热休克蛋白，可用于分枝杆菌的检测。hsp65—PCR—RFLP技术可有效区分结核分枝杆菌复合群与NTM，以培养或涂片为金标准，hsp65—PCR—RFLP的灵敏度均为100%，特异度分别为95%和93.1%。

5.dnaJ　dnaJ基因编码一种冷休克蛋白，是一种属特异性基因，可以从所有的分枝杆菌中扩增出。结核分枝杆菌复合群各成员间的dnaJ基因序列完全一致。(https://www.daowen.com)

6.fbpA （32 kDa protein）　fbpA是一种分泌蛋白，可以从所有的分枝杆菌中检测到，但非分枝杆菌的菌株中则缺乏。序列分析显示，结核分枝杆菌复合群各成员间的fbpA基因序列完全一致。

7.MPT64 （MPB64）　MPB64为结核分枝杆菌复合群所特有，已用于诊断肺结核、结核性脑膜炎和肺外结核。MPB64可应用痰、胃液、脑脊液和尿液标本诊断结核病，但应用血液标本时可产生假阳性结果。有文献报道，MPB64 PCR可以是IS6110 PCR的有益补充，对于那些缺乏IS6110插入序列的菌株可减少假阴性结果。以IS6110和MPB64为目的基因的多重PCR，在诊断结核性脑膜炎中具有较高的灵敏度。商品化的试剂盒Seeplex MTB Nested ACE可以检测IS6110和MPB64基因。另外，还有检测MPB64蛋白的试剂盒MGIT TBc Identification Test （TBc ID），检测MGIT培养阳性菌株的灵敏度为98.5%，特异度为100%。在有些菌株中可发生MPB64基因突变，可导致假阴性结果。另外，由于MPB64基因在结核分枝杆菌中的表达量是M.africanum中的2.5倍，所以在M.africanum中检测MPB64蛋白的灵敏度会相对低一些。

8.devR　devR编码细胞质的反应调节器DevR，DevR与膜结合传感器激酶DevS一起组成DevRS。DevRS负责在细菌潜伏感染中适应宿主。尽管有报道显示devR基因的短片段可提高其诊断结核病的灵敏度，但是devR PCR的灵敏度比MPB64和IS6110基因均低。

9.lepA　Rv2404c基因编码一种延伸因子，在结核分枝杆菌复合群中该延伸因子是合成蛋白质所必需，而在NTM中不存在。Rv2404c基因常用于real-time PCR检测结核分枝杆菌复合群的内参基因。