非结核分枝杆菌菌种分子鉴定

DNA测序是检测DNA序列差异最可靠的方法，是分枝杆菌分型和鉴定的“金标准”。该方法由属特异引物PCR扩增分枝杆菌DNA和扩增产物的测序组成。通过与标准核苷酸序列比较鉴定分枝杆菌菌种。仅需1次测序反应就可得到确定的鉴定结果。这种方法也对传统的实验室培养基不能生长和一些尚未认识的分枝杆菌菌种进行直接检测。蛋白编码基因：65 kD热休克蛋白基因（hsp65）、32 kD蛋白基因、DnaJ蛋白基因（dnaJ）、过氧化物歧化酶（superoxide dismutase，SOD）基因及RNA聚合酶β亚单位基因（rpoβ）为分枝杆菌共有的基因，通过对16S rRNA基因、16S rRNA ～23S rRNA ITS、hsp65基因、32 kD蛋白基因、dnaJ基因、SOD基因、rpoB基因的测序，分析序列差异，可以直接对分枝杆菌属进行鉴定。对于快速生长的分枝杆菌，SOD基因与hsp65基因均可作为种鉴定的靶基因。对于慢生长结核分枝杆菌复合群（MTC） ，16S rRNA基因序列和16S rRNA ～23S rRNA ITS都不能区分，32 kD蛋白基因、dnaJ 、hsp65 、SOD基因、recA、rpoV等都曾尝试作为区分MTC的靶基因，但序列分析显示MTC各成员的靶基因序列均一致。GyrB 基因具有更高的进化率，每百万年为0.7%～0.8%。测定MTC的四个成员（结核分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌、牛分枝杆菌）的gyrB序列，发现它们在四处不同位置发生碱基替换，采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性分析即可将它们区分开来。目前实验室用于非分枝杆菌鉴定的测序基因为16S rRNA、ITS、hsp65和rpoB。(https://www.daowen.com)